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- Franz Wilhelm Neger (1923): Beiträge zur Biologie er Erysipheen – Flora oder Allgemeine Botanische Zeitung – 116: 331 - 335.
- Franz Wilhelm Neger (1923): Neue Methoden und Ergebnisse der Mikrochemie der Pflanzen – Flora oder Allgemeine Botanische Zeitung – 116: 323 - 330.
- Franz Wilhelm Neger (1922): Beiträge zur Kenntnis des Baues und der Wirkungsweise der Lentizellen – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 40: 306 - 313.
- Franz Wilhelm Neger, Theodor Kupka (1920): Beiträge zur Kenntnis des Baues und der Wirkungsweise der Lentizellen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 38: 141 - 149.
- Franz Wilhelm Neger (1920-1921): II. Abteilung für Botanik – Sitzungsberichte und Abhandlungen der Naturwissenschaftlichen Gesellschaft Isis in Dresden – 1920-1921: 6 - 9.
- Franz Wilhelm Neger (1918): Die Wegsamkeit der Laubblätter für Gase – Flora oder Allgemeine Botanische Zeitung – 111-112: 152 - 161.
- Franz Wilhelm Neger (1918): Experimentelle Untersuchungen über Rußtaupilze – Flora oder Allgemeine Botanische Zeitung – 110: 67 - 139.
- Franz Wilhelm Neger (1916): Über die Ursachen der für akute Rauchschäden charakteristischen Fleckenbildung bei Laubblättern. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 34: 386 - 391.
- Franz Wilhelm Neger, J. Fuchs (1915): Untersuchungen über den Nadelfall der Koniferen. – Jahrbücher für wissenschaftliche Botanik – 55: 608 - 660.
- Franz Wilhelm Neger (1914): Über Urocystis-ähnliche Nebenfruchtformen von Hypoereaeeen – Mycologisches Centralblatt. Zeitschrift für Allgemeine und Angewandte Mycologie – 4: 273 - 278.
- Franz Wilhelm Neger (1913): DieZweigtuberculose der italienischen Cypresse – Mycologisches Centralblatt. Zeitschrift für Allgemeine und Angewandte Mycologie – 2: 129 - 135.
- Eine abgekürzte JodprobeFranz Wilhelm Neger (1912): Eine abgekürzte Jodprobe – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 30: 95 - 96.
- Spaltöffnungsschluß und künstliche Turgorsteigerung.Franz Wilhelm Neger (1912): Spaltöffnungsschluß und künstliche Turgorsteigerung. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 30: 179 - 194.
- Franz Wilhelm Neger (1912): Studien über die Resupination von Blättern – Flora oder Allgemeine Botanische Zeitung – 104: 102 - 122.
- AmbrosiapilzeFranz Wilhelm Neger (1911): Ambrosiapilze – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 29: 50 - 58.
- Franz Wilhelm Neger (1911): Die Sporenausstreuung bei Selaginella helvetica und S. spinulosa. – Flora oder Allgemeine Botanische Zeitung – 103: 74 - 77.
- Franz Wilhelm Neger (1911): II. Sektion für Botanik – Sitzungsberichte und Abhandlungen der Naturwissenschaftlichen Gesellschaft Isis in Dresden – 1911: 6 - 7.
- Franz Wilhelm Neger (1911): II. Sektion für Botanik – Sitzungsberichte und Abhandlungen der Naturwissenschaftlichen Gesellschaft Isis in Dresden – 1911: 19 - 20.
- AmbrosiapilzeFranz Wilhelm Neger (1910): Ambrosiapilze – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 28: 455 - 480.
- Franz Wilhelm Neger (1910): II. Sektion für Botanik – Sitzungsberichte und Abhandlungen der Naturwissenschaftlichen Gesellschaft Isis in Dresden – 1910: 4 - 5.
- Franz Wilhelm Neger (1910): II. Sektion für Botanik – Sitzungsberichte und Abhandlungen der Naturwissenschaftlichen Gesellschaft Isis in Dresden – 1910: 26 - 27.
- Franz Wilhelm Neger (1910): Neue Beobachtungen an körnersammelnden Ameisen. – Biologisches Zentralblatt – 30: 138 - 150.
- Franz Wilhelm Neger (1909): Ambrosiapilze. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 27: 372 - 389.
