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- Jean-Paul Haenni, Hans-Joachim Flügel (2017): Checkliste der Haarmücken (Diptera: Bibionidae) Thüringens – Checklisten der Thüringer Insekten – 25: 15 - 18.
- Langfühlerschrecken als Blütenbesucher (Orthoptera: Ensifera)Hans-Joachim Flügel (2017): Langfühlerschrecken als Blütenbesucher (Orthoptera: Ensifera) – Entomologische Zeitschrift – 127: 7 - 10.
- Hans-Joachim Flügel (2017): Verbreitung der Hylaeus gibbus-Artengruppe in Hessen, weitere eigene Fundnachweise und Anmerkungen zur Biologie (Hymenoptera Aculeata: Apoidea, Colletidae) – Ampulex - Zeitschrift für aculeate Hymenopteren – 9: 15 - 19.
- Beate Wolf, Hans-Joachim Flügel (2016-2017): Ergebnisse eines einjährigen Lichtfangs von Köcherfliegen (Trichoptera) aus dem Knüllwald, Hessen – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 17: 135 - 142.
- Hans-Joachim Flügel (2016-2017): Blütenbesuche von Pinselkäfern (Trichius-Arten, Coleoptera: Scarabidae) und ihre Verbreitung in Hessen – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 17: 143 - 166.
- Von Columella bis CCD - das Bienensterben im Wandel der Zeit (Hymernoptera: Apidae)Hans-Joachim Flügel (2015): Von Columella bis CCD - das Bienensterben im Wandel der Zeit (Hymernoptera: Apidae) – Entomologische Zeitschrift – 125: 27 - 40.
- BuchbesprechungHans-Joachim Flügel (2015): Buchbesprechung – Entomologische Zeitschrift – 125: 74 - 76.
- Hans-Joachim Flügel (2014): Die Salzstellen bei Heringen – Mitteilungen des Internationalen Entomologischen Vereins – 39_2014: 245 - 250.
- Gelungene und misslungene Umsetzungs- und Ansiedlungsversuche bei Wildbienen (Insecta, …Hans-Joachim Flügel (2014): Gelungene und misslungene Umsetzungs- und Ansiedlungsversuche bei Wildbienen (Insecta, Hymenoptera, Aculeata: Apidae) – Insecta - Zeitschrift für Entomologie und Naturschutz des Bundesfachausschusses Entomologie (NABU) – 14: 6.
- Die Stechimmen der Hangelsberger Heide: Energietrassen als Artenschutzmaßnahme? (Hymenoptera:…Hans-Joachim Flügel (2014): Die Stechimmen der Hangelsberger Heide: Energietrassen als Artenschutzmaßnahme? (Hymenoptera: Aculeata) – Entomologische Zeitschrift – 124: 251 - 261.
- Hans-Joachim Flügel, Uli Brenner (2013): Die Käferfauna der Salzstellen bei Heringen (Insecta: Coleoptera), ein 50-jähriges Gemeinschaftsprojekt der Arbeitsgemeinschaft Hessischer Koleopterologen – Mitteilungen des Internationalen Entomologischen Vereins – 38_2013: 119 - 165.
- Hans-Joachim Flügel (2013-2015): Über einige Fundnachweise und den Blütenbesuch von Trichodes-Arten (Coleoptera: Cleridae) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 16: 155 - 171.
- Hans-Joachim Flügel (2013-2015): Die Schwingfliegen auf dem Gelände des Lebendigen Bienenmuseums (Diptera: Sepsidae) und ihre Blütenbesuche in Mitteleuropa – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 16: 81 - 93.
- Rainer Heiß, Hans-Joachim Flügel (2013-2015): Die Schnaken auf dem Gelände des Lebendigen Bienenmuseums (Diptera: Tipulidae) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 16: 267 - 281.
- Hans-Joachim Flügel (2013): Käferbeifänge aus Amphibienzaun-Eimern auf dem ehemaligen Truppenübungsplatz Homberg/Efze im Frühjahr 2010 – Hessische Faunistische Briefe – 32: 49 - 59.
- Dolerus pachycerus Hartig, 1837 (Hymenoptera, Tenthredinidae) in HessenHans-Joachim Flügel, Andrew D. Liston (2013): Dolerus pachycerus Hartig, 1837 (Hymenoptera, Tenthredinidae) in Hessen – Entomologische Nachrichten und Berichte – 57: 7 - 9.
- Hans-Joachim Flügel (2013): Wespenfunde vom Pimpinellenberg bei Oderberg und Umgebung (Hymenoptera: Aculeata excl. Apidae) – Entomofauna – 0034: 117 - 128.
- Hans-Joachim Flügel (2012): Wildbienen, Schwebfliegen und weitere Insekten am Knüllköpfchen, einer montanen Mittelgebirgsregion in Nordhessen – Hessische Faunistische Briefe – 31: 49 - 63.
