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- Wilhelm Müller (1908): Notiz über die Kugelgranite des Riesengebirges. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1908: 137 - 140.
- Wilhelm Müller (1900): Notiz über die Krystallform von Calcium-, Baryum- und Strontiumsulfid. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1900: 178 - 179.
- Wilhelm Müller (1898): Zur normalen und zur pathologischen Anatomie des menschlichen Wurmfortsatzes. – Jenaische Zeitschrift für Naturwissenschaft – NF_24: 195 - 224.
- Wilhelm Müller (1896): Ueber ein massenhaftes Vorkommen von Achat im Porphyr bei Neukirch im Kreise Schönau in Niederschlesien. – Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft – 48: 350 - 355.
- Wilhelm Müller (1893): Künstliche Bildung von Eisenglanz und Magnetit in den Eisenrückständen der Anilinfabriken. – Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft – 45: 63 - 68.
- Wilhelm Müller (1893): Ueber Larven-Entwicklung am menschlichen Körper. – Societas entomologica – 8: 51.
- Wilhelm Müller (1887): Duftorgane bei Phryganiden. – Archiv für Naturgeschichte – 53-1: 95 - 97.
- Wilhelm Müller (1887): Die Fächerflügler.- Strepsiptera – Entomologische Zeitung Stettin – 48: 150 - 160.
- Wilhelm Müller (1886): Südamerikanische Nymphalidenraupen Versuch eines natürlichen Systems der Nymphaliden – Zoologische Jahrbücher. Abteilung für Systematik, Geographie und Biologie der Tiere – 1: 417 - 678.
- Wilhelm Müller (1884): Longipedina Paguri n.s. – Archiv für Naturgeschichte – 50-1: 19 - 22.
- Wilhelm Müller (1884): Zur näheren Kenntnis der Cytheriden. – Archiv für Naturgeschichte – 50-1: 1 - 18.
- Wilhelm Müller (1884): Ueber einige im Wasser lebende Schmetterlingsraupen Brasiliens. – Archiv für Naturgeschichte – 50-1: 194 - 212.
- Wilhelm Müller (1883-1884): Die Massenverhältnisse des menschlichen Herzens. – Biologisches Zentralblatt – 3: 506 - 510.
- Wilhelm Müller (1858): Beiträge zur Theorie der Respiration. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 33: 99 - 145.