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- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1943): Über eine neue Monsonia der Flora Süd-Arabiens. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_51: 347 - 348.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1943): Crocus athous Bornm. (sp. n.) – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_51: 342 - 346.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1941): Primula Gaubaeana, eine neue Art der Sektion Floribundae Pax aus der Flora Persiens. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_47: 132 - 137.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1941): Neue Arten der Gattung Cousinia der Flora Persiens. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_47: 115 - 128.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1941): Achillea Alexandri-Regis Bornm. et Rudsky, eine wertvolle Bereicherung unserer botanischen Alpengärten. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_47: 129 - 131.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1936): Cirsium acaule x arvense x bulbosum (=C. vimariense), ein neuer Trippelbastard aus der Flora Thüringens. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_43: 23 - 26.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1935): Nachtrag zu meiner Arbeit über „Die Pteridophyten Osthüringens“. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_42: 72 - 74.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1935): Zur Flora von Sylt und Schleswig. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_42: 100 - 105.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1934): Stachys Tenoreana Bornm. (spec. vel subsp. nova) – Ungarische Botanische Blätter – 33: 79 - 83.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1934): Zur Flora Tripolitaniens – Ungarische Botanische Blätter – 33: 83 - 88.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1933): Ein kleiner Beitrag zur Hieracienflora des oberen Paznauntals (Tirol) – Ungarische Botanische Blätter – 32: 183 - 187.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1933): Zur Flora von Montenegro, Albanien und Mazedonien – Ungarische Botanische Blätter – 32: 109 - 142.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1933): Ein kleiner Beitrag zur Moosflora des östlichen Tirols und angrenzenden Vorarlbergs. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_41: 33 - 38.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1932): Neue und kritische Sideritis-Arten (Sectio Empedoclea) der vorderasiatischen Flora – Ungarische Botanische Blätter – 31: 127 - 143.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1931): Diagnoses plantarum novarum e Flora Anatoliae – Ungarische Botanische Blätter – 30: 55 - 78.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1931): Arktische Pflanzen im Thüringer Wald. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_40: 77 - 78.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1931): Zwei Uredineen, neu für Thüringen. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_40: 74 - 77.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1931): Kritische Bemerkungen zu einigen Pflanzen von Plothen und dem Heinrichstein. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_40: 66 - 74.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1929): Zur Kenntnis einiger orientalischer Teucrium-Arten der Section Chamaedrys. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_38: 26 - 32.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1929): Über einige unbeschriebene Thlaspi-Arten des Orients. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_38: 52 - 59.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1929): Ein Beitrag zur Kenntnis der Gattung Cousinia. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_38: 48 - 51.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1929): Notizen aus der Flora des Fichtelgebirges, der Rhön und Thüringens. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_38: 84 - 92.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1928): Zur Flechtenflora Macedoniens – Ungarische Botanische Blätter – 27: 98 - 104.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1927): Über eine neue Centaurea (C.Pythiae Aznav. et Bornm.) der Flora Kleinasiens – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_37: 48 - 52.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1927): Zur Kenntnis einiger orientalischen Teucrium-Arten der Sectio Chamaedrys. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_37: 55 - 61.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1927): Convolvulus chamaerhacos Bornm. (spec. nov.) aus dem westlichen Persien – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_37: 53 - 54.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1927): Über Juncus sphaerocarpus Nees in der Flora von Weimar. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_37: 78 - 82.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1926): Ein Beitrag zur Kenntnis der Gattung Cousinia.1) – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 075: 231 - 238.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1925): Beiträge zur Flora Mazedoniens. IL. Sammlungen in den Kriegsjahren 1916—1918. – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 60: 1 - 125.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1925): Was ist Onobrychis megalophylla Griseb. ? – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 074: 237 - 244.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1925): Bemerkungen zu K. Weins Abhandlung „Was ist Alyssum paniculatum Desf.?“ – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 074: 262 - 266.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1925): Bemerkenswertes zu Cuscuta stenoloba Bornm. et Schwarz. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_36: 16 - 17.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1925): Hedysarum macedonicum Bornm. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_36: 43 - 44.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1925): Floristische Mitteilungen aus dem Algäu. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_36: 46 - 54.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1925): Über eine neue Silene der Flora Mazedoniens. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_36: 44 - 45.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1925): Floristische Mitteilungen. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_36: 35 - 42.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1924): Beiträge zur Flora Mazedoniens. Sammlungen in den Kriegsjahren 1916—1918. – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 59: 294 - 504.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1921): Über eine neue Carum-Art aus dem Balkan. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 070: 101 - 102.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1921): Über einen bemerkenswerten Fund aus der Adventivflora von Aken a. d. Elbe. – Verhandlungen des Botanischen Vereins Berlin Brandenburg – 63: 4 - 7.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1921): Über einen bemerkenswerten Fund aus der Adventivflora von Aken a. d. Elbe. – Verhandlungen des Botanischen Vereins Berlin Brandenburg – 63: 7 - 8.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1921): Über Tilia rubra DC., spontan in Oberbayern, und einiges über ihr Vorkommen im südöstlichen Europa. – Mitteilungen der Deutschen Dendrologischen Gesellschaft – 31: 121 - 123.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1921): Alnus incana (L.) Moench var. (nov.) ulmifolia Bornm. – Mitteilungen der Deutschen Dendrologischen Gesellschaft – 31: 118 - 121.
