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- Josef Georg Egger (1911): Ostrakoden und Foraminiferen des Eybrunner Kreidemergels in der Umgegend von Regensburg – Berichte des Naturwissenschaftlichen Vereins Regensburg – 12: 86 - 133.
- Josef Georg Egger (1909): Foraminiferen der Seewener Kreideschichten – Sitzungsberichte der mathematisch-physikalischen Klasse der Bayerischen Akademie der Wissenschaften München – 1909: 1 - 52.
- Josef Georg Egger (1908): Mikrofauna der Kreideschichten des westlichen bayer. Waldes und des Gebietes um Regensburg. – Berichte des Naturwissenschaftlichen Vereins Passau – 20: 1 - 75.
- Josef Georg Egger (1900): Ostrakoden aus Meeresgrund-Proben gelothet von 1874-1876 von S. M. S. Gazelle. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 21: 411 - 477.
- Josef Georg Egger (1900): Foraminiferen und Ostrakoden aus den Kreidemergeln der Oberbayerisehen Alpen. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 21: 1 - 230.
- Josef Georg Egger (1900): Der Bau der Orbitolinen und verwandter Formen. Eine Studie – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 21: 575 - 600.
- Josef Georg Egger (1900): Ergänzungen zum Studium der Foraminiferenfamilie der Orbitoliniden. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 21: 671 - 682.
- Josef Georg Egger (1895): Foranimiferen aus Meeresgrundproben, gelothet von 1874 bis 1876 von S. M. Sch. Gazelle, – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 18: 193 - 458.
- Josef Georg Egger (1895): Fossile Foraminiferen Monte Bartolomeo am Gardasee – Berichte des Naturwissenschaftlichen Vereins Passau – 16: 1 - 49.
- Josef Georg Egger (1882): Morbiditäts - Statistik von Niederbayern für die Jahre 1877, 1878, 1879 und 1880 unter Mitwirkung der niederbayerischen Aerzte – Berichte des Naturwissenschaftlichen Vereins Passau – 12: 1 - 402.
- Josef Georg Egger (1877): Morbiditäts-Statistik von Niederbayern (Jahr 1877) – Berichte des Naturwissenschaftlichen Vereins Passau – 11: 1 - 88.
- Josef Georg Egger (1866): Klimatische Parallelen – Berichte des Naturwissenschaftlichen Vereins Passau – 7-8: 113 - 214.
- Josef Georg Egger (1863): Der Naturhistorische Verein in Passau. – Berichte des Naturwissenschaftlichen Vereins Passau – 5: 3 - 4.
- Josef Georg Egger (1860): Der Diatomeenmergel von Habühl bei Ortenburg. – Berichte des Naturwissenschaftlichen Vereins Passau – 3: 216 - 234.
- Josef Georg Egger (1860): Rechenschaftsbericht des naturhistorischen Vereins für 1859, in der Generalversammlung am 9. Jäner 1860 vorgelegt. – Berichte des Naturwissenschaftlichen Vereins Passau – 3: 3 - 14.
- Josef Georg Egger (1858): Der Jurakalk bei Ortenburg und seine Versteinerungen – Berichte des Naturwissenschaftlichen Vereins Passau – 1: 29 - 68.
- Josef Georg Egger (1858): Die Ostrakoden der Miocän-Schichten bei Ortenburg in Nieder-Bayern – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1858: 400 - 443.
- Josef Georg Egger (1857): Die Foraminiferen der Miocän-Schichten bei Ortenhurg in Nieder-Bayern – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1857: 266 - 311.