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- Wilhelm Friedrich Zopf (1908): Beiträge zu einer chemischen Monographie der Cladoniaceen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 26: 51 - 113.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1907): Biologische und morphologische Beobachtungen an Flechten. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 25: 233 - 237.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1906): Biologische und morphologische Beobachtungen an Flechten. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 24: 574 - 580.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1906): Zur Kenntnis der Sekrete der Farne. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 24: 264 - 272.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1905): Biologische und morphologische Beobachtungen an Flechten. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 23: 497 - 504.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1905): Zur Vielkernigkeit grosser Flechtensporen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 23: 206.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1905): Vielkernigkeit grosser Flechtensporen – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 23: 121 - 122.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1900): Ueber das Polycystin, ein krystallisirendes Carotin aus Polycystis flos aquae Wittr. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 18: 461 - 467.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1900): Oxalsäurebildung durch Bacterien. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 18: 32 - 34.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1897): Ueber Nebensymbiose (Parasymbiose). – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 15: 90 - 92.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1896): Uebersicht der auf Flechten schmarotzenden Pilze. – Hedwigia – 35_1896: 312 - 366.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1896): Zur biologischen Bedeutung der Flechtensäuren. – Biologisches Zentralblatt – 16: 593 - 610.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1895): Cohn's Hämatochrom ein Sammelbegriff. – Biologisches Zentralblatt – 15: 417 - 427.
- Wilhelm Friedrich Zopf, Richard Sadebeck (1894): Erwiderung u. Ein bemerkenswerther Fall der Gabelung der Blatter des Asplenium viride Huds. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 12: 344 - 350.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1893-1894): Ein in Saccamminagehäusen vorkommender Myxomycet. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 57: 618 - 619.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1893): Beiträge zur Physiologie und Morphologie niederer Organismen. – Botanisches Centralblatt – 56: 192.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1893): Die Weissfärbung von Thamnolia vermicularis, bedingt durch eine neue krystallisirende Flechtensäure (Thamnolsäure). – Hedwigia – 32_1893: 66 - 69.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1892): Ueber einige niedere Algenpilze (Phycomyceten) und eine neue Methode ihre Keime aus dem Wasser zu isoliren – Abhandlungen der Naturforschenden Gesellschaft Halle – 17: 77 - 107.
- Ueber Ausscheidung von Fettfarbstoffen (Lipochromen) seitens gewisser SpaltpilzeWilhelm Friedrich Zopf (1891): Ueber Ausscheidung von Fettfarbstoffen (Lipochromen) seitens gewisser Spaltpilze – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 9: 22 - 28.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1891): Zur physiologischen Deutung der Fumariaceen - Behälter – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 9: 107 - 117.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1890): Die Pilze in morphologischer, physiologischer, biologischer und systematischer Beziehung – Monografien Botanik Pilze – 0044: 1 - 516.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1889): Vorkommen von Fettfarbstoffen bei Pilzthieren (Mycetozoen). – Flora oder Allgemeine Botanische Zeitung – 72: 353 - 361.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1889): Oxalsäuregährung (an Stelle von Alcoholgährung) bei einem typischen (endosporen) Saccharomyceten (S. Hansenii n. spec). – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 7: 94 - 97.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1887): Ueber einige niedere Algenpilze (Phycomyceten) und eine neue Methode ihre Keime aus dem Wasser zu isolieren – Monografien Botanik Pilze – 0028: 1 - 35.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1887): Ueber einen neuen Inhaltskörper in pflanzlichen Zellen – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 5: 275 - 281.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1886): Über die Gerbstoff- und Anthocyan-Behälter der Fumariaceen und einiger anderen Pflanzen – Bibliotheca Botanica - Original-Abhandlungen aus dem Gesamtgebiet der Botanik – 2: 1 - 40.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1885-1886): Literatur – Biologisches Zentralblatt – 5: 585 - 588.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1885-1886): Literaturbericht – Biologisches Zentralblatt – 5: 321 - 326.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1884): Zur Kenntniss der Phycomyceten. Zur Morphologie und Biologie der Ancylisteen und Chytridiaceen, zugleich ein Beitrag zur Phytopathologie – Monografien Allgemein – 0355: 1 - 236.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1883): Weitere Stützen für meine Theorie von der Inconstanz der Spaltalgen (Phycochromaceen). – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 1: 319 - 324.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1883): Repertorium. Die Spaltpilze. – Hedwigia – 22_1883: 89 - 96.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1883-1884): Zur Morphologie der Spaltpflanzen (Spaltpilze und Spaltalgen). – Biologisches Zentralblatt – 3: 161 - 165.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1883-1884): Die Spaltpilze. – Biologisches Zentralblatt – 3: 256.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1883-1884): Ueber einen neuen Schleimpilz im Schweinekörper. Haplococcus reticulatus Zopf. – Biologisches Zentralblatt – 3: 673 - 678.
- Wilhelm Friedrich Zopf (1882): Ueber den genetischen Zusammenhang von Spaltpilzformen – Biologisches Zentralblatt – 2: 257 - 258.
- Wilhelm Friedrich Zopf, Paul Sydow (1877-1878): Mycotheca Marchica. – Verhandlungen des Botanischen Vereins Berlin Brandenburg – 19: XXXV-XLIV.