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- Rupert Lenzenweger (2017): Algensternchen in heimischen Gewässern – Der Bundschuh - Schriftenreihe des Museums Innviertler Volkskundehaus – 20_2017: 175.
- Rupert Lenzenweger (2016): Ein Moosrasen als Kleinbiotop – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2016_03: 12 - 14.
- Michael Hohla, Rupert Lenzenweger, Clemens Gumpinger (2016): Es war einmal ... "in einem Bächlein helle"! – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2016_01: 12 - 31.
- Rupert Lenzenweger (2015): "Blaualgen" - weit verbreitet, kaum beachtet – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2015_01: 7 - 8.
- Rupert Lenzenweger (2015): Schalenamöben - winzige Baumeister in den heimischen Gewässern – Der Bundschuh - Schriftenreihe des Museums Innviertler Volkskundehaus – 18_2015: 162 - 163.
- Angelika-Maria Opitz, Rupert Lenzenweger (2014): Die Desmidiaceen des Gieringer Weihers und des Gieringer Moors (Reith bei Kitzbühel) - Versuch eines Vergleichs mit den Untersuchungsergebnissen von Friedrich Hustedt aus dem Jahr 1911 (Desmidiaceae: Streptophyta) – Berichte des naturwissenschaftlichen-medizinischen Verein Innsbruck – 99: 67 - 78.
- Rupert Lenzenweger (2012): „Sternschneutzer“ am Wegesrand – Der Bundschuh - Schriftenreihe des Museums Innviertler Volkskundehaus – 15_2012: 141.
- Michael Hohla, Rupert Lenzenweger (2012): Ein Schattendasein - die auffällige Krusten-Rotalge (Hildenbrandia rivularis) in Oberösterreich. – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2012_3: 3 - 12.
- Rupert Lenzenweger (2011): Kleine Ursache - große Wirkung – Der Bundschuh - Schriftenreihe des Museums Innviertler Volkskundehaus – 14_2011: 146 - 147.
- Rupert Lenzenweger (2010): Ziegelgrube Eberschwang-Straß - ein Fenster zum geologischen Ursprung unserer Heimat – Der Bundschuh - Schriftenreihe des Museums Innviertler Volkskundehaus – 13_2010: 147 - 149.
- Rupert Lenzenweger (2009): Ein nicht alltäglicher Schmetterlingsfund – Der Bundschuh - Schriftenreihe des Museums Innviertler Volkskundehaus – 12_2009: 147.
- Jan Stastny, Rupert Lenzenweger (2008): Ein Nachtrag zur Zieralgenflora (Desmidiales, Zygnematophyceae) der Schwemm bei Walchsee in Nordtirol (Österreich). – Phyton, Annales Rei Botanicae, Horn – 48_1: 37 - 49.
- Rupert Lenzenweger (2005): Zieralgen (Desmidiaceae, Zygnemaphyceae) aus einigen Seen der als "Klafferkessel" bezeichneten Hochebene in den Niederen Tauern (Steiermark, Österreich). – Joannea Botanik – 04: 35 - 39.
- Rupert Lenzenweger (2002): Die Zieralgen (Desmidiaceae, Zynemaphyceae) einiger Subalpiner Seen in den Niederen Tauern (Steiermark, Österreich) – Joannea Botanik – 03: 9 - 16.
- Rupert Lenzenweger, Friedrich E. Wertl (2001): Zur Desmidales (Chlorophyta)-Flora der Altwässer in den Donau-Auen bei Wien (Österreich). – Phyton, Annales Rei Botanicae, Horn – 41_2: 247 - 267.
- Rupert Lenzenweger (2001): Zieralgen oder Desmidiaceen - typische Moorbewohner – Natur und Land (vormals Blätter für Naturkunde und Naturschutz) – 2001_1-2: 14 - 15.
- Rupert Lenzenweger (2000): Vorläufiges Ergebnis der Untersuchungen zur Zieralgenflora der Schwemm bei Walchsee in Nordtirol (Desmidiaceae). – Berichte des naturwissenschaftlichen-medizinischen Verein Innsbruck – 87: 41 - 66.
