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- Emil Ballowitz (1916): Spermiozeugmen bei Libellen. – Biologisches Zentralblatt – 36: 209 - 216.
- Emil Ballowitz (1916): Über die Rotzellen und ihre Vereinigungen mit anderen Farbstoffzellen in der Haut von Knochenfischen. – Biologisches Zentralblatt – 36: 24 - 30.
- Die chromatischen Organe in der Haut von Trachinus vipera Cuv. Ein Beitrag zur Kenntnis der…Emil Ballowitz (1913): Die chromatischen Organe in der Haut von Trachinus vipera Cuv. Ein Beitrag zur Kenntnis der Chromatophoren-Vereinigungen bei Knochenfischen – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 104: 471 - 530.
- Die erste Entstehung der Randsichel, der Archistomrinne und der Urmundplatte am Embryonalschild…Emil Ballowitz (1913): Die erste Entstehung der Randsichel, der Archistomrinne und der Urmundplatte am Embryonalschild der Ringelnatter (Tropidonotus natrix Boie) – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 105: 178 - 191.
- Emil Ballowitz (1913): Das Verhalten der Kerne bei der Pigmentströmung in den Erythrophoren von Knochenfischen. – Biologisches Zentralblatt – 33: 490 - 493.
- Emil Ballowitz (1913): Das Verhalten der Zellkerne bei der Pigmentströmung in den Melanophoren der Knochenfische. – Biologisches Zentralblatt – 33: 269 - 272.
- Emil Ballowitz (1908): Die kopflosen Spermien der Cirripedien (Baianus) – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 91: 421 - 426.
- Emil Ballowitz (1907): Die Form und Struktur der Schuppentierspermien – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 86: 619 - 624.
- Emil Ballowitz (1906): Über das regelmäßige Vorkommen auffällig heteromorpher Spermien im reifen Sperma des Grasfrosches Rana muta Laur. – Zoologischer Anzeiger – 30: 730 - 737.
- Emil Ballowitz (1905): Die Gastrulation bei der Blindschleiche (Anguis fragilis L) – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 83: 707 - 732.
- Emil Ballowitz (1901): Über die Verbreitung der Schlingnatter (Coronella austriaca Laur.) im norddeutschen Flachlande, insbesondere in Vorpommern. – Zoologischer Anzeiger – 25: 212 - 217.
- Emil Ballowitz (1901): Die Gastrulation bei der Ringelnatter (Tropidonotus natrix Boie) bis zum Auftreten der Falterform der Embryonalanlage – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 70: 675 - 732.
- Emil Ballowitz (1900): Die grosse Raubseeschwalbe (Sterna caspia Pall.) an der pommerschen Ostseeküste. – Journal für Ornithologie – 48_1900: 165 - 175.
- Emil Ballowitz (1898): Über Ringkerne, ihre Entstehung und Vermehrung. – Biologisches Zentralblatt – 18: 286 - 299.
- Emil Ballowitz (1895): Die Doppelspermatozoen der Dyticiden. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 60: 458 - 499.
- Emil Ballowitz (1893): Die Nervenendigungen der Pigmentzellen, ein Beitrag zur Kenntnis des Zusammenhanges der Endverzweigungen der Nerven mit dem Protoplasma der Zellen – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 56: 673 - 706.
- Emil Ballowitz (1893): Ueber die Bewegungserscheinungen der Pigmentzellen. – Biologisches Zentralblatt – 13: 625 - 630.
- Emil Ballowitz (1891): Weitere Beobachtungen über den feineren Bau der Säugethierspermatozoen. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 52: 217 - 293.
- Emil Ballowitz (1890): 2. Über das Vorkommen des Miniopterus Schreibersii Natterer in Deutschland nebst einigen Bemerkungen über die Fortpflanzung deutscher Chiropteren – Zoologischer Anzeiger – 13: 531 - 536.
- Emil Ballowitz (1890): Untersuchungen über die Struktur der Spermatozoen, zugleich ein Beitrag zur Lehre vom feineren Bau der kontraktilen Elemente. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 50: 317 - 407.
- Emil Ballowitz (1889-1890): Ueber Verbreitung und Bedeutung feinfaseriger Strukturen in den Geweben und Gewebselementen des tierischen Körpers. – Biologisches Zentralblatt – 9: 650 - 670.