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- Werner Krause, Erich Walter (1995): Die Characeen der Teiche in Oberfranken – Berichte der Bayerischen Botanischen Gesellschaft zur Erforschung der Flora – 65: 51 - 58.
- Werner Krause, Astrid Grüttner (1990): Über einen Fund der Chara tenuispina im Bodenseegebiet mit Blick auf die Gesamtverbreitung der Pflanze – Carolinea - Beiträge zur naturkundlichen Forschung in Südwestdeutschland – 48: 31 - 36.
- Werner Krause (1990): Zum Neufund der Chara kokeilii A. BR. im Skutarisee – Carinthia II – 180_100: 705 - 713.
- Erwin Reichardt, Josef Bogner, Gerhard Benl, R. Müller, Werner Krause, Wolfgang Lippert, Eduard Hertel, Günther R. Heubl (1987): Buchbesprechungen – Berichte der Bayerischen Botanischen Gesellschaft zur Erforschung der Flora – 58: 285 - 300.
- Werner Krause (1986): Die Bart-Armleuchteralge Lychnothamnus barbatus im Klopeiner See, Kärnten – Carinthia II – 176_96: 337 - 354.
- Werner Krause (1985): Über die Standortsansprüche und das Ausbreitungsverhalten der Stern-Armleuchteralge Nitellopsis obtusa (Desvaux) J. Groves – Carolinea - Beiträge zur naturkundlichen Forschung in Südwestdeutschland – 42: 31 - 42.
- Werner Krause (1983): Characeen-Standorte in Portugal mit besonderer Rücksicht auf den Einfluß des Menschen – Tuexenia - Mitteilungen der Floristisch-soziologischen Arbeitsgemeinschaft – NS_3: 289 - 296.
- Werner Krause (1983): Zum Formenkreis der Chara aspera Willd. in Bayern – Berichte der Bayerischen Botanischen Gesellschaft zur Erforschung der Flora – 54: 151 - 160.
- Werner Krause (1976): Characeen aus Bayern Teil 1. Bestimmungsschlüssel und Abbildungen – Berichte der Bayerischen Botanischen Gesellschaft zur Erforschung der Flora – 47: 229 - 257.
- Werner Krause (1975): Siedlungen gefährdeter Pflanzen in Baggerseen der Oberrheinebene – Beiträge zur naturkundlichen Forschung in Südwestdeutschland – 34: 187 - 199.
- Werner Krause (1974): Veränderungen des Chloridgehaltes der Rheinauengewässer im Zusammenhang mit dem Bau des Rheinseitenkanals – Berichte der naturforschenden Gesellschaft zu Freiburg im Breisgau – 64: 5 - 23.
- Lebende Zeugen nacheiszeitlicher Waldgescbicbte in der BaarWerner Krause (1970): Lebende Zeugen nacheiszeitlicher Waldgescbicbte in der Baar – Schriften des Vereins für Geschichte und Naturgeschichte der Baar – 28: 232 - 259.
- Die Heckenlandschaft der WestbaarWerner Krause (1966): Die Heckenlandschaft der Westbaar – Schriften des Vereins für Geschichte und Naturgeschichte der Baar – 27: 82 - 100.
- Werner Krause (1953-1956): Zur Kenntnis der Pflanzenbestände in Feldgrasflächen des Schwarzwaldes (1953) – Mitteilungen des Badischen Landesvereins für Naturkunde und Naturschutz e.V. Freiburg i. Br. – NF_6: 22 - 33.
- Werner Krause (1935): Helianthemum apenninum in Nordthüringen. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_42: 64 - 68.
- Werner Krause (1933-35): Die Bergente, Nyroca marila (L.), 1931/32 in Nordwestsachsen - mit 1 Abbildung nach einer Naturaufnahme des Verfassers auf Taf. 2 – Mitteilungen des Vereins Sächsischer Ornithologen – 4: 31 - 32.