- Rupert Lenzenweger (2000): Über moosbewohnende Zieralgen (Desmidiaceen) aus Oberösterreich – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0009: 57 - 63.
- Rupert Lenzenweger (2000): Moosbewohnende Testaceen (Beschalte Amöben) im Rieder Stadtgebiet – Der Bundschuh - Schriftenreihe des Museums Innviertler Volkskundehaus – 3_2000: 139 - 141.
- Zieralgen- verborgene Schönheiten im MoorRupert Lenzenweger (1999): Zieralgen- verborgene Schönheiten im Moor – Informativ. Ein Magazin des Naturschutzbundes Oberösterreich – 13: 16 - 17.
- Rupert Lenzenweger (1999): Rote Liste gefährdeter Zieralgen (Desmidiales) Österreichs 2. Fassung – Grüne Reihe des Lebensministeriums – 10: 276 - 281.
- Rupert Lenzenweger, Georg Gärtner, Susanna Pfattner (1997): Zur bemerkenswerten Wiederentdeckung von Staurastrum gurgeliense Schmidle und Staurastrum sparseaculeatum Schmidle in Obergurgl (Ötztal, Tirol) (Desmidiaceae, Chlorophyta). – Berichte des naturwissenschaftlichen-medizinischen Verein Innsbruck – 84: 75 - 80.
- Zur bemerkenswerten Wiederentdeckung von Staurastrum gurgeliense Schmidle und Staurastrum…Rupert Lenzenweger, Georg Gärtner, Susanna Pfattner (1997): Zur bemerkenswerten Wiederentdeckung von Staurastrum gurgeliense Schmidle und Staurastrum sparseaculeatum Schmidle in Obergurgl (Ötztal, Tirol) (Desmidiaceae, Chlorophyta). – Ber.naturw.-med.Ver.Innsbruck – 84: 75 - 80.
- Rupert Lenzenweger (1997): Beitrag zur Kenntnis der Desmidiaceen der alpinen Lagen der Glocknergruppe im inneren Fuschertal (Bundesland Salzburg, Austria) – Nationalpark Hohe Tauern - Wissenschaftliche Mitteilungen Nationalpark Hohe Tauern – 3: 27 - 36.
- Die Desmidiaceen des Schobersees bei Schladming (Niedere Tauern)Rupert Lenzenweger (1997): Die Desmidiaceen des Schobersees bei Schladming (Niedere Tauern) – Linzer biol. Beitr. – 29/1: 167 - 172.
- Rupert Lenzenweger (1997): Die Desmidiaceen des Schobersees bei Schladming (Niedere Tauern). – Linzer biologische Beiträge – 0029_1: 167 - 172.
- Anekdoten beim Algensuchen rund um die WeltRupert Lenzenweger (1996): Anekdoten beim Algensuchen rund um die Welt – Die ersten 50Jahre der Mikroskopischen Gesellschaft Zürich – : 85.
- Rupert Lenzenweger (1996): Die Desmidiaceenflora des Unteren Gasselhöhesees bei Schladming (Niedere Tauern). – Linzer biologische Beiträge – 0028_1: 349 - 355.
- Wie es begann - mein erstes MikroskopRupert Lenzenweger (1995): Wie es begann - mein erstes Mikroskop – Fish Pathol. – 1+2: 13 - 15.
- Rupert Lenzenweger, Hans Jürgen Steinkohl (1995): Ein unklares Closterium vom Postalmgebiet. – Linzer biologische Beiträge – 0027_1: 115 - 118.
- Rupert Lenzenweger, Hans Jürgen Steinkohl (1994): Closterium subfusiforme Messikommer - eine bemerkenswerte Alge aus dem Almsee (Oberösterreich) – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0002: 115 - 118.
- Rupert Lenzenweger (1993): Zur bisher bekannten Verbreitung von Micrasterias americana (Ehr.) ex Ralfs var.boldtii Gutw. und deren Variabilität – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0001: 3 - 6.
