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- Johann Andreas Bäumler (1927): Beiträge zur Cryptogamen-Flora des Pressburger Komitates Die Pilze – Verhandlungen des Vereine für Naturkunde zu Presburg – NF_24: 25 - 62.
- Johann Andreas Bäumler (1918): Ruscus Hypoglossum in der Flora Posoniensis. – Ungarische Botanische Blätter – 17: 95 - 96.
- Johann Andreas Bäumler (1909): Hochgeehrte Versammlung! – Verhandlungen des Vereine für Naturkunde zu Presburg – NF_20: 12 - 18.
- Johann Andreas Bäumler (1903): Beiträge zur Cryptogamen-Flora des Presburger Comitates – Verhandlungen des Vereine für Naturkunde zu Presburg – NF_14: 31 - 88.
- Johann Andreas Bäumler (1899): Notiz über Brefeldia. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 49: 104 - 105.
- Johann Andreas Bäumler (1898): Mykologische Fragmente. Fungi novi Herbarii Musei Palatini Vindobonensis. (Tafel XVI) – Annalen des Naturhistorischen Museums in Wien – 13: 438 - 442.
- Johann Andreas Bäumler (1897): Beiträge zur Cryptogamen-Flora des Pressburger-Comitates. Die Pilze – Verhandlungen des Vereine für Naturkunde zu Presburg – NF_9: 33 - 110.
- Johann Andreas Bäumler (1896): Ueber einige kaukasische Pilze. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 046: 418 - 421.
- Johann Andreas Bäumler (1893): Zur Pilzflora Niederösterreichs. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 43: 277 - 294.
- Josef Ludwig Holuby, Johann Andreas Bäumler (1891): Die gewöhnlichsten wildwachsenden Genusspflanzen des Trencsiner Comitates – Verhandlungen des Vereine für Naturkunde zu Presburg – NF_7: 91 - 105.
- Johann Andreas Bäumler (1891): Beiträge zur Cryptogamenflora des Pressburger Comitates – Verhandlungen des Vereine für Naturkunde zu Presburg – NF_7: 25 - 90.
- Johann Andreas Bäumler (1891): Fungi Schemnitzenses. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 41: 660 - 676.
- Johann Andreas Bäumler (1890): Mycologische Notizen. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 040: 17 - 19.
- Johann Andreas Bäumler (1890): Fungi Schemnitzenses. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 40: 139 - 148.
- Johann Andreas Bäumler (1889): Mycologische Notizen. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 039: 289 - 291.
- Johann Andreas Bäumler (1889): Mycologische Notizen. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 039: 171 - 173.
- Johann Andreas Bäumler (1888): Fungi Schemnitzenses. Ein Beitrag zur ungarischen Pilzflora. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 38: 707 - 718.
- Johann Andreas Bäumler (1887): Beiträge zur Cryptogamenflora des Presburger Comitates – Verhandlungen des Vereine für Naturkunde zu Presburg – NF_6: 66 - 122.
- Johann Andreas Bäumler (1885): Mycologisches aus Pressburg. – Hedwigia – 24_1885: 75 - 76.
- Johann Andreas Bäumler (1884): Mykologisches aus Pressburg. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 034: 221.
- Johann Andreas Bäumler (1884): Die Moosflora von Pressburg in Ungarn. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 034: 46 - 49.
- Johann Andreas Bäumler (1884): Die Moosflora von Pressburg in Ungarn. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 034: 96 - 99.
- Johann Andreas Bäumler (1884): Mykologisches aus Pressburg. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 034: 327 - 328.