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- Ernst Wilhelm Benecke (1911): Ueber das Auftreten der Ceratiten in dem elsass-lothringischen oberen Muschelkalk. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1911: 593 - 603.
- Ernst Wilhelm Benecke (1910): Ueber Belemnites latesulcatus und Pronoella lotharingica. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1910: 129 - 133.
- Ernst Wilhelm Benecke, Leopold van Werveke (1908): Malm im Unter-Elsass. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1908: 609 - 610.
- Ernst Wilhelm Benecke (1906): Die Stellung der pflanzenführenden Schichten von Neuewelt bei Basel. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1906: 1 - 10.
- Ernst Wilhelm Benecke (1905): Zur Gliederung des Buntsandsteins im Haardtgebirge (Nordvogesen). – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1905: 380 - 381.
- Ernst Wilhelm Benecke (1905): Ueber Mytilus eduliformis Schl. sp. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1905: 705 - 714.
- Ernst Wilhelm Benecke (1900): Myophoria inflata Emmr. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1900: 5.
- Ernst Wilhelm Benecke (1898): Lettenkohlengruppe und Lunzer Schichten. – Berichte der naturforschenden Gesellschaft zu Freiburg im Breisgau – 10: 109 - 151.
- Ernst Wilhelm Benecke (1895): Bemerkungen über die Gliederung der oberen alpinen Trias und über alpinen und ausseralpinen Muschelkalk. – Berichte der naturforschenden Gesellschaft zu Freiburg im Breisgau – 9: 221 - 244.
- Ernst Wilhelm Benecke (1890): Nachruf auf Melchior Neumayr – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1890: 3001 - 3020.
- Ernst Wilhelm Benecke, Hans Hübner (1883): Nachruf auf Peter Merian und Friedrich Wöhler – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1883: 1 - 4.
- Ernst Wilhelm Benecke (1882): Nachruf auf Ami Boué – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1882: 1334 - 1335.
- Ernst Wilhelm Benecke (1879): Briefwechsel – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1879: 555 - 784.
- Ernst Wilhelm Benecke (1876): Die geologische Stellung des Esinokalkes – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1876: 308 - 312.
- Ernst Wilhelm Benecke (1867): Über das Alter des Calcaire de la Porte-de-France – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1867: 60 - 76.
- Ernst Wilhelm Benecke (1864): Über den Jura in Südtyrol – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1864: 805 - 806.