- Rupert Lenzenweger (1993): Zum Desmidiaceenvorkommen im Botanischen Garten von Klagenfurt Mit 2 Tafeln – Wulfenia – 2: 7 - 11.
- Rupert Lenzenweger (1993): Beitrag zur Kenntnis der Desmidiaceenflora des Lunzer Obersees. – Linzer biologische Beiträge – 0025_1: 283 - 320.
- Beitrag zur Kenntnis der Desmidiaceenflora von Feuerland (Argentinien)Rupert Lenzenweger (1993): Beitrag zur Kenntnis der Desmidiaceenflora von Feuerland (Argentinien) – Arch. Protistenkunde – 143: 143 - 152.
- Beitrag zur Kenntnis der Desmidiaceenflora des Lunzer OberseesRupert Lenzenweger (1993): Beitrag zur Kenntnis der Desmidiaceenflora des Lunzer Obersees – Linzer biol. Beitr. – 25/1: 283 - 320.
- Zur bisher bekannten Verbreitung von* Micrasterias* *americana* (#Ehr#. ) ex #Ralfs# var. *…Rupert Lenzenweger (1993): Zur bisher bekannten Verbreitung von* Micrasterias* *americana* (#Ehr#.) ex #Ralfs# var.* boldtii* #Gutw#. und deren Variabilität – Beitr. Naturk. Oberösterreichs – 1: 3 - 6.
- Beitrag zur Kenntnis der Desmidiaceenflora von Feuerland (Argentinien)Rupert Lenzenweger (1993): Beitrag zur Kenntnis der Desmidiaceenflora von Feuerland (Argentinien) – Archiv für Protistenkunde – 143_1993: 143 - 152.
- Rupert Lenzenweger (1991): Die Zieralgenflora der Seewiesenalm bei Lienz/Osttirol. – Veröffentlichungen des Tiroler Landesmuseums Ferdinandeum – 71: 117 - 134.
- Rupert Lenzenweger (1991): Beitrag zur Desmidiaceenflora im Nationalpark Hohe Tauern (Mölltal, Kärnten) – Carinthia II – 181_101: 367 - 385.
- Gedanken über das "Bestimmen"Rupert Lenzenweger (1990): Gedanken über das "Bestimmen" – Mitt. Nachr. Mikroskop. Ges. Zürich – 9/90: 104 - 108.
- Rupert Lenzenweger (1990): Xanthidium alpinum SCHMIDLE - eine Heterokonte (Chrysophyta)? – Linzer biologische Beiträge – 0022_1: 21 - 24.
- Rupert Lenzenweger (1990): Zieralgen aus dem Enzingerboden, südlich Uttendorf (Salzburg). – Linzer biologische Beiträge – 0022_1: 175 - 178.
- *Xanthidium* *alpinum* #Schmidle# - eine Heterokonte (Chrysophyta)?Rupert Lenzenweger (1990): *Xanthidium* *alpinum* #Schmidle# - eine Heterokonte (Chrysophyta)? – Linzer biol. Beitr. – 22/1: 21 - 24.
- Zieralgen aus dem Enzingerboden, südlich Uttendorf (Salzburg)Rupert Lenzenweger (1990): Zieralgen aus dem Enzingerboden, südlich Uttendorf (Salzburg) – Linzer biol. Beitr. – 22/1: 175 - 178.
- Rupert Lenzenweger (1989): Die Staurastrien (Desmidiaceae) Österreichs und ihre bislang bekannte Verbreitung – Stapfia – 0022: 1 - 44.
- Rupert Lenzenweger (1989): Zieralgen von Süd-Grönland – Stapfia – 0022: 81 - 140.
- Rupert Lenzenweger (1989): Beitrag zur Kenntnis der Zieralgenflora des Egelsees bei Abtenau (Salzburg, Österreich) – Stapfia – 0022: 45 - 79.
- Rupert Lenzenweger (1989): Beitrag zur Zieralgenflora von Kärnten (Mit 6 Tafeln) – Carinthia II – 179_99: 509 - 536.
