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- Emil Werth (1957): Die alpine Wuchsform der Pflanzen – Abhandlungen des naturwissenschaftlichen Vereins Schwaben – 12: 1 - 3.
- Emil Werth (1957): Die erste Besiedlung Amerikas und die Herkunft der amerikanischen Urkulturen – Abhandlungen des naturwissenschaftlichen Vereins Schwaben – 12: 5 - 25.
- Emil Werth (1956): Über Wandlungen der Abstammungslehre in den letzten 50 Jahren unter besonderer Berücksichtigung des Menschen – Abhandlungen des naturwissenschaftlichen Vereins Schwaben – 11: 1 - 35.
- Emil Werth (1956): Vererbung und Entwicklung bei Einzellern und wenigzelligen Mehrzellern – Abhandlungen des naturwissenschaftlichen Vereins Schwaben – 11: 83 - 125.
- Emil Werth (1954): Begegnungen am Wege eines Naturforschers – Abhandlungen des naturwissenschaftlichen Vereins Schwaben – 10: 13 - 28.
- Emil Werth (1952): Versuche zum Farbensehen und zur Blumenauswahl der Wespen. – Bericht der Naturforschenden Gesellschaft Augsburg – 005_1952: 131 - 142.
- Emil Werth (1952): Bastardforschung – Abhandlungen des naturwissenschaftlichen Vereins Schwaben – 8: 2 - 17.
- Emil Werth (1949): Zum Begriff der Hummelblumen. – Bericht der Naturforschenden Gesellschaft Augsburg – 002_1949: 111 - 127.
- Emil Werth (1934): Der Generationswechsel der Blastophaga-Gallwespe im Zusammenhang mit der Entwicklung der Kulturund Wildfeige. – Entomologische Beihefte aus Berlin-Dahlem – 1: 113 - 117.
- Emil Werth (1923): Über die Bestäubung von Viscum und Loranthus und die Frage der Primitivität der Windblütigkeit wie der Pollenblumen bei den Angiospermen. I. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 41: 151 - 157.
- Emil Werth (1923): Über die Bestäubung von Viscum und Loranthus und die Frage der Primitivität der Windblütigkeit wie der Pollenblumen bei den Angiospermen. II. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 41: 157 - 164.
- Emil Werth (1922): Zur experimentellen Erzeugung eingeschlechtiger Maispflanzen und zur Frage: Wo entwickeln sich gemischte (androgyne) Blütenstände am Mais? – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 40: 69 - 77.
- Emil Werth (1918): Parapithecus, ein primitiver Menschenaffe. – Sitzungsberichte der Gesellschaft Naturforschender Freunde zu Berlin – 1918: 327 - 345.
- Emil Werth (1918): Das Problem des tertiären Menschen. – Sitzungsberichte der Gesellschaft Naturforschender Freunde zu Berlin – 1918: 1 - 32.
- Emil Werth (1917): Über die Beziehungen des jungdiluvialen Bison priscus zu den lebenden Bison-Arten. – Sitzungsberichte der Gesellschaft Naturforschender Freunde zu Berlin – 1917: 248 - 258.
- Emil Werth (1917): 15. Ein spätglazialer Damhirsch von Groß-Wusterwitz. – Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft – 69: 237 - 239.
- Emil Werth (1916): Die ersten Spuren des fossilen Menschen in Deutsch-Ostafrika» – Sitzungsberichte der Gesellschaft Naturforschender Freunde zu Berlin – 1916: 40 - 42.
- Emil Werth (1916): 12. Zur Altersstellung der Paläolithe führenden Kalktuffablagerungen bei Weimar. – Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft – 68: 170 - 176.
- Emil Werth (1915): Kurzer Überblick über die Gesamtfrage der Ornithophilie. – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 53: 1314 - 1378.
- Dulichium vespiforme aus der Provinz Brandenburg.Emil Werth (1913): Dulichium vespiforme aus der Provinz Brandenburg. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 31: 346 - 349.
- Zur Sporenbildung bei Rost- und Brandpilzen.Emil Werth, Karl Ludwigs (1912): Zur Sporenbildung bei Rost- und Brandpilzen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 30: 522 - 528.
- Emil Werth (1912): Zur Föhrdenfrage – Geologische Rundschau - Zeitschrift für allgemeine Geologie – 3: 164 - 166.
- Das Perzeptionsorgan der Pterostylis- Blüte.Emil Werth (1911): Das Perzeptionsorgan der Pterostylis- Blüte. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 29: 728 - 738.
- Emil Werth (1910): 31. Eine Drumlinlandschaft in Djursland (Jütland). – Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft – 62: 406 - 411.
- Emil Werth (1909): 15. Die Paludinensande und die Seenrinne im Grunewald bei Berlin. – Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft – 61: 161 - 165.
- Emil Werth (1909): 13. Die Mikindanischichten und die jungen Deckschichten und jungen Küstenbildungen in Ostafrika. – Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft – 61: 155 - 157.
- Emil Werth (1909): 30. Eine Drumlinlandschaft und Rinnenseen südöstlich von Posen. – Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft – 61: 300 - 307.
- Emil Werth (1909): 37. Zur Entstehung der Förden. – Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft – 61: 401 - 404.
- Emil Werth (1907): 3. Das Diluvium des Hirschberger Kessels, – Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft – 59: 71 - 83.
- Emil Werth (1902): Über einige blütenbiologische Untersuchungen in den Alpen. – Ber. dt. bot. Ges. 58 – Monografien Entomologie Hymenoptera – 0151: 527 - 546.
- Emil Werth (1901): Zur Kenntniss des Diluviums im nördlichen Riesengebirge.(Vorläufige Mittheilung.) – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1901: 89 - 98.
- Emil Werth (1901): 4. Zur Kenntniss der jüngeren Ablagerungen im tropischen Ost -Afrika. – Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft – 53: 287 - 306.
- Emil Werth (1900): Blütenbiologische Fragmente aus Ostafrika. – Verhandlungen des Botanischen Vereins Berlin Brandenburg – 42: 222 - 260.