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- Josef Brunnthaler (1914): Beitrag zur Süßwasser-Algenflora von Ägypten. – Hedwigia – 54_1914: 219 - 225.
- Josef Brunnthaler (1913): Ergebnisse einer botanischen Forschungsreise nach Deutsch-Ostafrika und Südafrika (mit 1 Tafelund 3 Textfiguren). I.Theil. – Denkschriften der Akademie der Wissenschaften.Math.Natw.Kl. Frueher: Denkschr.der Kaiserlichen Akad. der Wissenschaften. Fortgesetzt: Denkschr.oest.Akad.Wiss.Mathem.Naturw.Klasse. – 88: 711 - 743.
- Josef Brunnthaler (1913): Die Algengattung Radiofilum Schmidle und ihre systematische Stellung. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 063: 1 - 8.
- Josef Brunnthaler (1913): Systematische Übersicht über die Chlorophyceen-Gattung Scenedesmus Meyen. – Hedwigia – 53_1913: 164 - 172.
- Josef Brunnthaler (1913): Die systematische Gliederung des Protococcales (Chlorophyceae). – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 63: 76 - 91.
- Josef Brunnthaler (1912): Mitteilungen aus Museen, Instituten usw. – Zoologischer Anzeiger – 41: 374 - 384.
- Josef Brunnthaler (1911): Zur Phylogenie der Algen. – Biologisches Zentralblatt – 31: 225 - 236.
- Josef Brunnthaler (1909): Der Einfluß äußerer Faktoren auf Gloeothece rupestris (Lyngb.) Born. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 118: 501 - 573.
- Josef Brunnthaler (1907): Die Algen und Schizophyceen der Altwässer der Donau bei Wien. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 57: 170 - 223.
- Josef Brunnthaler (1904): Über die Wachsausscheidung von Ditrichum glaucescens. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 054: 94 - 96.
- Josef Brunnthaler (1903): Phytoplankton aus Kleinasien – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 112: 289 - 293.
- Josef Brunnthaler, S. Prowazek, Richard Wettstein (1901): Vorläufige Mittheilung über das Plankton des Attersees in Oberösterreich. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 051: 73 - 76.
- Josef Brunnthaler (1901): II. Zusammensetzung des Phytoplankton – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 051: 78 - 82.
- Die coloniebildenden Dinobryon-Arten. (Subgenus: Eudinobryon Lauterborn. )Josef Brunnthaler (1901): Die coloniebildenden Dinobryon-Arten. (Subgenus: Eudinobryon Lauterborn.) – Verhandlungen der zoologisch botanischen Gesellschaft in Wien – 51: 293 - 306.
- Nachtrag zu meiner Arbeit: Die coloniebildenden Dinobryon-ArtenJosef Brunnthaler (1901): Nachtrag zu meiner Arbeit: Die coloniebildenden Dinobryon-Arten – Verhandlungen der zoologisch botanischen Gesellschaft in Wien – 51: 763 - 766.
- Vorläufige Mittheilung über das Plankton des Attersees in OberösterreichJosef Brunnthaler, Stanislaus von Lanov Prowázek, Richard Wettstein (1901): Vorläufige Mittheilung über das Plankton des Attersees in Oberösterreich – Oesterreichisch Botanische Zeitschrift. (1943-1944 siehe Wiener Botanische Zeitschrift). Frueher: Oesterreichisches Botanisches Wochenblatt. – 51: 73 - 82.
- Josef Brunnthaler (1901): Nachtrag zu meiner Arbeit: Die coloniebildenden Dinobryon -Arten (Subgenus Eudinobryon Lauterborn). – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 51: 763 - 766.
- Josef Brunnthaler (1901): Die coloniebildenden Dinobryon- Arten. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 51: 293 - 306.
- Plankton-Studien. I. Das Phytoplankton des Donaustromes bei WienJosef Brunnthaler (1900): Plankton-Studien. I. Das Phytoplankton des Donaustromes bei Wien – Verhandlungen der zoologisch botanischen Gesellschaft in Wien – 50: 308 - 311.
- Plankton-Studien. II. Proscansko jezero (Croatien)Josef Brunnthaler (1900): Plankton-Studien. II. Proscansko jezero (Croatien) – Verhandlungen der zoologisch botanischen Gesellschaft in Wien – 50: 382 - 383.
- Josef Brunnthaler (1900): Das Phytoplankton des Donaustromes bei Wien. -Plankton- Studien. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 50: 308 - 311.
- Josef Brunnthaler (1900): 2. Proscansko jezero (Croatien) - Plankton- Studien – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 50: 382 - 383.
- Lindau, Josef Brunnthaler (1898): Sammlungen. – Botanisches Centralblatt – 73: 302 - 305.
- Josef Brunnthaler (1898): Instrumente, Präparations- und Conservations- Methoden etc. – Botanisches Centralblatt – 73: 353 - 355.
- Josef Brunnthaler (1897): Pogonatum nanum X aloides. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 047: 46 - 48.
- Josef Brunnthaler (1896): Ueber eine monströse Wuchsform von Polyporus squamosus. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 46: 435 - 437.