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- Nomenclator Animalium Generum et Subgenerum [1926-1954]. Vols. I-VF. E. Schulze, Wilhelm Kükenthal (1954): Nomenclator Animalium Generum et Subgenerum [1926-1954]. Vols. I-V – Preuss. Akad. Wiss., Berlin – .
- Leitfaden für das Zoologische PraktikumWilhelm Kükenthal (1953): Leitfaden für das Zoologische Praktikum – Gustav Fischer Verlag, Jena, 13. Aufl. – .
- Erster Stamm der Eumetazoa: Coelenterata [Teile davon]. In: Krumbach T. (Hrsg. ): Handbuch der…Wilhelm Kükenthal ((1923/1925)): Erster Stamm der Eumetazoa: Coelenterata [Teile davon]. In: Krumbach T. (Hrsg.): Handbuch der Zoologie. Erster Band Protozoa Porifera Coelenterata Mesozoa – W. Gruyter & Co., Berlin, Leipzig – : 419 - 995.
- Wilhelm Kükenthal (1919): Die Bedeutung der Verbreitung mariner Bodentiere für die Paläogeographie. – Sitzungsberichte der Gesellschaft Naturforschender Freunde zu Berlin – 1919: 208 - 228.
- Wilhelm Kükenthal (1916): System und Stammesgeschichte der ScIeraxonier und der Ursprung der Holaxonier. – Zoologischer Anzeiger – 47: 170 - 176.
- Wilhelm Kükenthal (1916): System und Stammesgeschichte der Scleraxonier und der Ursprung der Holaconier. – Zoologischer Anzeiger – 47: 177 - 185.
- Wilhelm Kükenthal (1916): System und Stammesgeschichte der Melitodidae. – Zoologischer Anzeiger – 47: 88 - 97.
- Wilhelm Kükenthal (1916): System und Stammesgeschichte der Piexauridae. – Zoologischer Anzeiger – 48: 330 - 336.
- Wilhelm Kükenthal (1916): System und Stammesgeschichte der Plexauridae. – Zoologischer Anzeiger – 48: 340 - 347.
- Wilhelm Kükenthal (1915): System und Stammesgeschichte der Primnoidae. – Zoologischer Anzeiger – 46: 142 - 158.
- Wilhelm Kükenthal (1915): System und Stammesgeschichte der Isididae. – Zoologischer Anzeiger – 46: 116 - 126.
- Wilhelm Kükenthal (1914): Untersuchungen an Walen. (Zweiter Teil.) – Jenaische Zeitschrift für Naturwissenschaft – NF_44: 1 - 122.
- Wilhelm Kükenthal (1914): Das System der Seefedern. – Zoologischer Anzeiger – 45: 284 - 287.
- Expedition S. M. Schiff "Pola" in das Rote Meer. Nördliche und südliche Hälfte. …Wilhelm Kükenthal (1914): Expedition S.M. Schiff "Pola" in das Rote Meer. Nördliche und südliche Hälfte. 1895/96-1897/98. Zoologische Ergebnisse. XXIX. Alcyonaria des Roten Meeres – Denkschr. Akad. Wiss. Wien, mathem.-naturwiss. Klasse (Ber. Comm. oc. – 89: 1 - 33.
- Wilhelm Kükenthal (1913): Über die Alcyonarienfauna Californiens und ihre tiergeographischen Beziehungen. – Zoologische Jahrbücher. Abteilung für Systematik, Geographie und Biologie der Tiere – 35: 219 - 270.
- Wilhelm Kükenthal (1913/14): Sowerbys Wal an der deutschen Ostseeküste. – Zoologischer Anzeiger – 43: 84 - 86.
- Wilhelm Kükenthal (1913/14): Zur Systematik der Umbelluliden. – Zoologischer Anzeiger – 43: 630 - 632.
- Wilhelm Kükenthal (1910): System und Stammesgeschichte der Seefedern. – Zoologischer Anzeiger – 36: 222 - 230.
- Wilhelm Kükenthal (1910): Pennatulìden der Deutschen Tiefsee-Expeditìon. – Zoologischer Anzeiger – 36: 51 - 58.
- Wilhelm Kükenthal (1910-1911): Alcyonarien von den Aru- und Kei-Inseln nach den Sammlungen von Dr. H. Merton. – Abhandlungen der Senckenbergischen Naturforschenden Gesellschaft – 33_1910-1911: 305 - 346.
- Wilhelm Kükenthal (1909): Untersuchungen an Walen. – Jenaische Zeitschrift für Naturwissenschaft – NF_38: 545 - 588.
- Wilhelm Kükenthal (1909): Diagnosen neuer Alcyonarien. – Zoologischer Anzeiger – 35: 46 - 53.
- Wilhelm Kükenthal (1908): Die Gorgonidenfamilie der Melitodidae Verr. – Zoologischer Anzeiger – 33: 189 - 201.
- Wilhelm Kükenthal (1908): Über die Berechtigung des Gattungsnamens Spongodes Less. – Zoologischer Anzeiger – 33: 288.
