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- Thomas Peer, Franz Neubauer, Gertrude Friedl (2021): Das Hochtor, ein internationales Forschungsgebiet für biologische Bodenkrusten und weiterführende Untersuchungen – Carinthia II – 211_131_2: 81 - 98.
- Thomas Peer, Joe N. Meier (2018): Die Kugelginster-Bestände bei der Burgruine Tschanüff (Gemeinde Ramosch, Unterengadin, GR) – Bauhinia – 27: 61 - 71.
- Lingjuan Zheng, Stefanie Maier, Martin Grube, Roman Türk, Johann Peter Gruber, Thomas Peer (2014): Alpine biological soil crusts on the Hochtor (Grossglockner high alpine route, Hohe Tauern, Austria): soils, function and biodiversity – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 150_151: 175 - 196.
- Thomas Peer, Lingjuan Zheng, Burkhard Büdel (2013): Soil Crust InterNational (SCIN) Understanding and valuing biological soil protection of disturbed and open land surfaces – Nationalpark Hohe Tauern - Conference Volume – 5: 571 - 575.
- Thomas Peer, Wilfried Robert Franz (2013): Demographische Studien an Eryngium alpinum in vier ausgewählten Beständen der Gailtaler und Karnischen Alpen. – Carinthia II – 203_123: 553 - 570.
Thomas Peer, Isolde Hagemann (2011): Studien zu den Wuchsformen und zur Populationsökologie von Genista radiata (L.) Scop. und Cytisus purpureus Scop. in Südtirol/Italien. – Gredleriana – 011: 19 - 44.- Andrea Hagn, Thomas Peer (2010): Baumstudien im Waldgrenzökoton der Schladminger Tauern, ein Beitrag zur aktuellen Klimadiskussion. – Mitteilungen des naturwissenschaftlichen Vereins für Steiermark – 140: 23 - 38.
- Böden, Soziologie, Ausbreitung und Überlebenschancen des Alpen- Mannstreus (Eryngium alpinum).
Thomas Peer, Wilfried Robert Franz (2009): Böden, Soziologie, Ausbreitung und Überlebenschancen des Alpen- Mannstreus (Eryngium alpinum). – Carinthia II. Mitteilungen des Naturhistorischen Landesmuseums fuer Kaernten. Sonderhefte No.(1) 1930- – 199/119/2: 433 - 452. 
Thomas Peer, Wilfried Robert Franz (2009): Böden, Soziologie, Ausbreitung und Überlebenschancen des Alpen- Mannstreus (Eryngium alpinum). – Carinthia II – 199_119: 433 - 452.- Thomas Peer, Johann Peter Gruber, Angelika Tschaikner, Roman Türk (2009): Alpine soil crusts, the biocoenosis which braves the cold – Nationalpark Hohe Tauern - Conference Volume – 4: 249 - 252.
- Johann Peter Gruber, Thomas Peer (2008): Struktur der Hochlandsteppen im Hindu Kush, Karakorum und westlichen Himalaya – Sauteria-Schriftenreihe f. systematische Botanik, Floristik u. Geobotanik – 16: 320 - 322.
Thomas Peer (2005): Die Bodenverhältnisse. – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0049: 54 - 72.
Anneliese Köck, Thomas Peer (2001): EXPERIMENTELLE UNTERSUCHUNGEN AN EINER PAPIERCHROMATOGRAPHISCHEN METHODE ZUR ROTTEINDIKATION VON KOMPOSTEN. – Berichte der Naturwissenschaftlich-Medizinischen Vereinigung in Salzburg – 13: 7 - 26.
Thomas Peer (1997): Aus der Landesumweltanwaltschaft. Aufgabe einer Landesumweltanwaltschaft im modernen "Umweltstaat".- In: WINDING Norbert, Salzburg (1997), Festschrift zum 70. Geburtstag von Hofrat Prof. Dr. Mag. Eberhard Stüber, Mitteilungen aus dem Haus der Natur XIII. Folge. – Mitteilungen aus dem Haus der Natur Salzburg – 13: 72 - 73.
Michael Stemmer, Thomas Peer (1996): Untersuchungen zum Nährstoffhaushalt beweideter und nicht mehr beweideter Almflächen im Sonderschutzgebiet Piffkar (Nationalpark Hohe Tauern) – Nationalpark Hohe Tauern - Wissenschaftliche Mitteilungen Nationalpark Hohe Tauern – 2: 7 - 17.- Thomas Peer, Margareta Pintaric (1994): Das Verhalten von Radiocäsium in Weiderasen der Hohen Tauern (Salzburg, Austria) – Verhandlungen der Gesellschaft für Ökologie – 23_1994: 105 - 111.
- Die Böden entlang des WegesThomas Peer (1994): Die Böden entlang des Weges – Nationalpark Berchtesgaden - Forschungsberichte – 30: 55 - 62.
Thomas Peer (1993): Die Bodenformen im Sonderschutzgebiet Piffkar – Nationalpark Hohe Tauern - Wissenschaftliche Mitteilungen Nationalpark Hohe Tauern – 1: 34 - 42.
Thomas Peer (1993): ZUR SCHWERMETALLBELASTUNG IN DEN STADTNAHEN WÄLDERN SALZBURGS. – Berichte der Naturwissenschaftlich-Medizinischen Vereinigung in Salzburg – 10: 45 - 59.- Thomas Peer, Thomas Rücker (1991): Schwermetallgehalte in Böden und Pilzen am Stubnerkogel (Gasteinertal, Salzburg) – Laufener Spezialbeiträge und Laufener Seminarbeiträge (LSB) – 3_1991: 71 - 77.