- Malaxieren oder Desinfizieren der Beutetiere bei Grabwespen (Hymenoptera: Crabronidae)?Egon Orlopp, Hans-Joachim Flügel (2012): Malaxieren oder Desinfizieren der Beutetiere bei Grabwespen (Hymenoptera: Crabronidae)? – Bembix - Zeitschrift für Hymenopterologie – 34: 19 - 24.
- Hans-Joachim Flügel (2011-2013): Die Japanische Linden-Miniermotte Phyllonorycter issikii (Kumata, 1963) und weitere neozoische Miniermottennachweise aus Nordhessen (Lepidoptera: Gracillariidae) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 15: 37 - 41.
- Hans-Joachim Flügel (2011-2013): Erster aktueller Nachweis der Blauschillernden Sandbiene Andrena agilissima (Scopoli, 1770) in Nordhessen (Hymenoptera Aculeata: Apidae) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 15: 347 - 352.
- Hans-Joachim Flügel (2011-2013): Erstnachweis der Faltenwespe Microdynerus timidus (Saussure, 1856) für Nordhessen und weitere Stechimmenfunde auf dem Bahngelände in Kassel-Unterstadt (Hymenoptera Aculeata et Gasteruptiidae) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 15: 299 - 306.
- Hans-Joachim Flügel (2010): Erstnachweis von Leopoldius coronatus (RONDANI, 1857) und weitere Dickkopffliegenfunde aus Berlin und Brandenburg (Diptera: Conopidae) – Märkische Entomologische Nachrichten – 2010_1: 109 - 118.
- Hans-Joachim Flügel (2010): Wildbienennachweise vom Pimpinellenberg bei Oderberg und Umgebung (Hymenoptera: Apidae) – Entomofauna – 0031: 97 - 112.
- Hans-Joachim Flügel (2009): Aktuelle Nachweise des Fächerflüglers Xenos vesparum Rossi, 1793 aus Nordhessen – Mitteilungen des Internationalen Entomologischen Vereins – 34_2009: 143 - 149.
- Wildbienen des Unteren Odertales (Hymenoptera: Aculeata, Apidae)Hans-Joachim Flügel (2009): Wildbienen des Unteren Odertales (Hymenoptera: Aculeata, Apidae) – Entomologische Zeitschrift – 119: 147 - 159.
- Nomada villosa Thomson, 1870 in Nordhessen mit Angaben aus angrenzenden Regionen.Karl-Heinz Schmalz, Hans-Joachim Flügel (2009): Nomada villosa Thomson, 1870 in Nordhessen mit Angaben aus angrenzenden Regionen. – Bembix - Zeitschrift für Hymenopterologie – 29: 5 - 9.
- Hans-Joachim Flügel (2009-2010): Wiederfund der Werre Gryllotalpa gryllotalpa (L., 1758) an der Werra bei Heringen (Nordosthessen) und weitere Heuschrecken(Nordosthessen) und weitere Heuschreckennachweise aus dem Landkreis Hersfeld-Rotenburg – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 14: 129 - 134.
- Hans-Joachim Flügel (2009-2010): Die Begleitflora des Kasseler documenta 12-Mohnfeldes im Herbst 2007 – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 14: 311 - 320.
- Erster Nachweis der Feldwespe Polistes nimpha (Christ, 1791) im Schwalm-Eder-Kreis (Hymenoptera:…Hans-Joachim Flügel (2008): Erster Nachweis der Feldwespe Polistes nimpha (Christ, 1791) im Schwalm-Eder-Kreis (Hymenoptera: Aculeata, Vespidae) – Entomologische Zeitschrift – 118: 179 - 182.
- Erster Nachweis der Goldwespe Chrysis iris Christ, 1791 in Hessen nach 1900 (Hymenoptera:…Hans-Joachim Flügel (2008): Erster Nachweis der Goldwespe Chrysis iris Christ, 1791 in Hessen nach 1900 (Hymenoptera: Chrysididae). – Bembix - Zeitschrift für Hymenopterologie – 27: 5 - 9.
- Die Köcherfliegen (Trichoptera) des Schwalm-Eder Kreises - ein erster Überblick.Beate Wolf, Rolf Angersbach, Hans-Joachim Flügel (2007): Die Köcherfliegen (Trichoptera) des Schwalm-Eder Kreises - ein erster Überblick. – Lauterbornia – 2007_61: 57 - 66.
- Hans-Joachim Flügel (2007): Erstnachweis von Anaspis palpalis (Gerhard, 1876) für Sachsen-Anhalt (Coleoptera, Scraptiidae) – Entomologische Mitteilungen Sachsen-Anhalt – 15_2007: 16 - 17.
