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- Ernst von Marxov Fleischl (1891): Über die wichtigsten Lebensgemeinschaften der Nerven. – Schriften des Vereins zur Verbreitung naturwissenschaftlicher Kenntnisse Wien – 31: 103 - 125.
- Ernst von Marxov Fleischl (1883): Untersuchung über die Gesetze der Nervenerregung. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 88_3: 189 - 204.
- Ernst von Marxov Fleischl (1883-1884): Zur Anatomie und Physiologie der Retina. – Biologisches Zentralblatt – 3: 309 - 319.
- Ernst von Marxov Fleischl (1883-1884): Zur Anatomie und Physiologie der Retina. (Schluss.) – Biologisches Zentralblatt – 3: 331 - 346.
- Ernst von Marxov Fleischl (1881-1882): J. v. Kries und Henry Sewall, Ueber die Summirung untermaximaler Reize in Muskeln und Nerven – Biologisches Zentralblatt – 1: 122 - 123.
- Ernst von Marxov Fleischl (1881-1882): Ueber die Theorien der Farbenwahrnehmung – Biologisches Zentralblatt – 1: 499 - 512.
- Ernst von Marxov Fleischl (1880): Über eine optische Eigenschaft der Cornea. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 82_3: 47 - 56.
- Ernst von Marxov Fleischl (1880): Untersuchung über die Gesetze der Nervenerregung. VI. Abhandlung. Über die Wirkung linearer Stromschwankungen auf Nerven. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 82_3: 133 - 154.
- Ernst von Marxov Fleischl (1870): Über die Wirkung von Borsäure auf frische Ganglienzellen. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 61_2: 813 - 818.
- Ernst von Marxov Fleischl (1869): Über den Bau einiger sog. Drüsen ohne Ausführungsgänge. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 60_2: 55 - 61.
- Ernst von Marxov Fleischl (1869): Über den Bau einiger sog. Drüsen ohne Ausführungsgänge. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 60_2: 35 - 40.
- Ernst von Marxov Fleischl (1868): Über den Bau der sogenannten Schilddrüse des Frosches. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 57: 75 - 78.