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- Paul Mayer (1897): Über den Spiraldarm der Selachier. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 12: 749 - 754.
- Paul Mayer (1897): Über Schleimfärbung. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 12: 303 - 330.
- Paul Mayer (1895): Über die vermeintliche Schwimmblase der Selachier. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 11: 475 - 478.
- Paul Mayer (1891-1893): Über das Färben mit Hämatoxylin. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 10: 170 - 186.
- Paul Mayer (1891-1893): Über das Färben mit Carmin, Cochenille und Hämatein-Thonerde. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 10: 480 - 504.
- Paul Mayer (1891-1893): Zur Kenntnis von Coccus cacti. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 10: 505 - 518.
- Paul Mayer (1890): 5. Über die "Keimbläschen" der Fliege – Zoologischer Anzeiger – 13: 367 - 368.
- Paul Mayer (1890): Monographie der Capitelliden des Golfes von Neapel und der angrenzenden Meeresabschnitte nebst Untersuchungen zur vergleichenden Anatomie und Physiologie. Nachtrag zur Monographie derselben – Fauna und Flora des Golfes von Neapel und der angrenzenden Meeres-Abschnitte – 17: 1 - 157.
- Paul Mayer (1888): Über Eigenthümlichkeiten in den Kreislaufsorganen der Selachier. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 8: 307 - 373.
- Paul Mayer (1887): 3. Über "Stielneubildung" bei Tubularia – Zoologischer Anzeiger – 10: 365.
- Paul Mayer (1886): Die unpaaren Flossen der Selachier. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 6: 217 - 285.
- Paul Mayer (1886/87): Über die Entwicklung des Herzens und der großen Gefäßstämme bei den Selachiern. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 7: 338 - 370.
- Angelo Andres, Wilhelm Giesbrecht, Paul Mayer (1883): Neuerungen in der Schneidetechnik. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 4: 429 - 436.
- Paul Mayer (1883): Einfache Methode zum Aufkleben mikroskopischer Schnitte. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 4: 521 - 522.
- Paul Mayer (1882): Zur Naturgeschichte der Feigeninsecten. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 3: 551 - 590.
- Paul Mayer (1882): Die Caprelliden des Golfes von Neapel und der angrenzenden Meeres-Abschnitte. Eine Monographie – Fauna und Flora des Golfes von Neapel und der angrenzenden Meeres-Abschnitte – 6: 1 - 201.
- Paul Mayer (1881): Über die in der Zoologischen Station zu Neapel gebräuchlichen Methoden zur mikroskopischen Untersuchung. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 2: 1 - 27.
- Paul Mayer (1881): Carcinologische Mittheilungen. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 2: 197 - 221.
- Paul Mayer (1881): 2. Noch einmal Wagnerella borealis – Zoologischer Anzeiger – 4: 592 - 593.
- Paul Mayer (1879): Carcinologische Mittheilungen – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 1: 40 - 53.
- Paul Mayer (1879): Carcinologische Mittheilung. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 1: 165 - 179.
- Paul Mayer (1879): Carcinologische Mittheilungen. – Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel – 1: 515 - 522.
- Paul Mayer (1879): 4. Zur Lehre von den Sinnesorganen bei den Insecten – Zoologischer Anzeiger – 2: 182 - 183.
- Paul Mayer (1879): 4. Wagnerella borealis – Zoologischer Anzeiger – 2: 357 - 358.
- Paul Mayer (1878): Die Verwendbarkeit der Cochenille in der microscopischen Technik – Zoologischer Anzeiger – 1: 345 - 346.
- Paul Mayer (1877): Zur Entwicklungsgeschichte der Dekapoden. – Jenaische Zeitschrift für Naturwissenschaft – NF_4: 188 - 269.
- Paul Mayer (1877): Der Tonapparat der Cikaden – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 28: 79 - 92.