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- Christian Pichler-Scheder, Ronald Pöppl, Lisa Humer, Stefan Haselberger, Lina Dilly, Johanna David, Sarah Höfler, Clemens Gumpinger (2021): Untersuchung der gewässerökologischen Auswirkungen von Feinsedimenteinträgen auf die Makrozoobenthosgemeinschaften des Gewässernetzes im Einzugsgebiet des Nationalparks Thayatal – Naturkundliche Mitteilungen aus den Landessammlungen Niederösterreich – 31: 123 - 138.
- Clemens Gumpinger, Daniel Daill, Christian Pichler-Scheder, Stefan Guttmann (2019): Das Artenschutzprojekt „Vision Flussperlmuschel“ in Oberösterreich – Denisia – 0042: 533 - 542.
- Clemens Gumpinger (2019): Biodiversität unter der Wasseroberfläche – Vielfalt unter Druck – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2019_03-04: 12 - 19.
- Clemens Gumpinger, Sarah Höfler, Christian Pichler-Scheder, Andreas Chovanec (2018): Ökologische Aufwertungsmaßnahmen in oberösterreichischen Gewässern Planung, Umsetzung, Erfolge, Probleme – Gewässerschutzberichte Oberösterreich und Wassergüteatlasse Oberösterreich – 55: 1 - 110.
- Clemens Gumpinger, Sarah Höfler, Christian Pichler-Scheder, Andreas Chovanec (2018): Ökologische Aufwertungsmaßnahmen in oberösterreichischen Gewässern Planung, Umsetzung, Erfolge, Probleme – Monografien Allgemein – 0392: 1 - 102.
- Michael Schauer, Clemens Gumpinger, Stefan Guttmann (2018): Erhalt und Wiederherstellung naturnaher Gewässerstrukturen im Europaschutzgebiet Mond- und Attersee – Österreichs Fischerei – 71: 276 - 283.
- Der aktuelle Zustand der Fischfauna im Enns-Abschnitt bei Admont. Ein Vergleich der…Clemens Gumpinger (2017): Der aktuelle Zustand der Fischfauna im Enns-Abschnitt bei Admont. Ein Vergleich der Fließstrecken zweier benachbarter Natura-2000-Gebiete – Schriften des Nationalparks Gesäuse – 13: 49 - 55.
- Christian Pichler-Scheder, Andreas Fischer, Daniela Csar, Clemens Gumpinger (2016): Gewässerökologische Beweissicherung des Traun-Nebenarms in Engleithen in den Jahren 2015 und 2016 – Gewässerschutzberichte Oberösterreich und Wassergüteatlasse Oberösterreich – 89: 1 - 69.
- Clemens Gumpinger, Clemens Ratschan, Michael Schauer, Josef Wanzenböck, Gerald Zauner (2016): Artenschutzprojekt Kleinfische und Neunaugen in Oberösterreich: Endbericht über die Projektdauer 2008 bis 2015 – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0839: 1 - 164.
- Michael Hohla, Rupert Lenzenweger, Clemens Gumpinger (2016): Es war einmal ... "in einem Bächlein helle"! – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2016_01: 12 - 31.
- Clemens Gumpinger, Christian Pichler-Scheder, Daniela Huemer (2016): Das oberösterreichische Artenschutzprojekt "Vision Flussperlmuschel" – Österreichs Fischerei – 69: 259 - 273.
- Christian Pichler-Scheder, Andreas Fischer, Daniela Csar, Clemens Gumpinger (2016): Gewässerökologische Beweissicherung des Traun-Nebenarms in Engleithen in den Jahren 2015 und 2016 – Monografien Vertebrata Pisces – 0033: 1 - 69.
- Ausbruch der PKD (Proliferative Kidney Disease) im Kamp im Sommer 2014 - Ein Ereignisbericht, der…Günther Unfer, Georg Holzer, Michael Gallowitsch, Clemens Gumpinger, Robert Hundlinger, Mansour El-Matbouli (2015): Ausbruch der PKD (Proliferative Kidney Disease) im Kamp im Sommer 2014 - Ein Ereignisbericht, der nicht ohne Konsequenzen bleiben darf! – Österreichs Fischerei – 68: 104 - 108.
- Clemens Gumpinger (2015): Auf den Spuren bedrohter Kleinfische – Natur und Land (vormals Blätter für Naturkunde und Naturschutz) – 2015_2: 12.
