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- Susanne Popp-Kohlweiss, Günther Nowotny (2023): Auswirkungen von Biotopverpflanzungen auf verschiedene Lebensraumtypen - Analyse von Verpflanzungsmethoden und Empfehlungen zur Erfolgskontrolle – Mitteilungen aus dem Haus der Natur Salzburg – 28: 74 - 115.
- Peter Kaufmann, Patrick Gros, Helmut Wittmann, Georg Pflugbeil, Peter Pilsl, Günther Nowotny, Stefan Kwitt, Jakob Pöhacker, Thomas Rücker, Martin Kyek, Thomas Zuna-Kratky, Fiona Bergmann, Tobias Seifert, Charlotte Kraus, Robert Lindner (2023): Der Bioblitz Salzburg 2021 auf Observation.org – eine Citizen Science Bestandserfassung der urbanen Biodiversität Salzburgs – Mitteilungen aus dem Haus der Natur Salzburg – 28: 5 - 20.
- Günther Nowotny, Stefan Kwitt (2021): Erste Nachweise der Lindenwanze Oxycarenus lavaterae (Fabricius, 1787) im Bundesland Salzburg – Mitteilungen aus dem Haus der Natur Salzburg – 27: 15 - 22.
- Christian Eichberger, Claudia Wolkerstorfer, Stefan Brameshuber, Ingrid Eichberger, Verena Gfrerer, Hemma Gressel, Patrick Gros, Martin Kyek, Andreas Martin Maletzky, Christine Medicus, Günther Nowotny, Elisabeth Ortner, Susanne Popp-Kohlweiss, Gishild Schaufler, Christian Schröck, Walpurga Schwaighofer, Marcus Weber, Helmut Wittmann (2019): Herausforderungen bei ÖPUL-Naturschutz-Maßnahmen und naturschutzfachliche Empfehlungen für künftige Förderprogramme Netzwerk Natur Salzburg – Mitteilungen aus dem Haus der Natur Salzburg – 25: 5 - 70.
- Kurt Zernig, Christian Berg, Rainer Burkard, Peter Englmaier, Gerwin Heber, Michael Hohla, Gerhard Kniely, Günther Nowotny, Martina Pöltl, Ilse Wendelin (2018): Bemerkenswertes zur Flora der Steiermark 6 – Joannea Botanik – 15: 215 - 245.
- Francesca L. M. Christ, Günther Nowotny (2016): Entwicklung der Illinger-Streuwiese am Salzweg in den Walser Wiesen (Bundesland Salzburg, Österreich) zwischen 1989 und 2014 – Mitteilungen aus dem Haus der Natur Salzburg – 23: 72 - 92.
- Bettina Leitner, Helmut Wittmann, Günther Nowotny (2015): Der Lungen-Enzian (Gentiana pneumonanthe L.) im Bundesland Salzburg (Österreich) - eine Komplettanalyse historischer und aktueller Daten einer bedrohten Pflanzenart. – Mitteilungen aus dem Haus der Natur Salzburg – 22: 5 - 46.
- Günther Nowotny (2015): Biotopmanagement für den Orchideen-Blauweiderich in Salzburg – Natur und Land (vormals Blätter für Naturkunde und Naturschutz) – 2015_1: 35 - 38.
- Günther Nowotny, Andreas Martin Maletzky (2013): Das Untersuchungsgebiet - Lage und naturräumliche Einbettung von Neumarkt am Wallersee. – Sauteria-Schriftenreihe f. systematische Botanik, Floristik u. Geobotanik – 20: 13 - 20.
- Günther Nowotny, Barbara Ritterbusch-Nauwerck (2011): Neue Vorkommen von Pinellia ternata (Thunberg) Breitenbach und anderen Neophyten im Grenzgebiet von Oberösterreich und Salzburg – Stapfia – 0095: 76 - 84.
- Günther Nowotny (2008): Abschluss der Biotopkartierung in Salzburg - Überblick über die Ergebnisse und Ausblick – Sauteria-Schriftenreihe f. systematische Botanik, Floristik u. Geobotanik – 16: 239 - 243.
