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- Norbert Pühringer, Leopold M. Sachslehner, Josef Trauttmansdorff (2018): Die Zippammer (Emberiza cia) in Oberösterreich - Brutbestand, Verbreitung, Ökologie – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 026: 3 - 31.
- Ottokar Jindrich, Alois Schmalzer, Josef Trauttmansdorff (2018): Truppenübungsplatz Allentsteig – Vogelschutz in Österreich - Mitteilungen von Birdlife Österreich – 045: 8 - 11.
- Ottokar Jindrich, Josef Trauttmansdorff (2017): Mythos und Wahrheit - Wiederkehr eines alten Bekannten. Erster Wolfnachwuchs auf dem Truppenübungsplatz Allentsteig im Waldviertel (NOE) 2016 – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2017_01: 3 - 10.
- Leopold M. Sachslehner, Remo Probst, Alois Schmalzer, Josef Trauttmansdorff (2016): Brutbestand und Bruterfolg des Raubwürgers (Lanius excubitor) in Niederösterreich von 2000-2015 – Vogelkundliche Nachrichten aus Ostösterreich – 0027_1-4: 1 - 9.
- Leopold M. Sachslehner, Benjamin Watzl, Alois Schmalzer, Josef Trauttmansdorff (2016): Die Kornweihe (Circus cyaneus) als Brutvogel in Niederösterreich –eine besonders schwierige Art – Vogelkundliche Nachrichten aus Ostösterreich – 0027_1-4: 10 - 24.
- Leopold M. Sachslehner, Hansjörg Lauermann, Friedrich Gubi, Kazue Sachslehner, Alois Schmalzer, Josef Trauttmansdorff, Josef Kugler, Doris Walter (2014): Die Brutpopulation der Wiesenweihe Circus pygargus (Linnaeus 1758) im nordöstlichen Waldviertel (Niederösterreich) 2000-2011. – Egretta – 53: 75 - 91.
- Josef Trauttmansdorff, Bernd-Ulrich Rudolph (2013): Nahrungswahl des Gänsesägers Mergus merganser an südbayerischen Flüssen im Winter – Ornithologischer Anzeiger – 52_1-2: 19 - 27.
- Josef Trauttmansdorff (1999): Zur Evolution von Tongebung und Tonwahrnehmung – Matreier Gespräche - Schriftenreihe der Forschungsgemeinschaft Wilheminenberg – 1999: 8 - 17.
- Gustav Reingrabner, Josef Trauttmansdorff (1997): Rendevous mit Tier und Mensch – Publikationen Otto Koenig Institut – 7: 1 - 117.
- Josef Trauttmansdorff, Gudrun Wassermann (1996): Sukzessionen eines anthropogen geschaffenen Feuchtbiotopes. – Umwelt - Schriftenreihe für Ökologie und Ethologie – 23: 1 - 56.
- Josef Trauttmansdorff (1996): Technikbedingte genetische und lernabhängige Anpassungsprozesse bei Tieren – Matreier Gespräche - Schriftenreihe der Forschungsgemeinschaft Wilheminenberg – 1996b: 117 - 127.
- Dagmar Schratter, Josef Trauttmansdorff (1993): Beitrag zur Nahrungswahl des Kormorans (Phalacrocorax carbo) im österreichischen Donausystem – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 1993_1: 21 - 26.
- Josef Trauttmansdorff (1993): Workshop "Der Kormoran" Versuch einer Konfliktlösung zwischen Naturschutz und Fischerei. Fachvorträge und Ergebnisse. Zum Autor. – Umwelt - Schriftenreihe für Ökologie und Ethologie – 20: 2.
- Josef Trauttmansdorff (1993): Ethologie des Kormorans; Bestandszählung am Schlafplatz Zwentendorf; Synchronzählung 1989/90. – Umwelt - Schriftenreihe für Ökologie und Ethologie – 20: 5 - 9.
- Josef Trauttmansdorff (1993): Besatzfische in der Karpfenteichwirtschaft. – Umwelt - Schriftenreihe für Ökologie und Ethologie – 20: 28 - 31.
- Dagmar Schratter, Josef Trauttmansdorff (1993): Kormorane Phalacrocorax carbo sinensis an Donau und Enns in Österreich: Analyse der Speiballen – Verhandlungen der Ornithologischen Gesellschaft in Bayern – 25_2-3_1993: 129 - 150.
- Josef Trauttmansdorff (1992): Ethologie und Ökologie des Kormorans (Phalacrocorax carbo) an der Österreichischen Donau. – Umwelt - Schriftenreihe für Ökologie und Ethologie – 19: 1 - 40.
- Hans Peter Kollar, Marianne Seiter, Josef Trauttmansdorff (1990): Der Kormoran (Phalacrocorax carbo) als Wintergast an der österreichischen Donau – Mitteilungen der Zoologischen Gesellschaft Braunau – 5: 147 - 156.
- Josef Trauttmansdorff, Hans Siegfried Schratter (1989): Qualitative Analyse eines orchideenreichen Halbtrockenrasens. – Jahrbuch des Oberösterreichischen Musealvereines – 134a: 213 - 235.
- Hans Siegfried Schratter, Josef Trauttmansdorff (1989): Gartenteich Schulteich. – Umwelt - Schriftenreihe für Ökologie und Ethologie – 5: 1 - 48.
- Josef Trauttmansdorff (1988): Vergleichende Untersuchung der Wirbelfauna im Bereich des Gießganges Greifenstein. – Umwelt - Schriftenreihe für Ökologie und Ethologie – 10: 21 - 22.
- Josef Trauttmansdorff (1986): Brutbiologie der Wasservögel am Stausee Staning, Österreich – Ornithologischer Anzeiger – 25_2-3: 195 - 206.