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- Jonas Hagge, Franz Leibl, Jörg Müller, Martin Plechinger, Simon Thorn (2019): Streifenförmige Entrindung bekämpft Buchdrucker in bereits befallenen Fichten – Anliegen Natur – 41_1_2019: 157 - 162.
- Mareike Kortmann, Jörg Müller, Simon Thorn (2018): 100 Jahre Kampf gegen den Borkenkäfer – Anliegen Natur – 40_1_2018: 29 - 32.
- Simon Thorn, Jörg Müller (2016): Rindenschlitzen bei Fichte bekämpft Buchdrucker, aber erhält Biodiversität – Anliegen Natur – 38_1_2016: 97 - 98.
- Die Waldbirkenmaus (Sicista betulina) im Bayerischen Wald - aktuelle Nachweise und Methodentests…Richard Kraft, Franz Malec, David Stille, Jörg Müller, Helmut Luding (2016): Die Waldbirkenmaus (Sicista betulina) im Bayerischen Wald - aktuelle Nachweise und Methodentests für ein Monitoring im Rahmen der FFH-Richtlinie – Säugetierkundliche Informationen – 51_2016: 155 - 167.
- Weitere Nachweise der Waldbirkenmaus, Sicista betulina (Pallas, 1779), im Bayerischen WaldFranz Malec, David Stille, Richard Kraft, Jörg Müller, Helmut Luding (2015): Weitere Nachweise der Waldbirkenmaus, Sicista betulina (Pallas, 1779), im Bayerischen Wald – Säugetierkundliche Informationen – 49_2015: 429 - 434.
- Jörg Müller (2014): Fledermäuse im Wald - Neue Gefahren durch Windkraft. – Anliegen Natur – 36_1_2014: 36 - 38.
- Simon Thorn, Jörg Müller, Franz Leibl (2013): Die Rückkehr des Habichtskauzes (Strix uralensis) in den Sekundärurwald im Nationalpark Bayerischer Wald – Silva Fera – 2_2013: 22 - 25.
- Simon Thorn, Franz Leibl, Jürgen Wohlfahrt, Jörg Müller (2013): Von der alpinen Matte zum Mittelgebirge - geräumte Windwurfflächen als Sekundärhabitate für den Bergpieper Anthus spinoletta – Ornithologischer Anzeiger – 52_1-2: 43 - 48.
- Kirsten Weingarth, Christoph Heibl, Thorsten Zeppenfeld, Ludek Bufka, Kristina Daniszova, Marco Heurich, Jörg Müller (2013): Density estimations of Eurasian lynx (Lynx lynx) from long term camera trap data in the Bohemian Forest Ecosystem – Nationalpark Hohe Tauern - Conference Volume – 5: 811.
- Maria-Barbara Winter, Jörg Müller, Roland Baier, Christian Ammer (2013): Effects of spruce bark beetle calamities on the faunistic biodiversity of mountain forests in the Alpine Berchtesgaden National Park – Nationalpark Hohe Tauern - Conference Volume – 5: 831 - 832.
- Aktuelle Nachweise der Waldbirkenmaus, Sicista betulina (Pallas, 1779) im Bayerischen WaldRichard Kraft, Franz Malec, Helmut Luding, David Stille, Jana Holler, Jörg Müller (2013): Aktuelle Nachweise der Waldbirkenmaus, Sicista betulina (Pallas, 1779) im Bayerischen Wald – Säugetierkundliche Informationen – 47_2013: 95 - 104.
- Hermann Rank, Tino Mischler, Roland Bönisch, Jörg Müller, Robert Pfeifer, Manfred Siering, Hans-Wolfgang Helb (2012): Schriftenschau – Ornithologischer Anzeiger – 51_2-3: 224 - 230.
- Expertenbestätigter Goldschakal (Canis aureus) im Nationalpark Bayerischer Wald, DeutschlandKirsten Weingarth, Martin Gahbauer, Marco Heurich, Jörg Müller, Franz Leibl (2012): Expertenbestätigter Goldschakal (Canis aureus) im Nationalpark Bayerischer Wald, Deutschland – Säugetierkundliche Informationen – 45_2012: 443 - 446.
- Miriam Teuscher, Roland Brandl, Sascha Rösner, Ludek Bufka, Tomas Lorenc, Bernhard Förster, Torsten Hothorn, Jörg Müller (2011): Modelling habitat suitability for the Capercaillie Tetrao urogallus in the national parks Bavarian Forest and Sumava – Ornithologischer Anzeiger – 50_2-3: 97 - 113.
- Robert Pfeifer, Jörg Müller, Jutta Stadler, Roland Brandl (2009): Welchen Einfluss haben urbane Lebensräume auf die Artenvielfalt? Eine quantitative Analyse am Beispiel der Vogelwelt Bayerns – Ornithologischer Anzeiger – 48_2: 126 - 142.
- Jörg Müller (2004): Welchen Beitrag leisten Naturwaldreservate zum Schutz von Waldvogelarten? – Ornithologischer Anzeiger – 43_1: 3 - 18.
- Jörg Müller (1997): Der Durchzug des Fischadlers Pandion haliaetus am Altmühlsee in den Jahren 1993-1996 – Ornithologischer Anzeiger – 36_1: 39 - 44.