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- Werner Magnus (1920): Hemmungsstoffe und falsche Keimung. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 38: 1019 - 1026.
- Werner Magnus (1918): Wund-Callus und Bakterien-Tumore. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 36: 20 - 29.
- Werner Magnus (1916): Nachruf auf L. Kny – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 34: 1058 - 1071.
- Werner Magnus (1915): Durch Bakterien hervorgerufene Neubildungen an Pflanzen. – Sitzungsberichte der Gesellschaft Naturforschender Freunde zu Berlin – 1915: 263 - 277.
- Das Vorkommen von Pflanzentumore erzeugenden Bacterien im kranken Menschen.Ulrich Friedemann, Werner Magnus (1915): Das Vorkommen von Pflanzentumore erzeugenden Bacterien im kranken Menschen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 33: 96 - 107.
- Über zellenförmige Selbstdifferenzierung aus flüssiger MaterieWerner Magnus (1913): Über zellenförmige Selbstdifferenzierung aus flüssiger Materie – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 31: 290 - 303.
- Werner Magnus (1913): Die atypische Embryonalentwicklung der Podostemaceen – Flora oder Allgemeine Botanische Zeitung – 105: 275 - 336.
- Werner Magnus (1913): Der physiologische Atavismus unserer Eichen und Buche. – Biologisches Zentralblatt – 33: 309 - 337.
- Über den Einfluß der Nährsalze auf die Färbung der OscillarienWerner Magnus, B. Schindler (1912): Über den Einfluß der Nährsalze auf die Färbung der Oscillarien – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 30: 314 - 320.
- R. Ewert, Werner Magnus (1908): Die Parthenokarpie der Stachelbeere. u. Weitere Ergebnisse der Serum-Diagnostik für die theoretische und angewandte Botanik. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 26a: 531 - 539.
- Werner Magnus, Hans Wilhelm Carl Friedenthal (1907): Über die Specificität der Verwandtschaftsreaktion der Pflanzen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 25: 242 - 247.
- Werner Magnus, Hans Wilhelm Carl Friedenthal (1907): Über die Artspecificität der Pflanzenzelle. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 25: 327 - 340.
- Werner Magnus, Hans Wilhelm Carl Friedenthal (1906): Ein experimenteller Nachweis natürlicher Verwandtschaft bei Pflanzen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 24: 601 - 607.
- Werner Magnus (1903): Experimentell-morphologische Untersuchungen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 21: 129 - 132.