- Pedicularis Ferdinandi Bornm. spec. nov. (sect. Bicuspidatae) e flora macedonica.Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1921-1924): Pedicularis Ferdinandi Bornm. spec. nov. (sect. Bicuspidatae) e flora macedonica. – Notizblatt des Königl. botanischen Gartens und Museums zu Berlin – 8: 213 - 218.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1921): Bemerkung zu Carex pilosa Scop. in Thüringen. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_35: 29 - 30.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1921): Über eine adventive Elssholzia bei Merseburg. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_35: 32.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1919): Einiges über Centaurea chrysoleuca Boiss. und C. eriophylla Boiss. et Bald. – Allgemeine botanische Zeitschrift für Systematik, Floristik, Pflanzengeographie – 23-24_1919: 33 - 36.
- Echinops oxyodontus Bornm. et Diels. Eine neue Art der Sektion Ritro aus Mazedonien.Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1918): Echinops oxyodontus Bornm. et Diels. Eine neue Art der Sektion Ritro aus Mazedonien. – Ungarische Botanische Blätter – 17: 41 - 44.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1917): Carex leporina L. var. (nov.) Laueheana Bornm. – Allgemeine botanische Zeitschrift für Systematik, Floristik, Pflanzengeographie – 22_1917: 97 - 100.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1917): Ein Beitrag zur Kenntnis der Gattung Cousinia – Botanisches Centralblatt – BH_34_2: 131 - 203.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1917): Ein Beitrag zur Kenntnis der Gattung Cousinia – Botanisches Centralblatt – BH_34_2: 267 - 293.
- Zur Flora des nördlichen Syriens.Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1917-1921): Zur Flora des nördlichen Syriens. – Notizblatt des Königl. botanischen Gartens und Museums zu Berlin – 7: 1 - 44.
- Zur Flora des nördlichen Mesopotamiens.Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1917-1921): Zur Flora des nördlichen Mesopotamiens. – Notizblatt des Königl. botanischen Gartens und Museums zu Berlin – 7: 133 - 178.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1916): Näheres über Cousinia bulgarica C. Koch. – Ungarische Botanische Blätter – 15: 2 - 7.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1916): Kleinere Mitteilungen. – Mitteilungen der Bayerischen Botanischen Gesellschaft zur Erforschung der heimischen Flora – 3_1916: 285 - 286.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1916): Über Brutknospen- und Gabelbildung an Wedeln von Phyllitis hybrida (Milde) Christensen. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_33: 7 - 10.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1916): Einige Bemerkungen über die Verbreitung von Alopecurus setarioides Gren. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_33: 30 - 32.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1916): Teratologisches an Sempervivum (Aeonium) Smithii (Webb) Christ und einigen anderen canarischen Semperviven. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_33: 32 - 37.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1915): Drei neue Astragalus-Arten aus der orientalischen Flora. – Ungarische Botanische Blätter – 14: 51 - 55.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1915): Reliquiae Straussianae. Weitere Beiträge zur Kenntnis der Flora des westlichen Persiens – Botanisches Centralblatt – BH_33_2: 165 - 269.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1915): Plantae Brunsianae. Aufzählung der von F. Bruns im nördlichen Persien gesammelten Pflanzen – Botanisches Centralblatt – BH_33_2: 270 - 324.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1914): Botanische Expedition nach Turkestan und Ost-Buchara'. – Allgemeine botanische Zeitschrift für Systematik, Floristik, Pflanzengeographie – 20_1914: 1 - 9.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1914): Reliquiae Straussianae. Weitere Beiträge zur Kenntnis der Flora des westlichen Persiens. – Botanisches Centralblatt – BH_32_2: 349 - 419.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1914): Zur Flora des Libanon und Antilibanon. – Botanisches Centralblatt – BH_31_2: 177 - 280.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1914): Zwei neue Astragalus-Arten der Flora Persiens. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_31: 56 - 58.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1913): Ein Beitrag zur Kenntnis der Gattung Cousinia. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 063: 54 - 63.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1913): Ein Beitrag zur Kenntnis der Gattung Cousinia. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 063: 290 - 293.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1913): Der Formenkreis von Alopecurus anthoxanthoides Boiss. – Botanisches Centralblatt – BH_30_2: 265 - 268.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1913): Weitere Beiträge zur Flora von Palaestina. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_30: 73 - 86.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1913): Notizen aus der Flora der südlichen Karpathen. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_30: 49 - 65.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller, Bernhard Julius Eduard Hergt (1913): Diverse Berichte – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_30: 108 - 133.