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- Johannes Peter Müller (1853): Bericht über ein neu entdecktes Cetaceum aus Radoboy Delphinopsis Freyerii. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 10: 84 - 88.
- Johannes Peter Müller (1846): Fernere Bemerkungen über den Bau der Ganoiden. – Archiv für Naturgeschichte – 12-1: 190 - 208.
- Johannes Peter Müller (1845): Über den Bau und die Grenzen der Ganoiden, und über das natürliche System der Fische. – Archiv für Naturgeschichte – 11-1: 91 - 141.
- Johannes Peter Müller, Franz Hermann Troschel (1844): Beschreibung neuer Asteriden – Archiv für Naturgeschichte – 10-1: 178 - 185.
- Johannes Peter Müller (1844): Über einen neuen Wurm Sipunculus (Phascolosoma) scutatus. – Archiv für Naturgeschichte – 10-1: 166 - 168.
- Johannes Peter Müller, Franz Hermann Troschel (1844): Synopsis generum et specierum familiae Characinorum. – Archiv für Naturgeschichte – 10-1: 81 - 99.
- Johannes Peter Müller (1843): Neue Beiträge zur Kenntniss der Arten der Comatulen – Archiv für Naturgeschichte – 9-1: 131 - 136.
- Johannes Peter Müller (1843): Beiträge zur Kenniniss der natürlichen Familien der Fische. – Archiv für Naturgeschichte – 9-1: 292 - 330.
- Johannes Peter Müller (1843): Nachträge zu der Abhandlung über die natürlichen Familien der Fische. – Archiv für Naturgeschichte – 9-1: 381 - 384.
- Johannes Peter Müller, Franz Hermann Troschel (1843): Nene Beiträge zur Kenntniss der Asteriden – Archiv für Naturgeschichte – 9-1: 113 - 131.
- Johannes Peter Müller (1841): Über die Gattungen und Arten der Comatulen. – Archiv für Naturgeschichte – 7-1: 139 - 148.
- Johannes Peter Müller (1841): Nachschrift zu vorstehender Abhandlung – Archiv für Naturgeschichte – 7-1: 333 - 334.
- Johannes Peter Müller, Franz Hermann Troschel (1840): Über die Gattungen der Ophiuren. – Archiv für Naturgeschichte – 6-1: 326 - 330.
- Johannes Peter Müller (1840): Handbuch der Physiologie des Menschen - zweiter Band – Monografien Vertebrata Mammalia – 0125: 1 - 792.
- Johannes Peter Müller (1840): Fortgesetzte Bemerkungen über die Gattungen der Ästeriden. – Archiv für Naturgeschichte – 6-1: 367 - 368.
- Johannes Peter Müller (1840): Über den Bau des Pentacrinus Caput Medusae – Archiv für Naturgeschichte – 6-1: 307 - 318.
- Johannes Peter Müller, Franz Hermann Troschel (1840): Über die Gattungen der Asterien. – Archiv für Naturgeschichte – 6-1: 318 - 326.
- Johannes Peter Müller, Henle (1838): Über die Gattungen der Plagiostomen – Archiv für Naturgeschichte – 4-1: 83 - 85.
- Johannes Peter Müller, Henle (1837): Über die Gattungen der Plagiostomen. – Archiv für Naturgeschichte – 3-1: 394 - 401.
- Johannes Peter Müller (1835): Handbuch der Physiologie des Menschen – Monografien Vertebrata Mammalia – 0124: 1 - 871.
- Johannes Peter Müller (1835): Vergleichende Anatomie der Myxinoiden, der Cyclostomen mit durchbohrtem Gaumen. Erster Theil. Oesteologie und Myologie – Monografien Vertebrata Gemischt – 0039: 1 - 651.
- Johannes Peter Müller (1830): Bildungsgeschichte der Genitalien aus anatomischen Untersuchungen an Embryonen des Menschen und der Thiere, nebst einem Anhang über die chirurgische Behandlung der Hypospadia – Monografien Vertebrata Mammalia – 0051: 1 - 152.