- Franz Lumesberger-Loisl, Klaus Berg, Clemens Gumpinger (2014): Zur Laichmigration der Bachschmerle (Barbatula barbatula, Linné 1758) – Österreichs Fischerei – 67: 253 - 261.
- Clemens Gumpinger, Gerhard Egger, Albert Schwingshandl, Michael Stelzhammer, Thomas Zuna-Kratky (2013): Renaturierung Untere March-Auen - INDIKATOREN Teil I: Wasserbauliche Maßnahmen im Mündungslauf (Fkm 0-11) – WWF Studien, Broschüren und sonstige Druckmedien – 57_2013: 1 - 57.
- Michael Schauer, Clemens Ratschan, Josef Wanzenböck, Clemens Gumpinger, Gerald Zauner (2013): Der Schlammpeitzger (Misgurnus fossilis, Linnaeus 1758) in Oberösterreich – Österreichs Fischerei – 66: 54 - 70.
- Werner Weißmair, Clemens Gumpinger (2012): Aktuelles zum Artenschutzprojekt Edelkrebs in Oberösterreich. – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2012_3: 13 - 18.
- Thomas Friedrich, Michael Schauer, Clemens Gumpinger (2012): Ergebnisse der Elektrobefischung im Rahmen des LIFE + Projektes Untere Marchauen – WWF Studien, Broschüren und sonstige Druckmedien – 55_2012: 1 - 19.
- Daniela Csar, Clemens Gumpinger (2012): Ein Beitrag zur rezenten Verbreitung der Gemeinen Flussmuschel (Unio crassus cytherea Küster 1833) in Oberösterreich – Österreichs Fischerei – 65: 174 - 185.
- Clemens Gumpinger, Clemens Ratschan, Michael Schauer, Josef Wanzenböck, Gerald Zauner (2011): Das Artenschutzprojekt Kleinfische und Neunaugen - ein wertvoller Beitrag zum Erhalt der Biodiversität in oberösterreichischen Gewässern Teil 1: Allgemeines – Österreichs Fischerei – 64: 130 - 144.
- Clemens Ratschan, Clemens Gumpinger, Michael Schauer, Josef Wanzenböck, Gerald Zauner (2011): Artenschutzprojekt Kleinfische und Neunaugen in Oberösterreich Teil 2: Balkan-Goldsteinbeißer (Sabanejewia balcanica Karaman, 1922) – Österreichs Fischerei – 64: 174 - 188.
- Georg Holzer, Günther Unfer, Clemens Gumpinger, Manuel Hinterhofer, Stefan Guttmann, Kurt Pinter (2011): DerVerein »Die Bewirtschafter« stellt den Fisch des Jahres 2011 vor: Die Aalrutte (Lota lota – Österreichs Fischerei – 64: 254 - 268.
- Josef Wanzenböck, Clemens Ratschan, Michael Schauer, Clemens Gumpinger, Gerald Zauner (2011): Der Strömer (Leuciscus souffia Risso, 1826) in Oberösterreich - historischer Rückgang, derzeitige Verbreitung und mögliche Trendwende – Österreichs Fischerei – 64: 294 - 306.
- Stefan Guttmann, Michael Schauer, Clemens Gumpinger (2011): Monitoring der Perlfische im Attersee - Zusammenarbeit zwischen Naturschutz und Fischerei – Österreichs Fischerei – 64: 307 - 310.
- Werner Weissmair, Clemens Gumpinger (2010): Artenschutzprojekt Edelkrebs Oberösterreich. (Astacus astacus) Endbericht 2010. – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0188: 1 - 16.
- Clemens Gumpinger, Clemens Ratschan, Michael Schauer, Josef Wanzenböck, Gerald Zauner (2010): Artenschutzprojekt. Kleinfische und Neunaugen in Oberösterreich. Bericht über die Projektjahre 2010 und 2011. – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0189: 1 - 102.
- Ulrike Bart, Clemens Gumpinger (2009): Initialmaßnahmen zur dynamischen Entwicklung von Flüssen am Beispiel des Hochwasserschutzprojektes an der Krems in Ansfelden. – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2009_1: 35 - 39.
- Clemens Gumpinger (2008): Longitudinale Durchgängikeit des Steyr-Unterlaufes: Fachliche Einschätzung zur Herstellung der Organismenpassierbarkeit an vier Wehrstandorten – Publikationen, diverse Informationen Umweltanwaltschaft Oberösterreich – 05: 1 - 13.
