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  • Johann Jakob Heckel, Rudolf Kner (1861): Neue Beiträge zur Kenntnis der fossilen Fische Österreichs. (Mit X Tafeln in Farbendruck) – Denkschriften der Akademie der Wissenschaften.Math.Natw.Kl. Frueher: Denkschr.der Kaiserlichen Akad. der Wissenschaften. Fortgesetzt: Denkschr.oest.Akad.Wiss.Mathem.Naturw.Klasse. – 19_1: 49 - 76.
  • Johann Jakob Heckel, Rudolf Kner (1858): Die Süsswasserfische der Österreichischen Monarchie mit Rücksicht auf die angränzenden Länder – Monografien Vertebrata Pisces – 0001: 1 - 388.
  • Johann Jakob Heckel (1856): Beiträge zur Kenntnis der fossilen Fische Österreichs. (Mit XV Tafeln) – Denkschriften der Akademie der Wissenschaften.Math.Natw.Kl. Frueher: Denkschr.der Kaiserlichen Akad. der Wissenschaften. Fortgesetzt: Denkschr.oest.Akad.Wiss.Mathem.Naturw.Klasse. – 11_1: 187 - 274.
  • Johann Jakob Heckel (1855): Neue Beiträge zur Kenntniss der fossilen Fische Österreichs. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 17: 166 - 168.
  • Johann Jakob Heckel (1854): Beschreibung des Gymnarchus niloticus Cuv. Nach zwei aus dem weissen Nile vorliegenden Exemplaren. (Mit II. Tafeln) – Denkschriften der Akademie der Wissenschaften.Math.Natw.Kl. Frueher: Denkschr.der Kaiserlichen Akad. der Wissenschaften. Fortgesetzt: Denkschr.oest.Akad.Wiss.Mathem.Naturw.Klasse. – 6_1: 11 - 20.
  • Johann Jakob Heckel (1854): Über den Bau und die Eintheilung der Pyenodonten, uebst kurzer Beschreibung einiger neuen Arten Derselben. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 12: 433 - 464.
  • Johann Jakob Heckel (1854): Die Fische der Salzach. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 4: 189 - 196.
  • Johann Jakob Heckel (1853): Vorträge. Über fossile Fische aus Chiavon und das geologische Alter der sie enthaltenden Schichten. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 11: 322 - 334.
  • Johann Jakob Heckel (1853): Vorträge. Bericht über die vom Herrn Cavaliere Achille de Zigno hier angelangte Sammlung fossiler Fische. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 11: 122 - 138.
  • Johann Jakob Heckel (1853): Vorträge. Bericht über die am 15. August 1853 bei Cittanuova gestrandeten Pottwalle. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 11: 765 - 772.
  • Johann Jakob Heckel (1853): Die Fische der Save. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 2: 130 - 131.
  • Johann Jakob Heckel (1853): Ueber Verbreitung, Nest und Ei der Salicaria fluviatilis M. (mit einer Tafel). – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 2: 127 - 130.
  • Johann Jakob Heckel (1853): Ueber die Verbreitung, das Nest und das Ei der Salicaria fluviatilis, Mayer, – Naumannia. Archiv für die Ornithologie, vorzugsweise Europas – 3: 47 - 53.
  • Johann Jakob Heckel (1852): Vorträge. Fortsetzung des im Julihefte 1851 enthaltenen Berichtes über eine, auf Kosten der kais. Akademie der Wissenschaften unternommene, ichtyologische Reise. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 08: 347 - 391.
  • Johann Jakob Heckel (1852): Beschreibung des Gymnarchus niloticus Cuv., nach zwei aus dem weissen Nile vorliegenden Exemplaren. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 9: 680 - 681.
  • Johann Jakob Heckel (1852): Über die zu den Gattungen Idus, Leuciscus und Squalius gehörigen Cyprinen. (Mit Taf. VI- XIII.) Fortsetzung. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 9: 49 - 123.
  • Johann Jakob Heckel (1851): Bericht einer auf Kosten der kais. Akademie der Wissenschaften durch Oberösterreich nach Salzburg, München, Innsbruck, Bozen, Verona, Padua, Venedig und Triest unternommenen Reise – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 07: 281 - 333.
  • Johann Jakob Heckel (1851): Stör-Arten der Lagunen bei Venedig (Tafel XXIII-XXIV) – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 07: 547 - 563.
  • Johann Jakob Heckel (1851): Eine neue Fisch-Species aus dem wissen Nil, Propterus aethiopicus – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 07: 685 - 689.
  • Johann Jakob Heckel (1850): Beiträge zur Kenntnis der fosillen Fische Österreichs- Abhandlung I. (Chirocentrites- Pimelodus); (Mit Tafeln XIII- XXVII). – Denkschriften der Akademie der Wissenschaften.Math.Natw.Kl. Frueher: Denkschr.der Kaiserlichen Akad. der Wissenschaften. Fortgesetzt: Denkschr.oest.Akad.Wiss.Mathem.Naturw.Klasse. – 1_1: 201 - 242.
  • Johann Jakob Heckel (1850): 10. Bericht über das Vorkommen fossiler Fische zu Seefeld in Tirol und Monte Bolca im Venetianischen. – Jahrbuch der Geologischen Bundesanstalt – 001: 696 - 701.
  • Johann Jakob Heckel (1840): Johann Natterer's neue Flussfische Brasilien's nach den Beobachtungen und Mittheilungen des Entdeckers. (Tafel 29-30) – Annalen des Wiener Museums der Naturgeschichte – 2: 325 - 470.
  • Johann Jakob Heckel (1840): Ichtyologische Beiträge zu den Familien der Cottoiden, Scorpaenoiden, Gobioiden und Cyprinoiden. (Tafel 8-9); Druckfehlerberichtigung Seite 481. – Annalen des Wiener Museums der Naturgeschichte – 2: 143 - 164.
  • Leopold Josef Franz Johann Fitzinger, Johann Jakob Heckel (1835): Monographische Darstellung der Gattung Acipenser. (Tafel 25-30) – Annalen des Wiener Museums der Naturgeschichte – 1: 261 - 326.
  • Johann Jakob Heckel (1835): Scaphirhynchus eine neue Fischgattung aus der Ordnung der Chondropterygier mit freien Kiemen. (Tafel 8) – Annalen des Wiener Museums der Naturgeschichte – 1: 69 - 78.
  • Johann Jakob Heckel (1835): Über einige neue oder nicht gehörig unterschiedene Cyprinen, nebst einer systematischen Darstellung der europäischen Gattungen dieser Gruppe. (Tafel 19-21) – Annalen des Wiener Museums der Naturgeschichte – 1: 219 - 234.