- Franz Wilhelm Neger (1908): Ambrosiapilze. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 26a: 735 - 754.
- Franz Wilhelm Neger (1907): II. Sektion für Botanik – Sitzungsberichte und Abhandlungen der Naturwissenschaftlichen Gesellschaft Isis in Dresden – 1907: 22 - 23.
- Franz Wilhelm Neger (1907): Eine Krankheit der Birkenkätzchen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 25: 368 - 372.
- Franz Wilhelm Neger (1907): Die Nadelhölzer (Koniferen) und übrigen Gymnospermen – Monografien Botanik Blütenpflanzen – 0485: 1 - 185.
- Franz Wilhelm Neger (1904): Über die Bildung von hibernakelähnlichen Sprossen bei Stellaria nemorum – Flora oder Allgemeine Botanische Zeitung – 93: 160 - 163.
- Franz Wilhelm Neger (1903): Über Blätter mit der Funktion von Stützorganen – Flora oder Allgemeine Botanische Zeitung – 92: 371 - 379.
- Franz Wilhelm Neger, J. Werther (1902): Wissenschaftliche Mitteilungen. Über den gegenwärtigen Stand der pflanzengeographischen Durchforschung Bayerns (r. R.). – Mitteilungen der Bayerischen Botanischen Gesellschaft zur Erforschung der heimischen Flora – 1_1902: 235 - 237.
- Franz Wilhelm Neger (1901): Vereinsnachrichten. Mitgliederstand. Die pflanzengeographische Durchforschung Bayerns. – Mitteilungen der Bayerischen Botanischen Gesellschaft zur Erforschung der heimischen Flora – 1_1901: 187 - 190.
- Franz Wilhelm Neger (1901): Beiträge zur Biologie der Erysipheen. – Flora oder Allgemeine Botanische Zeitung – 88: 333 - 370.
- Franz Wilhelm Neger (1901): Pflanzengeographisches aus den südlichen Anden und Patagonien – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 28: 231 - 258.
- Franz Wilhelm Neger (1901): Ueber Eriosphaeria salisburgensis (Niessl) Neger. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 19: 467 - 472.
- Martin Schinnerl, Franz Wilhelm Neger (1901): Literaturbesprechungen. – Mitteilungen der Bayerischen Botanischen Gesellschaft zur Erforschung der heimischen Flora – 1_1901: 208 - 209.
- Franz Wilhelm Neger (1900): Vereinsnachrichten. Mitgliederstand. – Mitteilungen der Bayerischen Botanischen Gesellschaft zur Erforschung der heimischen Flora – 1_1900: 155 - 163.
- Paul Dietel, Franz Wilhelm Neger (1900): Uredinaceae chilenses III – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 27: 1 - 36.
- Franz Wilhelm Neger (1900): Litteraturübersicht über die in den Jahren 1895—99, die Floren von Chile und Patagonien betreffend, veröffentlichten Arbeiten. – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 27: 4017 - 4041.
- Franz Wilhelm Neger (1899): Einige mycologische Beobachtungen aus dem Fichtelgebirge – Berichte der Bayerischen Botanischen Gesellschaft zur Erforschung der Flora – 7_1: 13 - 16.
- Franz Wilhelm Neger (1899): Zur Kenntniss der Gattung Phyllactinia. – Botanisches Centralblatt – 80: 11.
- Franz Wilhelm Neger (1899): Ueber ein Vorkommen von Amica alpina Olin in den südamerikanischen Anden. – Botanisches Centralblatt – 77: 1 - 2.
- Franz Wilhelm Neger (1899): Beitrag zur Kenntniss der Gattung Phyllactinia (nebst einigen neuen argentinischen Erysipheen). – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 17: 1235 - 1242.
- Paul Dietel, Franz Wilhelm Neger (1898): Uredinaceae chilenses. II. – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 24: 153 - 162.
- Paul Dietel, Franz Wilhelm Neger (1897): Uredinaceae chilenses. I. – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 22: 348 - 358.
- Franz Wilhelm Neger (1897): Zur Biologie der Holzgewächse im südlichen Chile – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 23: 369 - 381.
- Franz Wilhelm Neger (1897): Die Vegetationsverhältnisse im nördlichen Araucanien (Flussgebiet des Rio Biobio) – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 23: 382 - 411.