- Susanne Gewolf, Christian Schröck, Roland Kaiser, Oliver Stöhr, Peter Pilsl, Günther Nowotny (2008): Neophyten Flora der stadt Salzburg – Sauteria-Schriftenreihe f. systematische Botanik, Floristik u. Geobotanik – 16: 246 - 250.
- Claudia Arming [Wolkerstorfer], Christian Eichberger, Günther Nowotny, Isolde Althaler (2008): Verlust an Feuchtwiesen und Lebensraumfragmentierung am Beispiel zweier Gemeinden im Bundesland Salzburg (Österreich) – Sauteria-Schriftenreihe f. systematische Botanik, Floristik u. Geobotanik – 16: 17 - 49.
- Claudia Arming [Wolkerstorfer], Christian Eichberger, Günther Nowotny, Elisabeth Ortner (2008): Biotopmanagement für den Orchideen-Blauweiderich (Veronica orchidea CRANTZ.) – Sauteria-Schriftenreihe f. systematische Botanik, Floristik u. Geobotanik – 16: 372 - 374.
- Susanne Gewolf, Christian Schröck, Roland Kaiser, Oliver Stöhr, Peter Pilsl, Günther Nowotny (2008): Neophytenflora der Stadt Salzburg (Österreich) – Sauteria-Schriftenreihe f. systematische Botanik, Floristik u. Geobotanik – 17: 1 - 596.
- Günther Nowotny, Christian Vötter, Susanna Vötter-Dankl (2006): Verlustreicher Kulturlandschaftswandel in den Hohen Tauern (Österreich) – Sauteria-Schriftenreihe f. systematische Botanik, Floristik u. Geobotanik – 14: 205 - 222.
- Christian Schröck, Peter Pilsl, Oliver Stöhr, Günther Nowotny (2006): Zum aktuellen Vorkommen ausgewählter, vorwiegend archäophytischer Gefäßpflanzen in der Stadt Salzburg. - In: STÜBER Eberhard, Salzburg (2006), Mitteilungen aus dem Haus der Natur XVII. Folge. – Mitteilungen aus dem Haus der Natur Salzburg – 17: 25 - 49.
- Christian Eichberger, Oliver Stöhr, Günther Nowotny (2006): Streuwiesenpflege nach mehrjähriger Brache am Fuß des Untersberges (Salzburg, Österreich) – Sauteria-Schriftenreihe f. systematische Botanik, Floristik u. Geobotanik – 14: 111 - 131.
- Günther Nowotny (2004): Beiträge zur Flora des Nationalparks Hohe Tauern und der Nationalparkregion im Bundesland Salzburg – Sauteria-Schriftenreihe f. systematische Botanik, Floristik u. Geobotanik – 13: 115 - 150.
- Oliver Stöhr, Christian Schröck, Peter Pilsl, Susanne Gewolf, Christian Eichberger, Günther Nowotny, Robert Krisai, Apollonia Mayr, Roland Kaiser (2004): Beiträge zur indigenen Flora von Salzburg – Sauteria-Schriftenreihe f. systematische Botanik, Floristik u. Geobotanik – 13: 15 - 114.
- Oliver Stöhr, Peter Pilsl, Christian Schröck, Günther Nowotny, Roland Kaiser (2004): Neue Gefäßpflanzenfunde aus Salzburg.- In: STÜBER Eberhard, Salzburg (2004), Mitteilungen aus dem Haus der Natur XVI. Folge. – Mitteilungen aus dem Haus der Natur Salzburg – 16: 46 - 64.
- Christian Schröck, Peter Pilsl, Oliver Stöhr, Günther Nowotny, Albin Blaschka, Roland Kaiser (2004): Adventivflora einer mitteleuropäischen Stadt am Beispiel von Salzburg (Österreich)- Vorstellung eines laufenden Projektes der Salzburger Botanischen Arbeitsgemeinschaft – Sauteria-Schriftenreihe f. systematische Botanik, Floristik u. Geobotanik – 13: 347 - 363.
- Christian Schröck, Oliver Stöhr, Susanne Gewolf, Christian Eichberger, Günther Nowotny, Apollonia Mayr, Peter Pilsl (2004): Beiträge zur Adventivflora von Salzburg I – Sauteria-Schriftenreihe f. systematische Botanik, Floristik u. Geobotanik – 13: 221 - 337.