- Zieralgen von Süd-GrönlandRupert Lenzenweger (1989): Zieralgen von Süd-Grönland – Stapfia – 22: 81 - 140.
- Beitrag zur Kenntnis der Zieralgenflora des Egelsees bei Abtenau (Salzburg, Österreich)Rupert Lenzenweger (1989): Beitrag zur Kenntnis der Zieralgenflora des Egelsees bei Abtenau (Salzburg, Österreich) – Stapfia – 22: 45 - 79.
- Die Staurastrien (Desmidiaceae) Österreichs und ihre bislang bekannte VerbreitungRupert Lenzenweger (1989): Die Staurastrien (Desmidiaceae) Österreichs und ihre bislang bekannte Verbreitung – Stapfia – 22: 1 - 44.
- Zieralgen in Mühlviertler MoorenRupert Lenzenweger (1988): Zieralgen in Mühlviertler Mooren – Kat. OÖ. Landesausstellung 1988/Beiträge – : 57 - 60.
- Verlorenes Paradies [Umgebung Ried/I. , Openbach]Rupert Lenzenweger (1988): Verlorenes Paradies [Umgebung Ried/I., Openbach] – Die Heimat, Beil.- Rieder Volksztg – 315: 1 - 2.
- Rupert Lenzenweger (1988): Zieralgen in Mühlviertler Mooren. – Kataloge des OÖ. Landesmuseums – MUE_88: 57 - 60.
- Rupert Lenzenweger (1988): Zieralgen- Kleinodien pflanzlichen Lebens – Carinthia II – 178_98: 233 - 237.
- Rupert Lenzenweger (1988): Zur Zieralgenflora einiger Moore und Seeuferzonen in Kärnten – Carinthia II – 178_98: 537 - 559.
- Rupert Lenzenweger (1987): Die Zieralgen - eine gefährdete Algengruppe. – Schriften des Vereins zur Verbreitung naturwissenschaftlicher Kenntnisse Wien – 126: 59 - 62.
- Rote Liste gefährdeter Zieralgen (Desmidiales) Österreichs S. 200-202, 205-207Rupert Lenzenweger (1986): Rote Liste gefährdeter Zieralgen (Desmidiales) Österreichs S. 200-202, 205-207 – Grüne R. BM.Gesundheit Umweltschutz – 5: 200 - 207.
- Rote Liste gefährdeter Zieralgen (Desmidiales) Österreichs.Rupert Lenzenweger (1986): Rote Liste gefährdeter Zieralgen (Desmidiales) Österreichs. – Grüne R. BM.Gesundheit Umweltschutz – 5: 205 - 207.
- Algen auf SchneeRupert Lenzenweger (1986): Algen auf Schnee – Mikrokosmos – 75: 311 - 312.
- Rupert Lenzenweger (1986): Bemerkenswerte Zieralgen-Funde im Bergland um Bad Mitterndorf (Steiermark, Österreich) – Mitteilungen der Abteilung für Botanik am Landesmuseum "Joanneum" in Graz – 13-14_1986: 1 - 27.
- Rupert Lenzenweger (1986): Interessante Zieralgen-Funde im Bergland nördlich von Gröbming und Stainach (Steiermark, Österreich) – Mitteilungen der Abteilung für Botanik am Landesmuseum "Joanneum" in Graz – 13-14_1986: 29 - 43.
- Rupert Lenzenweger (1986): Rote Liste gefährdeter Zieralgen (Desmidiales) Österreichs – Grüne Reihe des Lebensministeriums – AS_5: 200 - 202.
- Zur Zieralgenflora der Schwarzen Lacken am Gerzkopf bei Eben/Pongau (Salzburg, Österreich)Rupert Lenzenweger (1986): Zur Zieralgenflora der Schwarzen Lacken am Gerzkopf bei Eben/Pongau (Salzburg, Österreich) – Linzer biol. Beitr. – 18/1: 101 - 115.
- Rupert Lenzenweger (1986): Zur Zieralgenflora der Schwarzen Lacken am Gerzkopf bei Eben/Pongau (Salzburg, Österreich). – Linzer biologische Beiträge – 0018_1: 101 - 115.
