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- Franz Werner (1938): Über einige Orthopteren aus Iran. – Konowia (Vienna) – 17: 125 - 137.
- Franz Werner (1930): Die Fauna der Heidevegetation der Umgebung von Feldkirchen – Carinthia II – 119_39_120_40: 43 - 47.
- Franz Werner (1929): Wissenschaftliche Ergebnisse einer zoologischen Forschungsreise nach Westalgerien und Marokko – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 138: 1 - 34.
- Franz Werner (1927): Neue Mantodeen aus vier Erdteilen. – Konowia (Vienna) – 6: 275 - 281.
- Franz Werner (1926): werner – Konowia (Vienna) – 5: 227 - 232.
- Franz Werner (1926): Zweiter Beitrag zur Kenntnis der Fauna des Lesachtales – Carinthia II – 116_36: 12 - 17.
- Franz Werner (1925): Weitere Beiträge zur Kenntnis der Orthopterenfauna Österreichs – Archiv für Naturgeschichte – 91A_8: 67 - 93.
- Franz Werner (1925): Beiträge zur Kenntnis der Fauna des Lesachtales – Carinthia II – 114_34_115_35: 58 - 70.
- Franz Werner (1923): Neue Schlangen des Naturhistorischen Museums in Wien. – Annalen des Naturhistorischen Museums in Wien – 36: 160 - 166.
- Franz Werner (1921): Synopsis der Schlangenfamilie der Boiden auf Grundlage des Boulenger'schen Schlangenkatalogs (1893/96). – Archiv für Naturgeschichte – 87A_7: 230 - 265.
- Franz Werner (1921): Synopsis der Schlangenfamilie der Typhlopiden auf Grund des Boulenger'schen Schlangenkatalogs (1893-1896). – Archiv für Naturgeschichte – 87A_7: 266 - 338.
- Franz Werner (1920): Zwei neue neotropische Laubfrösche. – Zoologischer Anzeiger – 52: 178 - 180.
- Franz Werner (1920): Zur Kenntnis der Reptilien- und Amphibienfauna Albaniens. – Zoologischer Anzeiger – 51: 20 - 23.
- Franz Werner (1916): Bemerkungen über einige niedere Wirbeltiere der Anden von Kolumbien mit Beschreibung neuer Arten. – Zoologischer Anzeiger – 47: 301 - 304.
- Franz Werner (1916): Bemerkungen über einige niedere Wirbeltiere der Anden von Kolumbien mit Beschreibung neuer Arten. – Zoologischer Anzeiger – 47: 305 - 311.
- Franz Werner (1915): Zoologische Beobachtungen am Ossiachersee – Carinthia II – 105_25: 4 - 10.
- Franz Werner (1914): Vorträge. Zoologische Reiseerinnerungen aus Griechenland. – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 12: 78 - 79.
- Franz Werner (1913): Vorträge. Reisebilder aus Nordwestafrika. – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 11: 23.
- Franz Werner (1913): Neue Skorpione aus Deutsch- Ostafrika (Tanga) – Carinthia II – 103_23: 172 - 174.
- Franz Werner (1913): Zur Kenntnis der Fauna der Umgebung des Ossiachersees – Carinthia II – 103_23: 165 - 172.
- Franz Werner (1913/14): Zur Herpetologie der Türkei. – Zoologischer Anzeiger – 43: 497 - 499.
- Franz Werner (1913): Mantodeen aus Zentralafrika. In: Wissenschaftliche Ergebnisse der Expedition nach Mesopotamien, 1910. – Annalen des Naturhistorischen Museums in Wien – 27: 234 - 237.
- Franz Werner (1912): Vorträge. Über giftige Tiere. – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 10: 11.
- Franz Werner (1912): Über die Aufblähbarkeit des Körpers beim fliegenden Drachen (Draco) und der Hinterhauptslappen bei Chamaeleon dilepis. – Zoologischer Anzeiger – 39: 523 - 529.
- Franz Werner (1911): Vorträge. Reisebilder aus Nordwestafrika. – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 9: 30 - 31.
- Franz Werner (1910): Vorträge. Über Mimikry und Schutzfärbung. – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 8: 61 - 62.
- Franz Werner (1909): Vorträge. Über Termiten. – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 7: 126.
- Franz Werner (1908): Die zoologische Reise des naturwissenschaftlichen Vereines nach Dalmatien im April 1906. A. Allgemeiner Teil. Bericht über den Verlauf der Reise. 3. Streifzüge der Ostpartie. – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 6: 12 - 18.
- Franz Werner (1908): Ein Jugendstadium des Schlammbeißers (Misgurnus fossilis). – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 6: 32.
- Franz Werner (1908): Vorträge. Bau und Lebensweise der Krokodile. – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 6: 34.
- Franz Werner (1908): Die zoologische Reise des naturwissenschaftlichen Vereines nach Dalmatien im April 1906. B. Spezieller Teil. Bearbeitung des gesammelten Materials. 3. Fische. – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 6: 43 - 44.
- Franz Werner (1908): Die zoologische Reise des naturwissenschaftlichen Vereines nach Dalmatien im April 1906. B. Spezieller Teil. Bearbeitung des gesammelten Materials. 4. Reptilien und Batrachier. (Tafel 1) – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 6: 44 - 53.