- Clemens Gumpinger, Michael Schauer (2008): Fischzwerge haben es schwer – Natur und Land (vormals Blätter für Naturkunde und Naturschutz) – 2008_1-2: 50 - 51.
- Aktuelle Projekte zum Schutz der Flussperlmuschel Margaritifera margaritifera LINNAEUS 1758…C. Scheder, Clemens Gumpinger (2007): Aktuelle Projekte zum Schutz der Flussperlmuschel Margaritifera margaritifera LINNAEUS 1758 (Bivalvia, Margaritiferidae) in Oberösterreich – Beitr. Naturk. Oberösterreichs – 17: 281 - 288.
- Clemens Gumpinger, Werner Weißmair (2007): Artenschutzprojekt Edelkrebs (Astacus astacus LINNAEUS 1758) (Decapoda, Astacidae) - Bestandserhebung und Wiederansiedelung in ausgewählten Gewässern des Oberen Innviertels – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0017: 349 - 366.
- Christian Scheder, Clemens Gumpinger (2007): Aktuelle Projekte zum Schutz der Flussperlmuschel Margaritifera margaritifera LINNAEUS 1758 (Bivalvia, Margaritiferidae) in Oberösterreich – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0017: 281 - 288.
- Simonetta Siligato, Clemens Gumpinger (2006): Zur Laichwanderung des Perlfisches (Rutilus meidingeri) in die Seeache zwischen Mondsee und Attersee – Österreichs Fischerei – 59: 11 - 19.
- Ein Kleinod oberösterreichischer FlüsseSimonetta Siligato, Clemens Gumpinger (2006): Ein Kleinod oberösterreichischer Flüsse – Informativ. Ein Magazin des Naturschutzbundes Oberösterreich – 42: 7.
- Clemens Gumpinger, Simonetta Siligato (2006): Der Perlfisch (Rutilus meidingeri ) – eine Besonderheit des Mondsee-Attersee-Gebietes – Naturkundliches Objekt des Monats - Biologiezentrum Linz – 2006_12: 1.
- Simonetta Siligato, Clemens Gumpinger (2005): Der Perlfisch- Eine weltweite zoologische Rarität im Mondsee-Attresee-Gebiet – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2005_3: 3 - 9.
- Die Entwicklung eines Reinigungssystems für DrainagewässerClemens Gumpinger, Stefan Buchmair (2005): Die Entwicklung eines Reinigungssystems für Drainagewässer – Informativ. Ein Magazin des Naturschutzbundes Oberösterreich – 39: 14 - 15.
- Untersuchungen zur aktuellen Verbreitung der Flussperlmuschel, Margaritifera margaritifera…Gregor Maier-Lehner, Clemens Gumpinger (2004): Untersuchungen zur aktuellen Verbreitung der Flussperlmuschel, Margaritifera margaritifera (Mollusca: Bivalvia: Unionidae) in Oberösterreich im Rahmen des Flup-Vereines – Beitr. Naturk. Oberösterreichs – 13: 375 - 383.
- Daniela Csar, Robert A. Patzner, Clemens Gumpinger (2004): Untersuchung des Najadenbestandes und der Wasser- und Umweltparameter im Leitenbach (Oberösterreich). Speziell: Flussperlmuschel (Margaritifera margaritifera) und Gemeine Flussmuschel (Unio crassus f. cytherea). – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0240: 1 - 99.
- Der Steinkrebs - Bemühungen zur Erhaltung der Populationen in zwei Bächen des InnbachsystemsSimonetta Siligato, Clemens Gumpinger (2004): Der Steinkrebs - Bemühungen zur Erhaltung der Populationen in zwei Bächen des Innbachsystems – Informativ. Ein Magazin des Naturschutzbundes Oberösterreich – 35: 4 - 5.
- Gregor Maier-Lehner, Clemens Gumpinger (2004): Untersuchungen zur aktuellen Verbreitung der Flussperlmuschel, Margaritifera margaritifera (Mollusca: Bivalvia: Unionidae) in Oberösterreich im Rahmen des Flup-Vereines. – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0013: 375 - 383.
- Die Flussperlmuschel : Gefährdung und Schutzbemühungen in ÖsterreichClemens Gumpinger (2003): Die Flussperlmuschel : Gefährdung und Schutzbemühungen in Österreich – Natur Land – 89: 31 - 34.