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1912): Ein Beitrag zur Kenntniss der Gattung Cousinia. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 062: 105 - 109.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1912): Ein Beitrag zur Kenntnis der Gattung Cousinia. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 062: 181 - 189.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1912): Ein Beitrag zur Kenntnis der Gattung Cousinia. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 062: 387 - 393.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1912): Ein Beitrag zur Kenntnis der Gattung Cousinia. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 062: 473 - 477.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1912): Ein Beitrag zur Kenntniss der Gattung Cousinia. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 062: 257 - 262.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1912): Ein Beitrag zur Kenntnis der Gattung Cousinia. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 062: 317 - 322.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1912): Ein Beitrag zur Kenntnis der Gattung Cousinia. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 062: 423 - 426.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1912): Zur Flora Palästinas. – Botanisches Centralblatt – BH_29_2: 12 - 15.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1912): Tulipa Straussii Bornm., eine neue Art der Flora Persisch-Kurdistans. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_29: 43 - 48.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1912): Zur Gattung Crucianella. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_29: 27 - 36.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1912): Zur Nomenclatur von «Phleum exaratum». – Ungarische Botanische Blätter – 11: 18 - 20.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1912): Zur Flora von Palaestina. – Ungarische Botanische Blätter – 11: 3 - 12.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1911): Collectiones Straussianae novae. Weitere Beiträge zur Kenntnis der Flora West-Persiens. – Botanisches Centralblatt – BH_27_2: 288 - 347.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1911): Iter Persico-turcicum 1892-1893. Beiträge zur Flora von Persien, Babylonien, Assyrien, Arabien. – Botanisches Centralblatt – BH_28_2: 89 - 171.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1911): Collectiones Straussianae novae. Weitere Beiträge zur Kenntnis der Flora West-Persiens. – Botanisches Centralblatt – BH_28_2: 225 - 267.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1911): Colleetiones Straussianae novae. Weitere Beiträge zur Kenntnis der Flora West-Persiens. – Botanisches Centralblatt – BH_28_2: 458 - 535.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1911): Revision einiger syrischer Astragalus-Arten der Sektion Rhacophorus. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_28: 43 - 56.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1911): Verbascum lasianthum Boiss., ein neuer Bürger der Flora Europas. – Ungarische Botanische Blätter – 10: 118 - 120.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1910): Plantae Straussianae sive enumeratio plantarum a. Th. Strauss annis 1889—1899 in Persia occidentali collectarum. (Schluß.) – Botanisches Centralblatt – BH_26_2: 434 - 444.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1910): Bearbeitung der von J.A. Knapp im nordwestlichen Persien gesammelten Pflanzen. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 60: 61 - 194.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1910): Novitiae Florae Orientalis. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_27: 22 - 24.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1909): Kurze Notiz über das Vorkommen von Haplophyllum patavinum (L.) Juss. in dér Flóra Oesterreichs. – Ungarische Botanische Blätter – 9: 34 - 36.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1909): Einige Bemerkungen über Hypericum atomarium Boiss. und eine diesem verwandte, unbeschriebene Art: Hypericum Degenii Bornm. spec. nov. – Ungarische Botanische Blätter – 9: 88 - 90.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1909): Über Scabiosa Palaestina L., neu für die Flóra Europas. Scabiosa palaestina L., mint Európa flórájának új polgára. – Ungarische Botanische Blätter – 9: 144 - 145.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1909): Ueber eine neue Linaria der Sektion Elatinoides aus der Flora von Aegypten und des Sinai. – Allgemeine botanische Zeitschrift für Systematik, Floristik, Pflanzengeographie – 15_1909: 130 - 131.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1909): Plantae Straussianae – Botanisches Centralblatt – BH_24_2: 85 - 112.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1909): Ergebnisse einer im Juni des Jahres 1899 nach den Sultan-dagh in Phrygien unter¬ nommenen botanischen Reise – Botanisches Centralblatt – BH_24_2: 440 - 503.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1908): Einige floristische Notizen aus Gröden in Südtirol. – Veröffentlichungen des Tiroler Landesmuseums Ferdinandeum – 3_52: 286 - 296.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1908): Florula Lydiae. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_24: 1 - 140.
- Joseph Friedrich Nicolaus Bornmüller (1908): Novitiae Florae Orientalis. – Mittheilungen des Thüringischen Botanischen Vereins – NF_23: 1 - 27.