- Franz Werner (1908): Die zoologische Reise des naturwissenschaftlichen Vereines nach Dalmatien im April 1906. B. Spezieller Teil. Bearbeitung des gesammelten Materials. 10. Scorpionidae. – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 6: 121 - 123.
- Franz Werner (1907): Vorträge. Die Fauna Dalmatiens. – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 5: 102.
- Franz Werner (1906): Tierleben im Sudan. [Vortragsauszug]. – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 4: 27 - 28.
- Franz Werner (1906): Neue Reptilien aus Deutsch -Ostafrika. – Zoologischer Anzeiger – 30: 53 - 55.
- Franz Werner (1906): Bemerkung über die systematische Stellung der Lacerta horvathi. – Zoologischer Anzeiger – 30: 55.
- Franz Werner (1905): Die Verbreitung und Lebensweise der Riesenheuschrecken aus der Gattung Saga, insbesonders in Europa. – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 3: 1 - 4.
- Franz Werner (1905): Ergebnisse einer zoologischen Forschungsreise nach Ägypten und dem ägyptischen Sudan. I. Die Orthopterenfauna Ägyptens mit besonderer Berücksichtigung der Eremiaphilen – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 114: 357 - 436.
- Franz Werner (1905): Einige für Kleinasien neue Reptilien. – Zoologischer Anzeiger – 29: 411 - 413.
- Franz Werner (1905): Bitte. – Zoologischer Anzeiger – 29: 452.
- Franz Werner (1904): Neue Beiträge zur Kenntnis der Reptilien- und Orthopterenfauna Kleinasiens. – Zoologischer Anzeiger – 28: 79 - 82.
- Franz Werner (1903): Zur Kenntnis der Lacerta danfordi Gthr. und der oxycephalen Eidechsen überhaupt. – Zoologischer Anzeiger – 27: 254 - 259.
- Franz Werner (1903): Beschreibung neuer Reptilien aus den Gattungen Acanthosaura, – Zoologischer Anzeiger – 27: 461 - 464.
- Franz Werner (1902): Neue Locustiden aus Westasien. – Zoologischer Anzeiger – 26: 528 - 531.
- Franz Werner (1902): Neue Reptilien und Batrachier aus dem naturhistorischen Museum in Brüssel. – Zoologischer Anzeiger – 26: 246 - 253.
- Franz Werner (1901): Besehreibung neuer Dendrobatiden. Mit einer Revision dieser Batrachier-Familie. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 51: 627 - 634.
- Franz Werner (1901): Bemerkungen über einige seltenere Schlangen-Arten. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 51: 634 - 639.
- Franz Werner (1901): Ueber Reptilien und Batrachier aus Ecuador und Neu-Guinea. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 51: 593 - 614.
- Franz Werner (1901): Beschreibung neuer Frösche aus Bolivia, Ostindien und Neu-Guinea. – Zoologischer Anzeiger – 24: 97 - 103.
- Franz Werner (1901): Neue Reptilien des Königsberger zoologischen Museums. – Zoologischer Anzeiger – 24: 297 - 301.
- Franz Werner (1900): Beschreibung einiger noch unbekannter neotropischer und indischer Reptilien. – Zoologischer Anzeiger – 23: 196 - 198.
- Franz Werner (1899): Beiträge zur Herpetologie der pacìfischen Inselwelt und von Kleinasien. – Zoologischer Anzeiger – 22: 371 - 378.
- Franz Werner (1899): Beschreibung einiger neuer Sclilangen und Batrachier. – Zoologischer Anzeiger – 22: 114 - 117.
- Franz Werner (1899): Bitte. – Zoologischer Anzeiger – 22: 168.
- Franz Werner (1899): Beschreibung neuer Reptilien und Batrachier. – Zoologischer Anzeiger – 22: 479 - 484.
- Franz Werner (1898): Über einige neue Reptilien und einen neuen Frosch aus dem cilicischen Taurus. – Zoologischer Anzeiger – 21: 217 - 223.
- Franz Werner (1898): Vorläufige Mittheilung über die von Herrn Prof. F. Dahl im Bismarckarchipel gesammelten Reptilien und Batrachier. – Zoologischer Anzeiger – 21: 552 - 556.
- Franz Werner (1895): Ueber eine Sammlung von Reptilien aus Persien, Mesopotamien und Arabien – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 45: 13 - 20.
- Franz Werner (1895): Ueber einige Eeptilien ans Usambara (Deutsch-Ostafrika). – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 45: 190 - 194.
- Franz Werner (1894): Die Reptilien-und Batrachierfauna der jonischen Inseln – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 44: 225 - 237.
- Franz Werner (1894): Zweiter Beitrag zur Herpetologie von Ost-Algerien – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 44: 75 - 87.
- Franz Werner (1893): 1. Herpetologische Nova – Zoologischer Anzeiger – 16: 81 - 84.
- Franz Werner (1892): 2. Selbstverstümmelung bei Heuschrecken – Zoologischer Anzeiger – 15: 58 - 60.