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- Sybille König, Eberhard Gwinner, Barbara Helm (2002): Programmed patterns of territorial aggression in first-year European and African Stonechats (Saxicola torquata rubicola and S. t. axillaris ) – Ökologie der Vögel. Verhalten Konstitution Umwelt – 24: 579 - 594.
- Eberhard Gwinner, Sybille König, Thomas Rödl, Alexander Scheuerlein (1998): Ausbreitung des Schwarzkehlchens in Oberbayern: eine Brut im Landkreis Starnberg – Avifaunistischer Informationsdienst Bayern – 5: 82 - 83.
- Eberhard Gwinner (1991): Circannual rhythms in tropical and temperate-zone stonechats: a comparison of properties under constand conditions* Ein Vergleich circannualer Rhythmen bei Schwarzkehlchen aus den Tropen und den gemäßigten Breiten – Ökologie der Vögel. Verhalten Konstitution Umwelt – 13: 5 - 14.
- Eberhard Gwinner (1989/90): In Erinnerung an Konrad Lorenz - 1903-1989 – Vogelwarte - Zeitschrift für Vogelkunde – 35_1989: 156.
- John P. Dittami, Joan Wozniak, Gabriele Gänshirt, Michael Hall, Eberhard Gwinner (1985/86): Effects of Females and Nestboxes on the Reproductive Condition of Male European Starlings, Sturnus vulgaris, during the Breeding Cycle – Vogelwarte - Zeitschrift für Vogelkunde – 33_1985: 226 - 231.
- Eberhard Gwinner (1983): Kurze Mitteilungen – Vogelwarte - Zeitschrift für Vogelkunde – 32_1983: 77 - 80.
- Reinhard Altmüller, Eberhard Gwinner, John P. Dittami, Gabriele Gänshirt, Rolf Schlenker, Ernst Schüz (1980): Kurze Mitteilungen – Vogelwarte - Zeitschrift für Vogelkunde – 30_1980: 333 - 339.
- Eberhard Gwinner (1979): Jugendentwicklung südfinnischer und süddeutscher Gartengrasmücken (Sylvia borin) unter denselben Bedingungen – Vogelwarte - Zeitschrift für Vogelkunde – 30_1979: 41 - 43.
- Franz Bairlein, Eberhard Gwinner (1979): Kurze Mitteilungen – Vogelwarte - Zeitschrift für Vogelkunde – 30_1979: 68 - 71.
- Eberhard Gwinner, Herbert Biebach (1977): Endogene Kontrolle der Mauser und der Zugdisposition bei südfinnischen und südfranzösischen Neuntötern (Lanius collurio) – Vogelwarte - Zeitschrift für Vogelkunde – 29_1977: 56 - 63.
- Eberhard Gwinner (1977): Über die Synchronisation circannualer Rhythmen bei Vögeln – Vogelwarte - Zeitschrift für Vogelkunde – 29_1977_SH: 16 - 25.
- Helmut Klein, Peter Berthold, Eberhard Gwinner (1973): Der Zug europäischer Garten- und Mönchsgrasmücken (Sylvia borin und S. atricapilla) – Vogelwarte - Zeitschrift für Vogelkunde – 27_1973: 73 - 134.
- Peter Berthold, Eberhard Gwinner, Helmut Klein (1970): Vergleichende Untersuchung der Jugendentwicklung eines ausgeprägten Zugvogels, Sylvia borin, und eines weniger ausgeprägten Zugvogels, S. atricapilla – Vogelwarte - Zeitschrift für Vogelkunde – 25_1970: 297 - 331.
- Eberhard Gwinner (1965): Über den Einfluß des Hungers und anderer Faktoren auf die Versteck-Aktivität des Kolkraben (Corvus corax) – Vogelwarte - Zeitschrift für Vogelkunde – 23_1965: 1 - 4.
- Eberhard Gwinner (1964): Ein Kolkrabenhorst bei Andechs/Obb. – Ornithologischer Anzeiger – 7_2: 200 - 201.
- Eberhard Gwinner (1961/62): Über die Entstachehmgshandlung des Neuntöters (Lanius collurio) – Vogelwarte - Zeitschrift für Vogelkunde – 21_1961: 36 - 47.