- Wilhelm Kükenthal (1908): Diagnosen neuer Gorgoniden. – Zoologischer Anzeiger – 33: 9 - 20.
- Wilhelm Kükenthal (1908): Diagnosen neuer Gorgoniden aus der Gattung Chrysogorgia. – Zoologischer Anzeiger – 33: 704 - 708.
- Die Gorgonidenfamilie der Melitodidae Verr.Wilhelm Kükenthal (1908): Die Gorgonidenfamilie der Melitodidae Verr. – Zoologischer Anzeiger. Diario....adnexa. Siehe: Bibliographia Zoologica. Supplementband. Siehe: Verh.der Deutschen Zool.Gesellschaft. – 33: 189 - 201.
- Wilhelm Kükenthal (1907): Alcyonium brioniense n. sp. Ein neues Alcyonium des Mittelmeeres. – Jenaische Zeitschrift für Naturwissenschaft – NF_35: 61 - 72.
- Wilhelm Kükenthal (1907): Versuch einer Revision der Alcyonarien. II. Die Familie der Nephthyiden. 3. Teil. Die Gattungen Eunephthya Verrill und Gersemia Marenzeller. – Zoologische Jahrbücher. Abteilung für Systematik, Geographie und Biologie der Tiere – 24: 317 - 390.
- Wilhelm Kükenthal (1907): Diagnosen neuer Gorgoniden aus der Familie Plexauridae. – Zoologischer Anzeiger – 32: 495 - 504.
- Wilhelm Kükenthal (1907): Diagnosen neuer japanischer Gorgoniden (Reise Doflein 1904/05). – Zoologischer Anzeiger – 32: 621 - 631.
- Wilhelm Kükenthal (1906): Beiträge zur Anatomie eines weiblichen Gorilla. – Jenaische Zeitschrift für Naturwissenschaft – NF_34: 607.
- Wilhelm Kükenthal (1906): Gorgoniden der Deutschen Tiefsee-Expedition. – Zoologischer Anzeiger – 31: 202 - 212.
- Wilhelm Kükenthal (1906): Diagnosen neuer japanischer Alcyonaceen. – Zoologischer Anzeiger – 30: 280 - 289.
- Wilhelm Kükenthal (1906-1911): Zur Kenntnis der Gattung Anthomastus Verr. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – Supp-I-1906: 1 - 15.
- Wilhelm Kükenthal (1906-1911): Japanische Gorgoniden. Die Familien der Plexauriden, Chrysogorgiiden und Melitodiden – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – Supp-I-1906: 1 - 78.
- Wilhelm Kükenthal (1906-1911): Japanische Alcyonaceen – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – Supp-I-1906: 9 - 86.
- Wilhelm Kükenthal (1906-1911): Japanische Gorgoniden. Die Familien der Primnoiden, Muriceiden und Acanthogorgiiden – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – Supp-I-1906: 1 - 71.
- Wilhelm Kükenthal (1904/05): Versuch einer Revision der Alcyonarien. II. Die Familie der Nephthyiden. 2. Teil. Die Gattungen Dendronephthya n.g. und Stereonephthya n. g. – Zoologische Jahrbücher. Abteilung für Systematik, Geographie und Biologie der Tiere – 21: 503 - 726.
- Wilhelm Kükenthal (1904): Versuch einer Revision der Alcyonarien. II. Die Familie der Nephthyiden. 1. Theil. – Zoologische Jahrbücher. Abteilung für Systematik, Geographie und Biologie der Tiere – 19: 99 - 172.
- Wilhelm Kükenthal (1904): Ueber einige Korallentiere des Roten Meeres. – Denkschriften der medicinisch-naturwissenschaftlichen Gesellschaft zu Jena – 11: 31 - 58.
- Wilhelm Kükenthal (1902): Versuch einer Revision der Alcyonarien. I. Die Familie der Xeniiden. – Zoologische Jahrbücher. Abteilung für Systematik, Geographie und Biologie der Tiere – 15: 635 - 662.
- Wilhelm Kükenthal (1901): Diagnosen neuer Umbelluliden aus der Ausbeute der deutschen Tiefseeexpedition. – Zoologischer Anzeiger – 25: 593 - 597.
- Wilhelm Kükenthal (1901): Diagnosen neuer Alcyonarien aus der Ausbeute der Deutschen Tiefseeexpedition. – Zoologischer Anzeiger – 25: 299 - 301.
- Wilhelm Kükenthal (1900): Erwiderung. – Zoologischer Anzeiger – 23: 635 - 638.
- Wilhelm Kükenthal (1898): Jahresbericht der Medizinisch-naturwissenschaftlichen Gesellschaft zu Jena für das Jahr 1897 – Jenaische Zeitschrift für Naturwissenschaft – NF_24: 623 - 636.
- Wilhelm Kükenthal (1897): Vergleichend-anatomische und entwickelungsgeschichtliche Untersuchungen an Sirenen – Monografien Vertebrata Mammalia – 0064: 1 - 75.
- Wilhelm Kükenthal (1897): 3. Die Arten der Gattung Manatus – Zoologischer Anzeiger – 20: 38 - 40.