- Rupert Lenzenweger (1985): Zieralgen aus dem Plankton und Sublitoral einiger oberösterreichischer Seen. – Jahrbuch des Oberösterreichischen Musealvereines – 130a: 193 - 208.
- Zu einer abgewandelten Form des* Staurastrum* *senarium* (#Ehr#. ) #Ralfs# var. *nigrae*-*silvae*…Rupert Lenzenweger (1985): Zu einer abgewandelten Form des* Staurastrum* *senarium* (#Ehr#.) #Ralfs# var. *nigrae*-*silvae* #Schmidle# – Linzer biol. Beitr. – 17/1: 191 - 196.
- Tiere, die im Dunkeln leben.Rupert Lenzenweger (1984): Tiere, die im Dunkeln leben. – Die Heimat, heimatkdl. Beilage der Rieder Volkszeitung – 290: 1 - 2.
- Erfreuliches von der Sternchenalge (Micrasterias) (Rotmoos, Gosau)Rupert Lenzenweger (1984): Erfreuliches von der Sternchenalge (Micrasterias) (Rotmoos, Gosau) – Mikrokosmos – 73: 175 - 176.
- Beitrag zur Kenntnis der Zieralgen der Nördlichen Kalkalpen Österreichs (Steiermark und…Rupert Lenzenweger (1984): Beitrag zur Kenntnis der Zieralgen der Nördlichen Kalkalpen Österreichs (Steiermark und Ober-österreich) – Arch. Hydrobiol. Suppl. – 67: 251 - 281.
- Planktonleben im Prameter BadeseeRupert Lenzenweger (1983): Planktonleben im Prameter Badesee – Die Heimat, Beil.- Rieder Volksztg – 282: 4.
- Rupert Lenzenweger (1983): Verborgene Raritäten: Zieralgen- Erstnachweis für Österreich – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 1983_3: 15 - 17.
- Verborgene Raritäten: Zieralgen-Erstnachweise für ÖsterreichRupert Lenzenweger (1983): Verborgene Raritäten: Zieralgen-Erstnachweise für Österreich – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 5/3: 15 - 18.
- Rupert Lenzenweger (1982): ZIERALGEN AUS DEM HORNSPITZGEBIET BEI GOSAU - TEIL II – Naturkundliches Jahrbuch der Stadt Linz (Linz) – 28: 261 - 270.
- Zieralgen aus dem Hornspitzgebiet bei Gosau - Teil IIRupert Lenzenweger (1982): Zieralgen aus dem Hornspitzgebiet bei Gosau - Teil II – Naturk.Jb.Stadt Linz – 28: 261 - 270.
- Rupert Lenzenweger (1982): Ein weiterer Beitrag über die Variabilität von Micrasterias americana (EHR.) ex RALFS. – Linzer biologische Beiträge – 0014_1: 3 - 9.
- Ein weiterer Beitrag über die Variabilität von* Micrasterias* *americana* (#Ehr#. ) ex #Ralfs#Rupert Lenzenweger (1982): Ein weiterer Beitrag über die Variabilität von* Micrasterias* *americana* (#Ehr#.) ex #Ralfs# – Linzer biol. Beitr. – 14/1: 3 - 9.
- Rupert Lenzenweger (1981): Heimische Zieralgen (Desmidiaceen)- gefährdete Mikroflora – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 1981_2: 15 - 19.
- Rupert Lenzenweger (1981): ZIERALGEN AUS DEM HORNSPITZGEBIET BEI GOSAU - TEIL I – Naturkundliches Jahrbuch der Stadt Linz (Linz) – 27: 25 - 82.
- Heimische Zieralgen (Desmidiaceen) - gefährdete MikrofloraRupert Lenzenweger (1981): Heimische Zieralgen (Desmidiaceen) - gefährdete Mikroflora – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 3/2: 15 - 19.
