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- Ernst Heinrich Ehlers (1914): Polychaete Anneliden von den Aru- und Kei-Inseln. – Abhandlungen der Senckenbergischen Naturforschenden Gesellschaft – 35_1914: 229 - 251.
- Ernst Heinrich Ehlers (1908): III. Annelida. B. Polychaete Anneliden der Angra Pequena-Bucht. – Denkschriften der medicinisch-naturwissenschaftlichen Gesellschaft zu Jena – 13: 43 - 50.
- Ernst Heinrich Ehlers (1905): Anneliden der Sammlung Schauinsland. (Ergebnisse einer Reise nach dem Pacific. Schauinsland 1896/97.) – Zoologische Jahrbücher. Abteilung für Systematik, Geographie und Biologie der Tiere – 22: 281 - 302.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Glyceridae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 37 - 38.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Ariciidae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 45 - 46.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Goniadidae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 38 - 40.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Opheliidae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 46 - 47.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Spionidae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 40 - 44.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Eunicidae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 30 - 37.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Lycoridae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 24 - 30.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Aphroditidae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 7 - 15.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Cirratulidae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 53 - 54.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Maldanidae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 54 - 56.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Chloraemidae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 47 - 50.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Amphictenidae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 56 - 58.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Ampharetidae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 58 - 61.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Serpulidae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 67 - 72.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Sabellidae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 62 - 67.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Ampharetidae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 5 - 59.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Phyllodocidae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 15 - 19.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Syllidae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 19 - 23.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Neuseeländische Anneliden – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 1 - 6.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Hermellidae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 56.
- Ernst Heinrich Ehlers (1904): Scalibregmidae – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – NF_3: 51 - 53.
- Ernst Heinrich Ehlers (1896): 2. Deutsche Zoologische Gesellschaft – Zoologischer Anzeiger – 19: 32.
- Ernst Heinrich Ehlers (1897): Ostafrikanische Polychaeten gesammelt von Herrn Dr. F. Stuhlmann 1888 und 1889. – Mitteilungen aus dem Naturhistorischen Museum in Hamburg – 14: 103 - 110.
- Ernst Heinrich Ehlers (1896): Ostafrikanische Polychaeten gesammelt von Herrn Dr. F. Stuhlmann 1888 und 1889. – Jahrbuch der Hamburgischen Wissenschaftlichen Anstalten – 14_BH2: 103 - 110.
- Otto [Johann Adam] Bütschli, Julius Viktor Carus, Ludwig Heinrich Philipp Döderlein, Ernst Heinrich Ehlers, H.W. Ludwig, Karl August Möbius, F. E. Schulze, Johann Wilhelm Spengel (1895): Regeln für die wissenschaftliche Benennung der Thiere im Auftrage der Deutschen Zoologischen Gesellschaft. – Archiv für Naturgeschichte – 61-1: 362 - 371.
- Otto [Johann Adam] Bütschli, Julius Viktor Carus, Ludwig Heinrich Philipp Döderlein, Ernst Heinrich Ehlers, Hubert Ludwig, Karl August Möbius, Johann Wilhelm Spengel, Franz Eilhard Schulze (1894): Dritter Entwurf von Regeln für die wissenschaftliche Benennung der Thiere im Auftrage der Deutschen Zoologischen Gesellschaft – Verhandlungen der Deutschen Zoologischen Gesellschaft – 3: 89 - 98.
- Ernst Heinrich Ehlers (1892): Die Gehörorgane der Arenicolen. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 53_Supp: 217 - 285.
- Ernst Heinrich Ehlers (1890): Zur Kenntnis der Pedicellineen – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – 36: 3 - 200.
- Ernst Heinrich Ehlers (1886-1887): Zur Auffassung des Polyparium ambulans (Korotneff). – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 45: 491 - 498.
- Ernst Heinrich Ehlers (1885): Carl Theodor Ernst von Siebold, Eine Biographische Skizze – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 42: I-IVXXX.
- Ernst Heinrich Ehlers (1882): Beiträge zur Kenntnis des Gorilla und Chimpanse. – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – 28: 3 - 77.
- Ernst Heinrich Ehlers, Justus Carriére (1880): 5. Berichtigungen – Zoologischer Anzeiger – 3: 429 - 430.
- Ernst Heinrich Ehlers (1878): Die Epiphyse am Gehirn der Plagiostomen – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 30_Supp: 607 - 634.
- Ernst Heinrich Ehlers (1878): Amphioxus von Helgoland – Zoologischer Anzeiger – 1: 247 - 248.
- Ernst Heinrich Ehlers (1876): Hypophorella expansa. – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – 21: 3 - 156.
- Ernst Heinrich Ehlers (1874-1875): Beiträge zur Kenntniss der Verticalverbreitung der Borstenwürmer im Meere. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 25: 1 - 102.
- Ernst Heinrich Ehlers (1873): Die Krätzmilben der Vögel. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 23: 228 - 253.
- Ernst Heinrich Ehlers (1870-1871): Aulorhipis elegans, eine neue Spongienform; nebst Bemerkungen über einzelne Punkte aus der Organisation der Spongien. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 21: 540 - 567.
- Die Esper'schen Spongien in der zoologischen Sammlung der K. Universität ErlangenErnst Heinrich Ehlers (1870): Die Esper'schen Spongien in der zoologischen Sammlung der K. Universität Erlangen – University Programm – .
- Ernst Heinrich Ehlers (1867-1868): Ueber eine fossile Eunicee aus Solenhofen (Eunicites avitus), nebst Bemerkungen über fossile Würmer überhaupt. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 18: 321 - 443.
- Ernst Heinrich Ehlers (1861-1862): Ueber Halicryptus spinulosus (v. Sieb.) – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 11: 401 - 415.
- Ernst Heinrich Ehlers (1861-1862): Ueber die Gattung Priapulus Lam. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 11: 205 - 252.
- Wilhelm Moritz Keferstein, Ernst Heinrich Ehlers (1860): Auszug aus den Untersuchungen am Mittelmeere. – Archiv für Naturgeschichte – 26-1: 324 - 340.
- Wilhelm Moritz Keferstein, Ernst Heinrich Ehlers (1859-1860): Beiträge zur Kenntniss der Geschlechtsverhältnisse von Helix pomatia. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 10: 253 - 270.
- Die Krätzmilbe der Vögel. Ein Beitrag zur Kenntniss der SarcoptidenErnst Heinrich Ehlers: Die Krätzmilbe der Vögel. Ein Beitrag zur Kenntniss der Sarcoptiden – unbekannt – ???: 228 - 253.