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- Josef Schiller (1957): Untersuchungen an den planktischen Protophyten des Neusiedler Sees, 1950-1954. II. Teil. – Wissenschaftliche Arbeiten aus dem Burgenland – 018: 1 - 44.
- Josef Schiller (1956): Untersuchungen an den planktischen Protophyten des Neusiedler Sees 1950-1954 - III. Teil. Euglenen. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 165: 547 - 583.
- Josef Schiller (1955): Untersuchungen an den planktischen Protophyten des Neusiedler Sees, 1950-1954. 1. Teil. – Wissenschaftliche Arbeiten aus dem Burgenland – 009: 1 - 66.
- Josef Schiller (1954): Über Cyanophyceen aus kleinen künstlichen Wasserbecken und aus dem Ruster Kanal des Neusiedler Sees. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 163: 109 - 139.
- Neue Mikrophyten aus dem Neusiedler See und benachbarter Gebiete.Josef Schiller (1952): Neue Mikrophyten aus dem Neusiedler See und benachbarter Gebiete. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 099: 100 - 117.
- Über die Vermehrung des Paramylons und über Alterserscheinungen bei Eugleninen.Josef Schiller (1952): Über die Vermehrung des Paramylons und über Alterserscheinungen bei Eugleninen. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 099: 413 - 420.
- Über die Schale und den Bau der Pyrenoide bei Trachelomonas intermedius.Josef Schiller (1949): Über die Schale und den Bau der Pyrenoide bei Trachelomonas intermedius. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 096: 473 - 479.
- Die Förderung des Wachstums von Moosen im Gasteiner ThermalwasserJosef Schiller (1938): Die Förderung des Wachstums von Moosen im Gasteiner Thermalwasser – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 087: 114 - 118.
- Josef Schiller (1928): Die planktischen Vegetationen des Adriatischen Meeres – Archiv für Protistenkunde – 62_1928: 119 - 166.
- Josef Schiller (1928): Die planktischen Vegetationen des adriatischen Meeres – Archiv für Protistenkunde – 61_1928: 45 - 91.
- Die planktischen Vegetationen des adriatischen Meeres. C. Dinoflagellata. I. Teil. …Josef Schiller (1928): Die planktischen Vegetationen des adriatischen Meeres. C. Dinoflagellata. I.Teil. Adiniferidea, Dinophysidaceae. Systematischer Teil. (Nach den Ergebnissen der österreichischen Adriaforschung in den Jahren 1911-14) – Arch. Protistenkunde – 61: 45 - 91.
- Die planktischen Vegetationen des Adriatischen Meeres. C. Dinoflagellata. Systematischer Teil. …Josef Schiller (1928): Die planktischen Vegetationen des Adriatischen Meeres. C. Dinoflagellata. Systematischer Teil. 2. Teil. Gymnodiniales – Arch. Protistenkunde – 62: 119 - 166.
- Josef Schiller (1926): Die planktontischen Vegetationen des adriatischen Meeres – Archiv für Protistenkunde – 53_1926: 59 - 123.
- Josef Schiller (1926): Über Fortpflanzung, geißellose Gattungen und die Nomenklatur der Coccolithophoraceen nebst Mitteilung über Copulation bei Dinobryon – Archiv für Protistenkunde – 53_1926: 326 - 342.
- Josef Schiller (1926): Der thermische Einfluß und die Wirkung des Eises auf die planktischen Herbstvegetationen in den Altwassern der Donau bei Wien nach regelmäßiger Beobachtung von Oktober 1918 bis Ende 1925 – Archiv für Protistenkunde – 56_1926: 1 - 62.
- Die planktonischen Vegetationen des adriatischen Meeres. B. Chrysomonadinae, Heterokontae, …Josef Schiller (1926): Die planktonischen Vegetationen des adriatischen Meeres. B. Chrysomonadinae, Heterokontae, Crytomonadinae, Eugleninae, Volvocales. 1. Systematischer Teil. Nach den Ergebnissen der österreichischen Adriaforschung in den Jahren 1911-14 – Arch. Protistenkunde – 53: 59 - 123.
- Über Fortpflanzung, geißellose Gattungen und die Nomenklatur der Coccolithophoraceen nebst…Josef Schiller (1926): Über Fortpflanzung, geißellose Gattungen und die Nomenklatur der Coccolithophoraceen nebst Mitteilung über Copulation bei Dinobryon – Arch. Protistenkunde – 53: 326 - 342.
- Der thermische Einfluß und die Wirkung des Eises auf die planktische Herbstvegetationen in den…Josef Schiller (1926): Der thermische Einfluß und die Wirkung des Eises auf die planktische Herbstvegetationen in den Altwässern der Donau bei Wien nach regelmäßiger Beobachtung von Oktober 1918 bis Ende 1925 – Arch. Protistenkunde – 56: 1 - 62.
- Josef Schiller (1925): Die planktontischen Vegetationen des adriatischen Meeres – Archiv für Protistenkunde – 51_1925: 1 - 130.
- Josef Schiller (1925): Über die Besiedlung europäischer Meere mit Cryptomonaden und über einen Flagellaten peridinieenähnlicher Organisation (Entomosigma peridinioides). – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 074: 194 - 198.