- Wilhelm Kükenthal (1897-1898): Parasitische Schnecken. – Abhandlungen der Senckenbergischen Naturforschenden Gesellschaft – 24_1897-1898: 1 - 16.
- Wilhelm Kükenthal (1897-1912): Vergleichend-anatomische und entwickelungsgeschichtliche Untersuchungen an Sirenen. – Denkschriften der medicinisch-naturwissenschaftlichen Gesellschaft zu Jena – 7: 1 - 75.
- Wilhelm Kükenthal (1897-1898): Orthopteren des Malayischen Archipels – Abhandlungen der Senckenbergischen Naturforschenden Gesellschaft – 24_1897-1898: 193 - 288.
- Wilhelm Kükenthal (1896): Ergebnisse einer zoologischen Forschungsreise in den Molukken und Borneo. – Abhandlungen der Senckenbergischen Naturforschenden Gesellschaft – 22_1896: 1 - 334.
- Wilhelm Kükenthal (1896): Ergebnisse einer zoologischen Forschungsreise in den Molukken und Borneo – Abhandlungen der Senckenbergischen Naturforschenden Gesellschaft – 22_1896: I-V.
- Wilhelm Kükenthal (1896-1897): Alcyonaceen von Ternate. – Abhandlungen der Senckenbergischen Naturforschenden Gesellschaft – 23_1896-1897: 81 - 144.
- Wilhelm Kükenthal (1896-1897): Einleitung. – Abhandlungen der Senckenbergischen Naturforschenden Gesellschaft – 23_1896-1897: I-II.
- Wilhelm Kükenthal, Th. Ziehen (1895): Untersuchungen über die Grosshirnfurchen der Primaten. – Jenaische Zeitschrift für Naturwissenschaft – NF_22: 1 - 122.
- 1. Alcyonaceen von TernateWilhelm Kükenthal (1895): 1. Alcyonaceen von Ternate – Zoologischer Anzeiger – 18: 347 - 442.
- Wilhelm Kükenthal (1895): 4. Alcyonaceen von Ternate – Zoologischer Anzeiger – 18: 426 - 436.
- Wilhelm Kükenthal (1894): Entwickelungsgeschichtliche Untersuchungen am Pinnipediergebisse. – Jenaische Zeitschrift für Naturwissenschaft – NF_21: 76 - 118.
- Wilhelm Kükenthal (1892): Ueber den Ursprung und die Entwickelung der Säugetierzähne. – Jenaische Zeitschrift für Naturwissenschaft – NF_19: 469 - 489.
- Wilhelm Kükenthal (1892): Sotalia teuszii n. sp., ein pflanzenfressender (?) Delphin aus Kamerun. – Zoologische Jahrbücher. Abteilung für Systematik, Geographie und Biologie der Tiere – 6: 442 - 452.
- Wilhelm Kükenthal (1892): Ueber die Entstehung und Entwicklung des Säugetierstammes. – Biologisches Zentralblatt – 12: 400 - 413.
- Wilhelm Kükenthal (1891): Über die Anpassung von Säugethieren an das Leben im Wasser. – Zoologische Jahrbücher. Abteilung für Systematik, Geographie und Biologie der Tiere – 5: 373 - 399.
- Alfred Walter, Wilhelm Kükenthal (1890): Ornithologische Ergebnisse der von der Bremer geographischen Gesellschaft im Jahre 1889 veranstalteten Reise nach Ostspitzbergen. – Journal für Ornithologie – 38_1890: 233 - 255.
- Wilhelm Kükenthal (1889): Beiträge zur Fauna Spitzbergens. – Archiv für Naturgeschichte – 55-1: 125 - 168.
- Wilhelm Kükenthal (1889): Vergleichend-anatomische und entwickelungsgeschichtliche Untersuchungen an Walthieren. – Denkschriften der medicinisch-naturwissenschaftlichen Gesellschaft zu Jena – 3_1-2: 1 - 448.
- Wilhelm Kükenthal (1888-1889): Beobachtungen am Regenwurm – Biologisches Zentralblatt – 8: 80 - 86.
- Wilhelm Kükenthal (1887): Über das Nervensystem der Opheliaceen. – Jenaische Zeitschrift für Naturwissenschaft – NF_13: 511 - 580.
- Wilhelm Kükenthal (1887): Die Opheliaceen der Expedition der „Vettore Pisani". – Jenaische Zeitschrift für Naturwissenschaft – NF_14: 361 - 373.
- Wilhelm Kükenthal, Bernhard Weissenborn (1886): Ergebnisse eines zoologischen Ausfluges an die Westküste Norwegens. – Jenaische Zeitschrift für Naturwissenschaft – NF_12: 776 - 789.
- Wilhelm Kükenthal (1886): 1. Vereinfachung der Färbetechnik – Zoologischer Anzeiger – 9: 23 - 25.
- Wilhelm Kükenthal (1885): Ueber die lymphoiden Zellen der Anneliden. – Jenaische Zeitschrift für Naturwissenschaft – NF_11: 319 - 364.