- Hans-Joachim Flügel (2007-2008): Bienen (Hymenoptera Aculeata: Apidae) vom Halberg bei Neumorschen (Nordhessen, Fuldatal) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 13: 29 - 36.
- Hans-Joachim Flügel, Rolf Angersbach (2007-2008): Weitere floristische und faunistische Beobachtungen sowie künftige Entwicklungsmöglichkeiten vom Halberg bei Neumorschen (Nordhessen, Fuldatal) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 13: 73 - 82.
- Erste Beobachtungen der Blauen Holzbiene Xylocopa violacea (L. , 1758) im Schwalm-Eder-Kreis…Hans-Joachim Flügel (2007): Erste Beobachtungen der Blauen Holzbiene Xylocopa violacea (L., 1758) im Schwalm-Eder-Kreis (Nordhessen) (Hymenoptera: Apidae). – Bembix - Zeitschrift für Hymenopterologie – 24: 2 - 6.
- Jürgen Klawitter, Hans-Joachim Flügel (2007-2008): Moosfunde vom Halberg bei Neumorschen (Nordhessen, Fuldatal) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 13: 7 - 12.
- Hans-Joachim Flügel (2007-2008): Wespen und Ameisen (Hymenoptera Aculeata (excl. Apidae) et Gasteruptiidae) vom Halberg bei Neumorschen (Nordhessen, Fuldatal) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 13: 37 - 44.
- Hans-Joachim Flügel (2007-2008): Dickkopffliegen-Nachweise (Diptera: Conopidae) vom Halberg bei Neumorschen (Nordhessen, Fuldatal) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 13: 53 - 58.
- Hans-Georg Rudzinski, Hans-Joachim Flügel (2007-2008): Fliegen (Diptera excl. Conopidae et Syrphidae) aus Barberfallen und Netzfängen vom Halberg bei Neumorschen (Nordhessen, Fuldatal) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 13: 59 - 70.
- Hans-Joachim Flügel (2007-2008): Schwebfliegen-Nachweise (Diptera: Syrphidae) vom Halberg bei Neumorschen (Nordhessen, Fuldatal) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 13: 45 - 52.
- Frank Menzel, Hans-Joachim Flügel (2007-2008): Trauermücken (Diptera: Sciaridae) aus Lichtfallen am Lebendigen Bienenmuseum Knüllwald (Nordhessen) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 13: 143 - 148.
- Hans-Joachim Flügel (2007-2008): Der Asiatische Marienkäfer Harmonia axyridis PALLAS, 1793 nun auch in Nordhessen (Coleoptera: Coccinellidae) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 13: 217 - 222.
- Ulrich Frommer, Hans-Joachim Flügel (2005): Zur Ausbreitung der Furchenbiene Halictus scabiosae (Rossi, 1790) in Mitteleuropa unter besonderer Berücksichtigung der Situation in Hessen (Hymenoptera: Apidae) – Mitteilungen des Internationalen Entomologischen Vereins – 30_2005: 51 - 79.
- Matthias Kuprian, Sibylle Winkel, Rolf Angersbach, Hans-Joachim Flügel, Reinhard Eckstein, Florian Voigt (2005): Monitoringprojekt Vogelsbergteiche – Erste faunistische Ergebnisse – Jahrbuch Naturschutz in Hessen – 9: 186 - 203.
- Rolf Angersbach, Hans-Joachim Flügel (2005-2006): Das Magerrasenprojekt am Halberg, einem Kalkhügel bei Neumorschen (Nordhessen, Fuldatal) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 12: 185 - 190.
- Mathias Sommer, Hans-Joachim Flügel (2005-2006): Die Laufkäfer (Coleoptera: Carabidae) aus den Barberfallen vom Halberg bei Neumorschen (Nordhessen, Fuldatal) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 12: 243 - 248.
- Hans-Joachim Flügel, Rolf Angersbach (2005-2006): Heuschrecken, Ameisengrillen, Schaben und Ohrwürmer (Orthoptera, Blattodea et Dermaptera) am Halberg, einem Kalkhügel bei Neumorschen (Nordhessen, Fuldatal) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 12: 221 - 224.
- Franz Rebele, Thorsten Cloos, Hans-Joachim Flügel (2005-2006): Flora und Vegetation des Halberg – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 12: 191 - 204.
- Wilhelm Höhner, Hans-Joachim Flügel (2005-2006): Weitere Käferfunde (Coleoptera excl. Carabidae et Staphylinidae) aus den Barberfallen und Käscherfängen vom Halberg bei Neumorschen (Nordhessen, Fuldatal) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 12: 255 - 262.
- Wolfgang Apfel, Hans-Joachim Flügel (2005-2006): Die Kurzflügelkäfer (Coleoptera: Staphylinidae) aus den Barberfallen vom Halberg bei Neumorschen (Nordhessen, Fuldatal) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 12: 249 - 254.
