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- Thomas Spindler (2011): Aktuelle Erkenntnisse zur Entwicklung der Fischbestände im Unterlauf von Thaya und March. – Wissenschaftliche Mitteilungen Niederösterreichisches Landesmuseum – 22: 153 - 170.
- Thomas Spindler (2010): Der fischökologische Zustand der Thaya im Nationalpark. – Wissenschaftliche Mitteilungen Niederösterreichisches Landesmuseum – 21: 221 - 236.
- Thomas Spindler (2006): Lebensraummanagement des Hundsfisch (Umbra krameri) im Unteren Fadenbach – Nationalpark Donauauen - Wissenschaftliche Reihe – 11: 1 - 24.
- Thomas Spindler, Harald Wintersberger (2005): Einfluss der Wasserkraftnutzung auf den fischökologischen Zustand des Tiroler Inn – Natur in Tirol - Naturkundliche Beiträge der Abteilung Umweltschutz – 12: 94 - 105.
- Thomas Spindler, Harald Wintersberger (1998): Gewässerbetreuungskonzept Linz Donau-Traun-Krems – Naturkundliches Jahrbuch der Stadt Linz (Linz) – 44: 11 - 129.
- Thomas Spindler, H. Wintersberger (1997): Zur ökologischen Funktionsfähigkeit der Fließgewässer des Linzer Raumes – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 1997_1: 23 - 33.
- Thomas Spindler (1997): Fischfauna in Österreich. Ökologie - Gefährdung - Bioindikation - Fischerei - Gesetzgebung. – Publikationen des Umweltbundesamtes, Wien – M-087: 1 - 141.
- Thomas Spindler (1996): Ökologische Funktionsfähigkeit der Fliessgewässer des Ill-Frutz-Schwemmfächers. – Vorarlberger Naturschau - Forschen und Entdecken – 2: 39 - 82.
- Thomas Spindler, Josef Wanzenböck (1995): Rediscovery of Umbra krameri Walbaum, 1792, in Austria and subsequent investigations (Pisces: Umbridae). – Annalen des Naturhistorischen Museums in Wien – 97B: 450 - 457.
- Thomas Spindler (1994): Status der Fischfauna der March. (N.F. 335) – Wissenschaftliche Mitteilungen Niederösterreichisches Landesmuseum – 8: 177 - 189.