- Thomas Peer, Roman Türk (1991): Auswirkungen von Tunnelentlüftungssystemen auf den Schwermetallgehalt in Böden und Pflanzen am Beispiel der Tauernautobahn – Laufener Spezialbeiträge und Laufener Seminarbeiträge (LSB) – 3_1991: 78 - 85.
- Thomas Peer (1990): Die Immissionsbelastung der Böden und ihre Wirkung auf den Naturhaushalt – Natur und Land (vormals Blätter für Naturkunde und Naturschutz) – 1990_3: 69 - 70.
Thomas Peer (1990): Stirbt der Boden? (Mit 5 Abbildungen) – Carinthia II – 180_100: 181 - 188.
Thomas Rücker, Thomas Peer (1988): DIE PILZFLORA DES HELLBRUNNER BERGES: EIN HISTORISCHER VERGLEICH. – Berichte der Naturwissenschaftlich-Medizinischen Vereinigung in Salzburg – 9: 147 - 161.- Pilzsoziologische Untersuchungen am Stubnerkogel (Gasteiner Tal, Salzburg, Österreich) unter…Thomas Rücker, Thomas Peer (1988): Pilzsoziologische Untersuchungen am Stubnerkogel (Gasteiner Tal, Salzburg, Österreich) unter Berücksichtigung der Schwermetallsituation – Nova Hedwigia – 47: 1 - 38.
- Thomas Peer (1988): Bodenuntersuchungsprogramm Gaisberg - Erste Ergebnisse – Natur und Land (vormals Blätter für Naturkunde und Naturschutz) – 1988_6: 203 - 209.
Thomas Peer (1988): Die Almen imoberen Baruntal (Ost- Nepal) – Sauteria-Schriftenreihe f. systematische Botanik, Floristik u. Geobotanik – 4: 149 - 155.
Thomas Peer (1987): Untersuchungen zu den Boden- und Grundwasserressourcen im Walserfeld bei Salzburg. - In: GEISER Elisabeth, Salzburg (1987), Naturwissenschaftliche Forschung in Salzburg. Festschrift zum 60. Geburtstag von Prof. Dr. Mag. Eberhard Stüber, Direktor des Hauses der Natur und Landesumweltanwalt. Berichte aus dem Haus der Natur in Salzburg X. Folge Teil A. – Mitteilungen aus dem Haus der Natur Salzburg – 10: 124 - 128.- The micro-edaphon in organically and conventionally farmed arable land near ViennaWilhelm Foissner, Thomas Peer (1986): The micro-edaphon in organically and conventionally farmed arable land near Vienna – J. Protozool. Abstracts – 1986.
- Protozoologische Untersuchungen an Almböden im Gasteiner Tal (Zentralalpen, Österreich). II. …Thomas Peer, Wilhelm Foissner (1985): Protozoologische Untersuchungen an Almböden im Gasteiner Tal (Zentralalpen, Österreich). II. Bodenkundliche Analyse mit besonderer Berücksichtigung der stark belebten Zone – Veröff. Österr. MaB-Programms – 9: 51 - 63.
- Protozoologische Untersuchungen an Almböden im Gasteiner Tal (Zentralalpen, Österreich). I. …Wilhelm Foissner, Thomas Peer (1985): Protozoologische Untersuchungen an Almböden im Gasteiner Tal (Zentralalpen, Österreich). I. Charakteristik der Taxotope, Faunistik und Autökologie der Testacea und Ciliophora – Veröff. Österr. MaB-Programms – 9: 27 - 50.
- Pedologische und protozoologische Untersuchung einiger Böden des Tullner Feldes (Niederösterreich)Wilhelm Foissner, Thomas Peer, Hans Adam (1985): Pedologische und protozoologische Untersuchung einiger Böden des Tullner Feldes (Niederösterreich) – Mitt. öst. bodenk. Ges. – 30: 77 - 117.
- Thomas Peer (1983): Zum Vorkommen von Genista radiata (L.) Scop. in Südtirol – Berichte der Bayerischen Botanischen Gesellschaft zur Erforschung der Flora – 54: 127 - 134.
- Thomas Peer, Heinz Kunrath (1982): Der Garten des Institutes für Botanik beim Institutshaus Freisaalweg – Floristische Mitteilungen aus Salzburg – 8: 22 - 37.
- Umweltschäden durch SalzstreuungThomas Peer (1981): Umweltschäden durch Salzstreuung – Natur und Land (vormals Blätter für Naturkunde und Naturschutz) – 1981_1-2: 19 - 26.
- Thomas Peer (1981): Der Boden als Forschungsobjekt – Floristische Mitteilungen aus Salzburg – 7: 30 - 36.
Thomas Peer (1980): Untersuchungen über den Nährstoffhaushalt in den Almböden des Tappenkars (Salzburg) – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 118-119: 74 - 85.
Robert Krisai, Thomas Peer (1980): Vegetationskundlich-ökologische Untersuchungen an drei Ostalpenmooren – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 118-119: 38 - 73.- Alfred Gasser, Thomas Peer (1977): Der Schwarzerlenwald im Etschtal – Jahrbuch des Vereins zum Schutz der Bergwelt – 42_1977: 87 - 99.
Thomas Peer, Helmut Hartl (1976): Beziehungen zwischen Pflanzendecke und Nährstoffhaushalt im Boden am Beispiel einiger subalpiner und alpiner Gesellschaften im Raum des Trappenkars (Salzburg) und der Fragant (Kärnten). (Mit 2 Abbildungen)Herrn Prof.Dipl.-Ing. Dr.H.Wagner zum 60.Geb. – Carinthia II – 166_86: 339 - 371.
