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- Eugen Rott (2023): Nachruf Roland Pechlaner (1934-2022) international anerkannter Limnologe und Fischforscher – Linzer biologische Beiträge – 0055_1: 187 - 204.
- Elsa Leonore Kusel-Fetzmann, Eugen Rott (2013): Ao. Univ.-Prof. Dr. Annemarie Schmid (Univ. Salzburg) 1943 - 2013. – Schriften des Vereins zur Verbreitung naturwissenschaftlicher Kenntnisse Wien – 151_152: 137 - 142.
- Konrad Pagitz, Eugen Rott (2012): Geo-Tag der Artenvielfalt 2011 in Tirol - Alpenpark Karwendel. – Wissenschaftliches Jahrbuch der Tiroler Landesmuseen – 5: 373 - 395.
- Konrad Pagitz, Andreas Aschaber, Peter Huemer, Eugen Rott, Armin Landmann (2012): Geo-Tag der Artenvielfalt 2010 im Naturpark Tiroler Lech. – Wissenschaftliches Jahrbuch der Tiroler Landesmuseen – 5: 325 - 371.
- Eugen Rott, Doris Gesierich, Nico Binder (2010): Lebensraumtypen und Diversitätsgradienten lotischer Algen in einem Gletschereinzugsgebiet – Publikationen Alpine Forschungsstelle Obergurgl – 1: 203 - 212.
- Eugen Rott, Doris Gesierich, Nico Binder (2010): Lebensraumtypen und Diversitätsgradienten lotischer Algen in einem Gletschereinzugsgebiet – Publikationen Alpine Forschungsstelle Obergurgl – 1: 287 - 296.
- Diethard Sanders, Eugen Rott (2009): Contrasting styles of calcification by the micro-alga Oocardium stratum Naegeli 1849 (Zygnematophyceae) in two limestone-precipitating spring creeks of the Alps. – Austrian Journal of Earth Sciences – 102_1: 34 - 49.
- Diethard Sanders, Doris Gesierich, Eugen Rott (2008): Mikro-Grünalgen und Cyanobakterien bilden den Quellkalk von Lingenau (Vorarlberg) – Berichte der Geologischen Bundesanstalt – 75: 32 - 33.
- Eugen Rott, Karin Pall, Susanne Schneider, Dietmar Jäger (2007): Bemerkenswerte Characeen-Funde in Nordtirol (Ergebnis einer Tagung). – Berichte des naturwissenschaftlichen-medizinischen Verein Innsbruck – 94: 31 - 42.
- Eugen Rott, Doris Gesierich (2005): Hydraulische Nischentrennung von Makroalgen in einem Schotterbach (Isar, Naturpark Karwendel) – Natur in Tirol - Naturkundliche Beiträge der Abteilung Umweltschutz – 12: 324.
- Doris Gesierich, Eugen Rott (2004): Benthic Algae and Mosses from Aquatic Habitats in the Catchment of a Glacial Stream (Rotmoos, Ötztal, Austria) – Berichte des naturwissenschaftlichen-medizinischen Verein Innsbruck – 91: 7 - 42.
- Algen in FließgewässernEugen Rott (1995): Algen in Fließgewässern – Carinthia II. Mitteilungen des Naturhistorischen Landesmuseums fuer Kaernten. Sonderhefte No.(1) 1930- – 53: 118 - 119.
- Eugen Rott (1995): Algen in Fließgewässern. – Carinthia II - Sonderhefte – 53: 118 - 119.
- Eugen Rott (1994): Der Algenaufwuchs in der Oberen Alz (Oberbayern). – Berichte des naturwissenschaftlichen-medizinischen Verein Innsbruck – 81: 229 - 253.
- Some aspects of the seasonal distribution of flagellates in mountain lakesEugen Rott (1988): Some aspects of the seasonal distribution of flagellates in mountain lakes – Forschungsdienst – 161: 159 - 170.
- Eugen Rott (1981): Ein Beitrag zur Algenflora andiner Hochlandseen Ecuadors (Südamerika). – Berichte des naturwissenschaftlichen-medizinischen Verein Innsbruck – 68: 13 - 29.
- Eugen Rott (1981): Zur Vegetation im Uferbereich des Piburger Sees – Jahresbericht der Abteilung für Limnologie am Institut für Zoologie der Universität Innsbruck – 1981: 66 - 69.
- Eugen Rott (1981): Bestand und Produktion des Phytoplanktons 1980/81 im Piburger See – Jahresbericht der Abteilung für Limnologie am Institut für Zoologie der Universität Innsbruck – 1981: 58 - 65.
- Eugen Rott (1980): Bestand und Produktion des Phytoplanktons 1979/80 sowie Obersicht über die Werte 1977-1980 im Piburger See – Jahresbericht der Abteilung für Limnologie am Institut für Zoologie der Universität Innsbruck – 1980: 148 - 155.
- Eugen Rott (1979): Bestand und Produktion des Phytoplanktons 1978/79 sowie Übersicht über die Strahlungstransmission 1975-1979 im Piburger See – Jahresbericht der Abteilung für Limnologie am Institut für Zoologie der Universität Innsbruck – 1979: 61 - 68.
- Eugen Rott (1978): Chlorophyll-Alpha-Konzentration und Zellvolumen als Parameter der Phytoplanktonbiomasse. – Berichte des naturwissenschaftlichen-medizinischen Verein Innsbruck – 65: 11 - 21.
- Eugen Rott (1978): Bestand und Produktion Phytoplanktons im Piburger See 1977/78 – Jahresbericht der Abteilung für Limnologie am Institut für Zoologie der Universität Innsbruck – 1978: 59 - 65.
- Eugen Rott (1977): Plankton und Strahlung – Jahresbericht der Abteilung für Limnologie am Institut für Zoologie der Universität Innsbruck – 1977: 53 - 58.
- Roland Psenner, Eugen Rott (1977): Limnologische Überwachung und sieben Jahre Gewässerschutz am Reither See (Tirol) – Jahresbericht der Abteilung für Limnologie am Institut für Zoologie der Universität Innsbruck – 1977: 212 - 238.
- Eugen Rott, Peter Schaber (1977): Die Entwicklung des eutrophen Schwarzsees bei Kitzbühel seit 1974 – Jahresbericht der Abteilung für Limnologie am Institut für Zoologie der Universität Innsbruck – 1977: 239 - 251.
- Eugen Rott (1976): Ökologische Beobachtungen an der Blaualge Oscillatoria limosa Ag. im Piburger See (Tirol, – Berichte des naturwissenschaftlichen-medizinischen Verein Innsbruck – 63: 57 - 66.
- Ökologische Beobachtungen an der Blaualge Oscillatoria limosa Ag. im Piburger See (Tirol, …Eugen Rott (1976): Ökologische Beobachtungen an der Blaualge Oscillatoria limosa Ag. im Piburger See (Tirol, Österreich) – Berichte des naturwissenschaftlichen-medizinischen Verein Innsbruck – 63: 57 - 66.
- Zur Biologie eines künstlich entstandenen KleinbadeseesF. Tiefenbrunner, Eugen Rott (1975): Zur Biologie eines künstlich entstandenen Kleinbadesees – Zentbl. Bakt. Hyg., I. Abt. Orig. B – 160: 268 - 285.