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- Versuche zur Geotaxis von ParamaeciumHugo Merton (1935): Versuche zur Geotaxis von Paramaecium – Arch. Protistenkunde – 85: 33 - 60.
- Zwangsreaktion bei Stentor als Folge bestimmter SalzwirkungenHugo Merton (1935): Zwangsreaktion bei Stentor als Folge bestimmter Salzwirkungen – Biol. Zbl. – 55: 268 - 285.
- Hugo Merton (1935): Versuche zur Geotaxis von Paramaecium . – Archiv für Protistenkunde – 85_1935: 33 - 60.
- Gestalterhaltende Fixierungsversuche an besonders kontraktilen Infusorien nebst Beobachtungen…Hugo Merton (1932): Gestalterhaltende Fixierungsversuche an besonders kontraktilen Infusorien nebst Beobachtungen über das Verhalten der lebenden Myoneme und Wimpern bei Stentor – Arch. Protistenkunde – 77: 491 - 521.
- Die Verwendung von Kupfersalzen zur Herstellung von Paramaecium-PräparatenHugo Merton (1932): Die Verwendung von Kupfersalzen zur Herstellung von Paramaecium-Präparaten – Arch. Protistenkunde – 76: 171 - 187.
- Hugo Merton (1932): Die Verwendung von Kupfersalzen zur Herstellung von Paramaecium-Präparaten. – Archiv für Protistenkunde – 76_1932: 171 - 187.
- Die Wirkung verschiedener Formolkonzentrationen auf VorticellaHugo Merton (1930): Die Wirkung verschiedener Formolkonzentrationen auf Vorticella – Protoplasma – 8: 127 - 151.
- Untersuchungen über die Entstehung amöbenähnlicher Zellen aus absterbenen Infusorien I. …Hugo Merton (1928): Untersuchungen über die Entstehung amöbenähnlicher Zellen aus absterbenen Infusorien I. Entstehung, Morphologie und Züchtung der Autoplasmen – Sber. Heidelb. Akad. Wiss. – 1928/3: 1 - 29.
- Zur Frage nach dem motorischen Zentrum der FlimmerzellenHugo Merton (1927): Zur Frage nach dem motorischen Zentrum der Flimmerzellen – Z. Anat. Entwicklungsgesch. – 83/1-3: 222 - 227.
- Die Bewegungen der Samenzellen und ihr kinetisches ZentrumHugo Merton (1927): Die Bewegungen der Samenzellen und ihr kinetisches Zentrum – Z.Zellforsch.mikrosk.Anat. – 5/5: 629 - 664.
- Die verschiedenartige Herkunft des Kinoplasmas der SamenzellenHugo Merton (1926): Die verschiedenartige Herkunft des Kinoplasmas der Samenzellen – Biol. Zbl. – 46/11: 656 - 678.
- Hugo Merton (1921): Otto Bütschli 3. Mai 1848 - 2. Febr. 1920 – Bericht über die Senckenbergische naturforschende Gesellschaft – 1921: 104 - 111.
- Hugo Merton (1914): Untersuchungen über die Hautsinnesorgane der Mollusken. 1. Opisthobranchia. – Abhandlungen der Senckenbergischen Naturforschenden Gesellschaft – 36_1914: 449 - 473.
- Hugo Merton (1914): Beiträge zur Anatomie und Histologie von Temnocephala. – Abhandlungen der Senckenbergischen Naturforschenden Gesellschaft – 35_1914: 1 - 58.
- Hugo Merton (1914): Schlußwort zu den „Ergebnissen" meiner zoologischen Forschungsreise in den südöstlichen Molukken. – Abhandlungen der Senckenbergischen Naturforschenden Gesellschaft – 35_1914: 479 - 485.
- Hugo Merton (1912): Die weiblichen Geschlechtsorgane von Temnocephala. – Zoologischer Anzeiger – 41: 413 - 421.
- Hugo Merton (1911): Quergestreifte Muskulatur und vesiculöses Gewebe bei Gastropoden. – Zoologischer Anzeiger – 37: 561 - 573.
- Hugo Merton (1911-1913): Eine neue Gregarine (Nina indica n. sp.) aus dem Darm von Scolopendra subspinipes Leach. – Abhandlungen der Senckenbergischen Naturforschenden Gesellschaft – 34_1911-1913: 117 - 126.
- Hugo Merton (1910-1911): Ergebnisse einer Zoologischen Forschungsreise in den südöstlichen Molukken (Aru- und Kei-Inseln) – Abhandlungen der Senckenbergischen Naturforschenden Gesellschaft – 33_1910-1911: 1 - 208.
- Hugo Merton (1908): Über den Bau und die Fortpflanzung von Pleodorina illinoisensis Kofoid – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 90: 445 - 477.
- Hugo Merton (1907): Über den feineren Bau der Ganglienzellen aus dem Centrainervensystem von Tethys leporina Cuv. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 88: 327 - 357.
- Hugo Merton (1906-1908): Eine auf Tethys leporina parasitisch lebende Pantopodenlarve (Nymphon parasiticum n. sp.) – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 18: 136 - 141.
- Hugo Merton (1905): Über die Retina von Nautilus und einigen dibranchiaten Cephalopoden – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 79: 325 - 395.