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- Theodor Wilhelm Engelmann (1912): Bericht über das Basler Naturhistorische Museum für das Jahr 1911 – Verhandlungen der Naturforschenden Gesellschaft zu Basel – 23_1912: 264 - 279.
- Theodor Wilhelm Engelmann (1905-1910): E. Issler, Führer durch die Zentralvogesen (1910) – Mitteilungen des Badischen Landesvereins für Naturkunde und Naturschutz e.V. Freiburg i. Br. – 5: 347 - 348.
- Theodor Wilhelm Engelmann (1904): Bericht über das Basler Naturhistorische Museum für das Jahr 1902 – Verhandlungen der Naturforschenden Gesellschaft zu Basel – 15_1904: 171 - 179.
- Theodor Wilhelm Engelmann (1900): Bericht über das Naturhistorische Museum vom Jahre 1898 – Verhandlungen der Naturforschenden Gesellschaft zu Basel – 12_1900: 179 - 187.
- Theodor Wilhelm Engelmann (1900): Bericht über das Naturhistorische Museum vom Jahre 1897 – Verhandlungen der Naturforschenden Gesellschaft zu Basel – 12_1900: 136 - 144.
- Theodor Wilhelm Engelmann (1895): Bericht über das Naturhistorische Museum vom Jahre 1896 – Verhandlungen der Naturforschenden Gesellschaft zu Basel – 11_1895: 489 - 497.
- Theodor Wilhelm Engelmann (1892): Vorschläge zu einer Terminologie der Herzthätigkeit. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 53_Supp: 207 - 216.
- Theodor Wilhelm Engelmann (1887): 3. Über die Function der Otolithen – Zoologischer Anzeiger – 10: 439 - 444.
- Theodor Wilhelm Engelmann (1887-1888): Zur Abwehr gegen N. Pringsheim und C. Timiriazeff. – Biologisches Zentralblatt – 7: 33 - 40.
- Theodor Wilhelm Engelmann (1886-1887): Zur Technik und Kritik der Bakterienmethode. – Biologisches Zentralblatt – 6: 577 - 589.
- Theodor Wilhelm Engelmann (1882): Zur Biologie der Schizomyceten – Biologisches Zentralblatt – 2: 449 - 451.
- Theodor Wilhelm Engelmann (1878): Ueber Trembley's Umkehrungsversuch an Hydra – Zoologischer Anzeiger – 1: 77 - 78.
- Theodor Wilhelm Engelmann, Th. W. Lidth de Jeude, van (1878): Zur Anatmoie und Physiologie der Spinndrüsen der Seidenraupe – Zoologischer Anzeiger – 1: 100 - 102.
- Theodor Wilhelm Engelmann (1878): Zur Physiologie der contractilen Vacuolen der Infusionsthiere – Zoologischer Anzeiger – 1: 121 - 122.
- Theodor Wilhelm Engelmann (1878): Ueber Gasentwickelung im Protoplasma lebender Protozoen – Zoologischer Anzeiger – 1: 152 - 153.
- Ueber Entwickelung und Fortpflanzung von Infusorien [Over ontwikkeling en voortplanting von…Theodor Wilhelm Engelmann (1876): Ueber Entwickelung und Fortpflanzung von Infusorien [Over ontwikkeling en voortplanting von Infusoria: Onderzoekingen gedaan in het physiologisch Laboratorium der Utrechtschen Hoogeschool; 3, iii. pp. 99-186, pls. v & vi] – Morphol. Jb. – 1: 573 - 635.
- Theodor Wilhelm Engelmann (1876): Ueber Entwicklung und Fortpflanzung von Infusorien. – Gegenbaurs Morphologisches Jahrbuch - Eine Zeitschrift für Anatomie und Entwicklungsgeschichte – 1: 573 - 634.
- Über Kontraktilität und DoppelbrechungTheodor Wilhelm Engelmann (1875): Über Kontraktilität und Doppelbrechung – Arch. ges. Physiol. – 11: 432 - 464.
- Theodor Wilhelm Engelmann (1867-1868): Ueber die Endigungen der Geschmacksnerven in der Zunge des Frosches. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 18: 142 - 160.
- Theodor Wilhelm Engelmann (1863): Ueber die Endigungsweise der sensibeln Nervenfasern. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 13: 474 - 480.
- Theodor Wilhelm Engelmann (1862-1863): Ueber die Vielzelligkeit von Noctiluca. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 12: 565 - 566.
- Zur Naturgeschichte der Infusionsthiere. Beiträge zur Entwicklungsgeschichte der InfusorienTheodor Wilhelm Engelmann (1862): Zur Naturgeschichte der Infusionsthiere. Beiträge zur Entwicklungsgeschichte der Infusorien – Z. wiss. Zool. – 11: 347 - 393.
- Theodor Wilhelm Engelmann (1861-1862): Zur Naturgeschichte der Infusionsthiere. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 11: 347 - 393.