- Bienen in der GroßstadtHans-Joachim Flügel (2004): Bienen in der Großstadt – Insecta - Zeitschrift für Entomologie und Naturschutz des Bundesfachausschusses Entomologie (NABU) – 9: 3.
- Hans-Joachim Flügel, Erika Geiseler (2003-2004): Das Lebendige Bienenmuseum Knüllwald Museum, Naturerlebnis- und Naturkunde-Station im Schwalm-Eder-Kreis mit dem Schwerpunkt blütenbesuchende Insekten – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 11: 17 - 30.
- Hans-Joachim Flügel (2003-2004): Schwebfliegenfunde am Lebendigen Bienenmuseum Knüllwald (Diptera: Syrphidae) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 11: 239 - 252.
- Erste Nachweise landlebender Köcherfliegen im Schwalm-Eder-Kreis (Trichoptera: Gattung Enoicyla)Hans-Joachim Flügel, Rolf Angersbach (2003): Erste Nachweise landlebender Köcherfliegen im Schwalm-Eder-Kreis (Trichoptera: Gattung Enoicyla) – Nachrichten des entomologischen Vereins Apollo – 24: 79 - 81.
- Hans-Joachim Flügel, Rolf Angersbach (2003): Erste Nachweise landlebender Köcherfliegen im Schwalm-Eder-Kreis (Trichoptera: Gattung Enoicyla) – Nachrichten des Entomologischen Vereins Apollo – 24: 79 - 81.
- Hans-Joachim Flügel (2003-2004): Triglyphus primus Loew, 1840 (Diptera, Syrphidae), eine eigenwillige Zwerg-Schwebfliege – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 11: 235 - 238.
- Hans-Joachim Flügel (2003-2004): Wespenfunde am Lebendigen Bienenmuseum Knüllwald (Hymenoptera Aculeata et Gasteruptiidae) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 11: 1 - 16.
- Hans-Joachim Flügel (2003-2004): Wildbienenfunde am Lebendigen Bienenmuseum Knüllwald (Hymenoptera Aculeata: Apidae) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 11: 259 - 280.
- Hans-Joachim Flügel (2002): Schwebfliegenfunde (Diptera, Syrphidae) vom Pimpinellenberg bei Oderberg und Umgebung (Brandenburg). / Records of hoverflies (Diptera, Syrphidae) from Pimpinellenberg, near Oderberg (Brandenburg) – Volucella - Die Schwebfliegen-Zeitschrift – 6: 223 - 235.
- Hans-Joachim Flügel (2002): Raubfliegenfunde aus Berlin und Brandenburg (Diptera: Asilidae) – Märkische Entomologische Nachrichten – 2002_2: 49 - 56.
- Ulrich Frommer, Hans-Joachim Flügel, Hermann-Josef Falkenhahn, Karl-Heinz Schmalz (2001): Über das Vorkommen der Mauerbiene Osmia anthocopoides SCHENCK 1853 in Hessen (Hymenoptera, Apidae) – Hessische Faunistische Briefe – 20: 50 - 52.
- Hans-Joachim Flügel (2001): Schwebfliegenfunde aus Berlin und Brandenburg (Diptera: Syrphidae) – Märkische Entomologische Nachrichten – 2001_2: 33 - 54.
- Hans-Joachim Flügel (2001-2003): Erste Ergebnisse zur Dickkopffliegen-Fauna des Schwalm-Eder-Kreises (Diptera: Conopidae) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 10: 5 - 15.
- Hans-Joachim Flügel (1999-2000): Phänologie und Blütenbesuch bei Dickkopffliegen (Diptera: Conopidae) – Philippia. Abhandlungen und Berichte aus dem Naturkundemuseum im Ottoneum zu Kassel – 9: 95 - 101.
- Hans-Joachim Flügel (1998): Zur Sache: Zum Problem der Ausnahmegenehmigungen zum Fang besonders geschützter Tierarten – Bembix - Zeitschrift für Hymenopterologie – 12: 32 - 33.
- Hans-Joachim Flügel (1998): Zur Biologie und Verbreitung von Systropha curvicornis in Berlin und Brandenburg – Bembix - Zeitschrift für Hymenopterologie – 10: 21 - 28.
- Hans-Joachim Flügel (1997): Umsiedlung einer von Baumaßnahmen bedrohten Teilpopulation der Sandbiene Andrena haemorrhoa - Ergebnisse und Folgerungen sowie Darstellung ihrer aktuellen Verbreitung in Berlin und Brandenburg – NOVIUS - Mitteilungsblatt der Fachgruppe Entomologie im NABU Landesverband Berlin – 22: 500 - 510.
- Hans-Joachim Flügel (1994): Zur Verwendung von Sammlungsettiketten – Bembix - Zeitschrift für Hymenopterologie – 2: 25 - 28.