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- Hymenopteren der Ägäischen Inseln.Franz Werner (1934): Hymenopteren der Ägäischen Inseln. – Anz. Akad. Wiss. Wien – 71: 55.
- Beiträge zur Kenntnis der Tierwelt von Ost-Tirol II.Franz Werner (1934): Beiträge zur Kenntnis der Tierwelt von Ost-Tirol II. – Veroefentlichungen des Museum Ferdinandeum in Innsbruck. Fortgesetzt: Veroeffentlichungen des Tiroler Landesmuseum Ferdinandeum. – 13: 357 - 388.
- Beiträge zur Kenntnis der Tierwelt von Osttirol II: Insekten, Spinnen und Krebstiere.Franz Werner (1933): Beiträge zur Kenntnis der Tierwelt von Osttirol II: Insekten, Spinnen und Krebstiere. – Veroefentlichungen des Museum Ferdinandeum in Innsbruck. Fortgesetzt: Veroeffentlichungen des Tiroler Landesmuseum Ferdinandeum. – 93: 32.
- Die Orthopteren des nördlichen Burgenlandes,Franz Werner (1932): Die Orthopteren des nördlichen Burgenlandes, – Burgenländische Heimatblätter – 1(4): 103 - 106.
- Zoologische Forschungsreise nach Marokko, IV. Orthoptera.Franz Werner (1932): Zoologische Forschungsreise nach Marokko, IV. Orthoptera. – Anz. Akad. Wiss. Wien – 69: 53.
- Zoologische Forschungsreise nach Marokko, V. Skorpione.Franz Werner (1932): Zoologische Forschungsreise nach Marokko, V. Skorpione. – Anz. Akad. Wiss. Wien – 69: 231.
- Beiträge zur Kenntnis der Tierwelt Ost-Tirols.Franz Werner (1931): Beiträge zur Kenntnis der Tierwelt Ost-Tirols. – Veroefentlichungen des Museum Ferdinandeum in Innsbruck. Fortgesetzt: Veroeffentlichungen des Tiroler Landesmuseum Ferdinandeum. – 11: 1 - 12.
- Neue Geradflügler, gesammelt auf einer Reise nach Marokko.Franz Werner (1931): Neue Geradflügler, gesammelt auf einer Reise nach Marokko. – Anz. Akad. Wiss. Wien – 68: 201 - 204.
- Franz Werner (1931): Aussterbende Tiere in Niederösterreich – Natur und Land (vormals Blätter für Naturkunde und Naturschutz) – 1931_3: 33 - 37.
- Franz Werner (1930): Verschiedene kleinere Publikationen – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 139: 1 - 18.
- Zur Kenntnis der Fauna einer xerothermischen Lokalität in Niederösterreich (unteres Kamptal).Franz Werner (1927): Zur Kenntnis der Fauna einer xerothermischen Lokalität in Niederösterreich (unteres Kamptal). – Zeitschrift fuer Morphologie der Tiere. Frueher: Zeitschr.fuer Morphologie und Oekologie der Tiere. Fortgesetzt: Zoomorphologie. – 9: 1 - 96.
- Zur Kenntnis amerikanischer Mantodeen (Orthopt. Oothec. ).Franz Werner (1926): Zur Kenntnis amerikanischer Mantodeen (Orthopt. Oothec.). – Annales de Limnologie – 4(6): 382 - 391.
- Zur Kenntnis der Mantodeen der Philippinen.Franz Werner (1926): Zur Kenntnis der Mantodeen der Philippinen. – Annales de Limnologie – 5(3): 27 - 232.
- Franz Werner (1924): Neue oder wenig bekannte Schlangen aus dem Naturhistorischen Staatsmuseum in Wien – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 133: 29 - 56.
- Franz Werner (1924): Beiträge zur Kenntnis der Pflanzen- und Tierwelt des Alpennaturfchutzparkes im Pinzgau. 2. Beobachtungen über die Tierwelt des Stubachtales – Natur und Land (vormals Blätter für Naturkunde und Naturschutz) – 1924_5: 61 - 68.
- Vorkommen der Höhlenspinne im alpinen Gebiet.Franz Werner (1919): Vorkommen der Höhlenspinne im alpinen Gebiet. – Acta Entomologica Slovenica – 6(3): 36.
- Franz Werner, Günther Schlesinger (1918): Naturschutzsünden; Druckfehlerberichtigung – Natur und Land (vormals Blätter für Naturkunde und Naturschutz) – 1918_1: 11.
- Schutz der heimischen Tierwelt!Franz Werner (1914): Schutz der heimischen Tierwelt! – Acta Entomologica Slovenica – 1(3): 1 - 5.
- Franz Werner (1914): Schutz der heimischen Tierwelt! – Natur und Land (vormals Blätter für Naturkunde und Naturschutz) – 1914_3: 1 - 5.
- Die zoologische Reise des Naturwissenschaftlichen Vereines nach Dalmatien im April 1906A. Rogenhofer, Franz Werner (1911): Die zoologische Reise des Naturwissenschaftlichen Vereines nach Dalmatien im April 1906 – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 6: 1 - 178.
- Franz Werner (1907): Diagnosen neuer Orthopteren von Tripolis und Barka. – Zoologischer Anzeiger – 32: 713 - 716.
- Beiträge zur Orthopterenfauna des Pittentales von Seebenstein bis Aspang.Franz Werner (1905): Beiträge zur Orthopterenfauna des Pittentales von Seebenstein bis Aspang. – Jahresberichte Wiener entomologischer Verein – 16: 1.
- Franz Werner (1897): 2. Die Larve von Bufo Andersonii Blngr. und Bemerkungen über einige Cystignathiden-Larven – Zoologischer Anzeiger – 20: 25 - 27.
- Franz Werner (1897): 2. Rana graeca in Bosnien – Zoologischer Anzeiger – 20: 66 - 69.
- Franz Werner (1897): 2. Über einige noch unbeschriebene Reptilien und Batrachier – Zoologischer Anzeiger – 20: 261 - 267.
- Franz Werner (1895): 2. Erwiederung – Zoologischer Anzeiger – 18: 104 - 105.
- Franz Werner (1895): 6. Über das Vorkommen von Rana arvalis Nilsson in Niederösterreich und die Paarung von Ephippigera vitium Serv – Zoologischer Anzeiger – 18: 479 - 480.
- Franz Werner (1895): 1. Schluß-Antwort an Herrn Dr. v. Bedriaga – Zoologischer Anzeiger – 18: 469 - 470.
- Franz Werner (1894): 2. Über Algiroides moreoticus Bibr.-Bory aus Kephallenia – Zoologischer Anzeiger – 17: 256 - 259.
- Franz Werner (1894): 6. Herpetologische Nova – Zoologischer Anzeiger – 17: 410 - 415.
- Franz Werner (1894): 2. Über einige Novitäten der herpetologischen Sammlung des Wiener zoolog. vergl. anatom. Instituts – Zoologischer Anzeiger – 17: 155 - 157.
- Franz Werner (1893): 2. Herpetologische Nova – Zoologischer Anzeiger – 16: 359 - 363.
- Franz Werner (1893): 1. Zur Herpetologie von Bosnien – Zoologischer Anzeiger – 16: 421 - 426.
- Franz Werner (1893): 2. Berichtigung – Zoologischer Anzeiger – 16: 426.