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- Carl Johann Jacob Thomae (1857): Ludwig Christian Vigelius – Jahrbücher des Nassauischen Vereins für Naturkunde – 12: 424 - 437.
- Carl Johann Jacob Thomae (1850): Verhandlungen der Generalversammlung des Vereins für Naturkunde am 31. August 1849. Jahresbericht – Jahrbücher des Nassauischen Vereins für Naturkunde – 6: 201 - 227.
- Carl Johann Jacob Thomae (1846): Ueber die Bildung einiger Kupfererze auf römischen Alterthümern. – Jahrbücher des Nassauischen Vereins für Naturkunde – 3: 196 - 202.
- Carl Johann Jacob Thomae (1846): Ueber das Vorkommen fossiler Knochen bei Steeten im Amte Runkel. – Jahrbücher des Nassauischen Vereins für Naturkunde – 3: 203 - 226.
- Carl Johann Jacob Thomae (1845-1848): Das unterirdische Eisfeld und die warmen Luftströme bei der Dornburg am südlichen Fuße des Westerwaldes. – Jahrbücher des Nassauischen Vereins für Naturkunde – 4: 164 - 202.
- Carl Johann Jacob Thomae (1845-1848): Verzeichniß der im Herzogthum Nassau, insbesondere in der Umgegend von Wiesbaden lebenden Weichthiere – Jahrbücher des Nassauischen Vereins für Naturkunde – 4: 206 - 225.
- Carl Johann Jacob Thomae (1845-1848): Die Höhen des Taunus in der Linie von Homburg bis Rüdesheim, nach barometrischen Beobachtungen ermittelt – Jahrbücher des Nassauischen Vereins für Naturkunde – 4: 230 - 236.
- Carl Johann Jacob Thomae (1845): Fossile Conchylien aus den Tertiärschichten bei Hochheim und Wiesbaden, gesammelt und im naturhistorischen Museum Wiesbaden ausgestellt – Jahrbücher des Nassauischen Vereins für Naturkunde – 2: 125 - 166.
- Carl Johann Jacob Thomae (1842): Geschichte des Vereins für Naturkunde im Herogthum Nassau und des naturhistorischen Museums zu Wiesbaden – Jahrbücher des Nassauischen Vereins für Naturkunde – 00: 1 - 196.