- Josef Schiller (1924): Beiträge zur Kenntnis des Pflanzenlebens mitteleuropäischer Gewässer. I-III. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 073: 1 - 23.
- Josef Schiller (1923): Beobachtungen über die Entwicklung des roten Augenfleckes bei Ulva Lactuca. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 072: 236 - 241.
- Josef Schiller (1913): Über Bau, Entwicklung, Keimung und Bedeutung der Parasporen der Ceramiaceen: – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 063: 144 - 149.
- Josef Schiller (1913): Über Bau, Entwicklung, Keimung und Bedeutung der Parasporen der Ceramiaceen. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 063: 203 - 210.
- Josef Schiller (1913): Vorträge. Die Schwebeflora des Meeres und ihre Erforschung. – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 11: 90.
- Josef Schiller (1913): Vorläufige Ergebnisse der Phytoplankton-Untersuchungen auf den Fahrten S. M. S. "Najade" in der Adria 1911/12. I. Die Coccolithophoriden – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 122: 597 - 617.
- Josef Schiller (1913): Vorläufige Ergebnisse der Phytoplanktonuntersuchungen auf den Fahrten der S. M. S. "Najade" in der Adria. II. Flagellaten und Chlorophyceen – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 122: 621 - 630.
- Josef Schiller (1912): Bericht übe die botanischen Untersuchungen und deren vorläufigen Ergebnisse der III. Kreuzung S. M. S. "Najade" im Sommer 1911. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 062: 359 - 368.
- Josef Schiller (1912): Bericht über die botanischen Untersuchungen und deren vorläufige Ergebnisse der III. Kreuzung S. M. S. "Najade" im Sommer 1911. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 062: 411 - 416.
- Josef Schiller (1912): Bericht über die botanischen Untersuchungen und deren vorläufige Ergebnisse der III. Kreuzung S. M. S. "Najade" im Sommer 1911. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 062: 477 - 495.
- Josef Schiller (1911): Neue Peridinium-Arten aus der nördlichen Adria. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 061: 332 - 335.
- Josef Schiller (1911): Beiträge zur Entwicklungsgeschichte und Physiologie des pflanzlichen Zellkerns. – Jahrbücher für wissenschaftliche Botanik – 49: 267 - 306.
- Josef Schiller (1909): Ein neuer Fall von Mikrosporenbildung bei Chaetoceras Lorenzianum Grun. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 27: 351 - 361.
- Josef Schiller (1909): Über die Entstehung der Plastiden aus dem Zellkern. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 059: 89 - 91.
- Josef Schiller (1908): Zur Morphologie und Biologie von Ceramium radiculosum Grun. Ergebnisse der vom "Verein zur Förderung der naturwissenschaftlichen Erforschung der Adria in Wien" unternommenen biologischen und ozeanographischen Untersuchungen. III. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 058: 111 - 118.
- Josef Schiller (1908): Zur Morphologie und Biologie von Ceramium radiculosum Gran. Ergebnisse der vom "Verein zur Förderung der naturwissenschaftlichen Erforschung der Adria in Wien" unternommenen biologischen und ozeanographischen Untersuchungen III. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 058: 49 - 54.
- Josef Schiller (1907): Untersuchungen über die Embryogenie in der Gattung Gnaphalium. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 057: 137 - 142.
- Josef Schiller (1907): Über eine besondere Art von Laubfall bei einigen immergrünen Holzgewächsen. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 057: 235 - 237.
- Josef Schiller (1907): Über "Vegetationsschliffe" an den österreichischen Küsten der Adria. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 057: 282 - 292.
- Josef Schiller (1907): Bemerkungen zu einigen adriatischen Algen. Ergebnisse der vom "Verein zur Förderung der naturwissenschaftlichen Erforschung der Adria in Wien" unternommenen biologischen und ozeanographischen Untersuchungen. II. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 057: 382 - 388.
- Josef Schiller (1907): Notiz über das Vorkommen von Codium tomentosum im Hafengebiete von Triest. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 057: 477 - 478.
- Josef Schiller (1906): Optische Untersuchungen von Bastfasern und Holzelementen – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 115: 1623 - 1659.
- Josef Schiller (1905): Zur Embryogenie der Gattung Gnaphalium. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 055: 312.
- Josef Schiller (1903): Kleinere Arbeiten des pflanzenpysiologischen Institutes der Wiener Universität. XXXVII. Ueber Assimilationserscheinungen der Blätter anisophyller Sprosse. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 053: 439 - 445.
- Josef Schiller (1903): Kleinere Arbeiten des pflanzenphysiologischen Institutes der Wiener Univeristät. XXXVII. Ueber Assimilationserscheinungen der anisophyller Sprosse. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 053: 475 - 480.
- Josef Schiller (1903): Nachtrag zu: Beiträge zur Flora der Plesevica planina. – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 1: 59.
- Josef Schiller (1903): Untersuchungen über Stipularbildungen – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 112: 793 - 819.
- Josef Schiller (1903): Beiträge zur Flora der Plesevica planina. 1649 m. – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 1: 22 - 30.
- Josef Schiller (1903): Beiträge zur Flora von Bosnien und der Herzegovina. – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 1: 49 - 58.