- Günther Nowotny, Thomas C. Zechmeister, Ingrid Hagenstein, Joachim Tajmel, Alois Lang, Wolfgang Honsig-Erlenburg, Jürgen Petutschnig (2003): Schützen durch nützen – Natur und Land (vormals Blätter für Naturkunde und Naturschutz) – 2003_5: 2 - 13.
- Peter Pilsl, Helmut Wittmann, Günther Nowotny (2002): Beiträge zur Flora des Bundeslandes Salzburg III – Linzer biologische Beiträge – 0034_1: 5 - 165.
- Günther Nowotny, Claudia Arming [Wolkerstorfer], Christian Eichberger (2001): Die salzburger Biotopkartierung als Grundlage für vegetationskundliche Forschungen am Beispiel von Mager- und Halbtrockenrasen – Sauteria-Schriftenreihe f. systematische Botanik, Floristik u. Geobotanik – 11: 189 - 222.
- Grundlagen einer erfolgreichen Naturschutzarbeit; BiotopkartierungenGünther Nowotny (2000): Grundlagen einer erfolgreichen Naturschutzarbeit; Biotopkartierungen – Natur und Land (vormals Blätter für Naturkunde und Naturschutz) – 2000_3: 24 - 32.
- Günther Nowotny (1999): Praktische Anwendungen der Biotopkartierung in Salzburg (Österreich) – Sauteria-Schriftenreihe f. systematische Botanik, Floristik u. Geobotanik – 10: 175 - 185.
- Günther Nowotny (1999): Gefährdung der Stadtbäume Streusalz - erlebt ein Schadstoff eine verhängnissvolle Renaissance? – Natur und Land (vormals Blätter für Naturkunde und Naturschutz) – 1999_4-5: 26 - 29.
- Bernhard Fölsche, Günther Nowotny (1996): SAGIS-Einsatz im Naturschutzbereich des Amtes der Salzburger Landesregierung - Erfahrungen und Ausblick – Laufener Spezialbeiträge und Laufener Seminarbeiträge (LSB) – 4_1996: 47 - 51.
- Günther Nowotny (1996): Praxis und Erfahrungen bei der Biotopkartierung im Bundesland Salzburg (Österreich) – Sauteria-Schriftenreihe f. systematische Botanik, Floristik u. Geobotanik – 8: 171 - 180.
- Botanische Auswertungsmöglichkeiten der Biotopkartierung SalzburgGünther Nowotny (1995): Botanische Auswertungsmöglichkeiten der Biotopkartierung Salzburg – Carinthia II. Mitteilungen des Naturhistorischen Landesmuseums fuer Kaernten. Sonderhefte No.(1) 1930- – 53: 105 - 107.
- Günther Nowotny (1995): Botanische Auswertungsmöglichkeiten der Biotopkartierung Salzburg. – Carinthia II - Sonderhefte – 53: 105 - 107.
- Günther Nowotny (1995): Die Biotopkartierung im Bundesland Salzburg (Österreich) – Sauteria-Schriftenreihe f. systematische Botanik, Floristik u. Geobotanik – 6: 193 - 202.
- Günther Nowotny (1988): Ursachen der Vitalitätsminderung bei den Salzburger Stadtbäumen – Natur und Land (vormals Blätter für Naturkunde und Naturschutz) – 1988_6: 172 - 174.
- Teilbericht der Bundesländer Bundesland Salzburg: Die Vegetation der SalzachauenGünther Nowotny (19##): Teilbericht der Bundesländer Bundesland Salzburg: Die Vegetation der Salzachauen – Monografien Botanik Gemischt – 0047: 109 - 153.
- Teilberichte der Bundesländer. Bayern: Die Vegetation der bayerischen SalzachauenManfred Fuchs, Michael Bushart, Siegfried Lippelt, Thomas Franke, Robert Krisai, Günther Nowotny (19##): Teilberichte der Bundesländer. Bayern: Die Vegetation der bayerischen Salzachauen – Monografien Botanik Gemischt – 0047: 5 - 66.
- Günther Nowotny: Teilbericht Salzburg: Die Vegetation der Salzachauen. (Gesamtseitenzahl 173 Seiten + Kartenanhänge) – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0119: 109 - 153.