- 5 Jahre FLUP: Das Artenschutzprojekt Flußperlmuschel (*Margaritifera margaritifera* L. ) …Clemens Gumpinger, Wolfgang Heinisch, J. Moser, T. Ofenböck, Stundner (2003): 5 Jahre FLUP: Das Artenschutzprojekt Flußperlmuschel (*Margaritifera margaritifera* L.) aktueller Stand und Perspektiven – Österr. Fischerei – 56/7: 184 - 191.
- Clemens Gumpinger (2003): 5 Jahre FLUP: Das Artenschutzprojekt Flussperlmuschel (Margaritifera margaritifera L.) - aktueller Stand und Perspektiven – Österreichs Fischerei – 56: 184 - 191.
- Simonetta Siligato, Clemens Gumpinger (2003): Populationsbiologische Bestandsanalyse des Steinkrebses (Austropotamobius torrentium) in zwei Gewässern des Innbach-Systems und Maßnahmenvorschläge zur Bestandssicherung – Naturkundliches Jahrbuch der Stadt Linz (Linz) – 49: 61 - 87.
- Hans Uhl, Axel Hagenberger, Erwin Hauser, Simonetta Siligato, Clemens Gumpinger, Alois Schmalzer, Werner Weissmair, Alena Vydrová, Vít Grulich, Vlasta Maténová, Jiri Flicek, Jaroslav Hruska, Jiri Pykal (2003): Landschaftspläne Europaschutzgebiet Maltsch. Erhebungsergebnisse und Vorschläge zum Management – WWF Studien, Broschüren und sonstige Druckmedien – 138_2003: 1 - 122.
- Clemens Gumpinger (2003): Die Flußperlmuschel - Gefährdung und Schutzbemühungen in Österreich – Natur und Land (vormals Blätter für Naturkunde und Naturschutz) – 2003_1-2: 31 - 34.
- Clemens Gumpinger (2003): ÖNB-Schutzprojekte – Natur und Land (vormals Blätter für Naturkunde und Naturschutz) – 2003_1-2: 34 - 38.
- Die Flussperlmuschel in ÖsterreichClemens Gumpinger, Wolfgang Heinisch, J. Moser, T. Ofenböck, Stundner (2002): Die Flussperlmuschel in Österreich – Umweltbundesamt Monographien – 159: 1 - 53.
- Clemens Gumpinger, Wolfgang Heinisch, Johannes Moser, Thomas Ofenböck, Claus Stundner (2002): Die Flußperlmuschel in Österreich. Zusammenfassung. – Publikationen des Umweltbundesamtes, Wien – M-159z: 1 - 6.
- Grundlagen zum Erhalt der Flussperlmuschel (*Margaritifera margaritifera* (L. )) im Einzugsgebiet…Clemens Gumpinger (2001): Grundlagen zum Erhalt der Flussperlmuschel (*Margaritifera margaritifera* (L.)) im Einzugsgebiet des Kleinen Kößlbaches – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 23/1: 10 - 16.
- Clemens Gumpinger (2001): Kontinuumsunterbrechungen an Fließgewässern durch Querbauwerke am Beispiel des Pramsystems in Oberösterreich – Österreichs Fischerei – 54: 84 - 93.
- Clemens Gumpinger (2001): Grundlagen zum Erhalt der Flussperlmuschel (Margaritifera margaritifera (L.)) im Einzugsgebiet des Kleinen Kößlbaches – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2001_1: 10 - 16.
- Rettung der Flussperlmuschel im Kleinen Kößlbach -- ein Anliegen des ÖNBClemens Gumpinger (2000): Rettung der Flussperlmuschel im Kleinen Kößlbach -- ein Anliegen des ÖNB – Informativ – 20/2000: 4.
- Rettung der Flussperlmuschel im Kleinen KößlbachClemens Gumpinger (2000): Rettung der Flussperlmuschel im Kleinen Kößlbach – Informativ. Ein Magazin des Naturschutzbundes Oberösterreich – 20: 4.
- Jürgen Eberstaller, Clemens Gumpinger (1997): Überfallfreies Umgehungsgerinne an der Pielach – Österreichs Fischerei – 50: 47 - 51.
- Clemens Gumpinger, Simonetta Siligato: Längsdurchgängigkeit Pramauer Bach. Ein Projekt zur Verbesserung der ökologischen Funktionsfähigkeit eines Fließgewässers. - Amt der Oberösterreichischen Landesregierung, Abt. Naturschutz, – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0163: 1 - 4.