- Zieralgen aus dem Hornspitzgebiet bei Gosau - Teil IRupert Lenzenweger (1981): Zieralgen aus dem Hornspitzgebiet bei Gosau - Teil I – Naturk.Jb.Stadt Linz – 27: 25 - 82.
- Rupert Lenzenweger (1981): Algologische Notizen VIII. – Linzer biologische Beiträge – 0013_1: 5 - 6.
- Algologische Notizen VIIIRupert Lenzenweger (1981): Algologische Notizen VIII – Linzer biol. Beitr. – 13/1: 5 - 6.
- Heimische ZieralgenRupert Lenzenweger (1981): Heimische Zieralgen – Linzer biol. Beitr. – 13/1: 60 - 61.
- Rupert Lenzenweger (1981): Heimische Zieralgen. – Linzer biologische Beiträge – 0013_1: 60 - 61.
- Aus der Lebensgemeinschaft "Dietmarbrunnen"Rupert Lenzenweger (1980): Aus der Lebensgemeinschaft "Dietmarbrunnen" – Die Heimat, Beil.- Rieder Volksztg – 250/251: 8.
- Rupert Lenzenweger (1980): Einige Desmidiaceen aus Ostafrika. – Linzer biologische Beiträge – 0012_2: 385 - 387.
- Rupert Lenzenweger (1980): Algologische Notizen III. Erstfund von Micrasterias pinnatifida (KÜTZ) RALFS var. pseudoscitans GRÖNBL. in Höhenlagen der Nördlichen Kalkalpen. – Linzer biologische Beiträge – 0011_2: 267 - 270.
- Rupert Lenzenweger (1980): Staurastrum pingue TEILING im Prameter Badesee. – Linzer biologische Beiträge – 0012_2: 389 - 391.
- Rupert Lenzenweger (1980): Algologische Notizen II. – Linzer biologische Beiträge – 0011_2: 227 - 235.
- Einige Desmidiaceen aus OstafrikaRupert Lenzenweger (1980): Einige Desmidiaceen aus Ostafrika – Linzer biol. Beitr. – 12/2: 385 - 387.
- Algologische Notizen IIRupert Lenzenweger (1980): Algologische Notizen II – Linzer biol. Beitr. – 11/2: 227 - 235.
- Einige bemerkenswerte Desmidiaceen aus dem Plankton des Almsees (Oberösterreich)Rupert Lenzenweger (1980): Einige bemerkenswerte Desmidiaceen aus dem Plankton des Almsees (Oberösterreich) – Linzer biol. Beitr. – 12/2: 393 - 396.
- Algologische Notizen I.Rupert Lenzenweger (1980): Algologische Notizen I. – Linzer biol. Beitr. – 11/2: 215 - 217.
- Algologische Notizen III. Erstfund von* Micrasterias* *pinnatifida* (#Kütz#) #Ralfs# var. *…Rupert Lenzenweger (1980): Algologische Notizen III. Erstfund von* Micrasterias* *pinnatifida* (#Kütz#) #Ralfs# var.* pseudoscitans* #Grönbl#. in Höhenlagen der Nördlichen Kalkalpen – Linzer biol. Beitr. – 11/2: 267 - 270.
- Algologische Notizen IV. Beobachtungen zur Variabilität von* Micrasterias* *americana*…Rupert Lenzenweger (1980): Algologische Notizen IV. Beobachtungen zur Variabilität von* Micrasterias* *americana* (#Ehrenbg#.) #Ralfs#. – Linzer biol. Beitr. – 11/2: 271 - 278.
- *Staurastrum* *pingue* #Teiling# im Prameter BadeseeRupert Lenzenweger (1980): *Staurastrum* *pingue* #Teiling# im Prameter Badesee – Linzer biol. Beitr. – 12/2: 389 - 391.
- Rupert Lenzenweger (1980): Algologische Notizen I. – Linzer biologische Beiträge – 0011_2: 215 - 217.
- Rupert Lenzenweger (1980): Algologische Notizen IV. Beobachtungen zur Variabilität von Micrasterias americana (EHRENBG.) RALFS. – Linzer biologische Beiträge – 0011_2: 271 - 278.