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- Hugo Eisig (1913/14): Zur Systematik, Anatomie und Morphologie der Ariciiden nebst Beiträgen zur generellen Systematik. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 21: 153 - 600.
- Hugo Eisig (1906): Ichthyotomus Sanguinarius. Eine auf Aalen schmarotzende Annelide – Fauna und Flora des Golfes von Neapel und der angrenzenden Meeres-Abschnitte – 28: 1 - 299.
- Hugo Eisig (1899): Zur Entwicklungsgeschichte der Capitelliden. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 13: 1 - 292.
- Hugo Eisig (1887): Monographie der Capitelliden des Golfes von Neapel und der angrenzenden Meeresabschnitte nebst Untersuchungen zur vergleichenden Anatomie und Physiologie – Fauna und Flora des Golfes von Neapel und der angrenzenden Meeres-Abschnitte – 16: 1 - 906.
- Hugo Eisig (1883-1884): Biologische Studien. – Biologisches Zentralblatt – 3: 142 - 144.
- Hugo Eisig (1881): Über das Vorkommen eines schwimmblasenähnlichen Organs bei Anneliden. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 2: 255 - 304.
- Hugo Eisig (1879): Die Seitenorgane und becherförmigen Organe der Capitelliden. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 1: 278 - 342.
- Hugo Eisig (1879): Die Segmentalorgane der Capitelliden. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 1: 93 - 118.
- Hugo Eisig (1878): Benachrichtigung – Zoologischer Anzeiger – 1: 126.
- Hugo Eisig (1869-1870): Beschreibung einer Filaria aus Halmaturus. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 20: 99 - 102.
- Hugo Eisig (1869-1870): Nereis hircinicola. (Nova Species.) – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 20: 103 - 104.
- Hugo Eisig (1869): Beiträge zur Anatomie und Entwicklungsgeschichte der Geschlechtsorgane von Lymnaeus. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 19: 297 - 321.