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- Rudolph Wagner (1903): Beiträge zur Kenntnis der Gattung Trochodendron Sieb. et Zucc. – Annalen des Naturhistorischen Museums in Wien – 18: 409 - 422.
- Rudolph Wagner (1902): Beiträge zur Kenntnis der Anemone ranunculoides L. und der A. lipsiensis Beck. – Annalen des Naturhistorischen Museums in Wien – 17: 282 - 300.
- Rudolph Wagner (1863): Bericht über die Arbeiten in der allgemeinen Zoologie im Jahre 1862. – Archiv für Naturgeschichte – 29-2: 1 - 32.
- Rudolph Wagner (1862): Vorstudien zu einer wissenschafltichen Morphologie und Physiologie des menschlichen Gehirns als Seelenorgan - zweite Abhandlung – Monografien Vertebrata Mammalia – 0090: 1 - 105.
- Rudolph Wagner (1862): Über die Verdrängung der naturgeschichtlichen Wissenschaften im Vorbereitungs-Examen der Mediziner auf den Preussischen Universitäten – Archiv für Naturgeschichte – 28-1: 191 - 193.
- Rudolph Wagner (1862): Bericht über die Arbeiten in der allgemeinen Zoologie und der Naturgeschichte des Menschen im Jahre 1861. – Archiv für Naturgeschichte – 28-2: 1 - 48.
- Rudolph Wagner (1861): Über die Hirnbildung des Menschen und der Quadrumanen und deren Verhältniss zur zoologischen Systematik, mit besonderer Rücksicht auf die Ansichten von Owen, Huxley und Gratiolet. – Archiv für Naturgeschichte – 27-1: 63 - 80.
- Rudolph Wagner (1861): Bericht über die Arbeiten in der allgemeinen Zoologie und der Naturgeschichte des Menschen im Jahre 1860. – Archiv für Naturgeschichte – 27-2: 1 - 36.
- Rudolph Wagner (1861): Über die Hirnfunctionen mit besonderer Beziehung zur allgemeinen Zoologie, – Archiv für Naturgeschichte – 27-1: 171 - 180.
- Rudolph Wagner (1861-1862): Studien über den Hirnbau der Mikrocephalen mit vergleichender Rücksicht auf den Bau des Gehirns der normalen Menschen und der Quandrumanen – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – 10: 75 - 178.
- Rudolph Wagner (1860): Vorstudien zu einer wissenschaftlichen Morphologie und Physiologie des menschlichen Gehirns als Seelenorgan – Monografien Vertebrata Mammalia – 0085: 1 - 96.
- Rudolph Wagner (1860): Bericht über die Arbeiten in der allgemeinen Zoologie und der Naturgeschichte des Menschen im Jahre 1859. – Archiv für Naturgeschichte – 26-2: 1 - 18.
- Rudolph Wagner (1860): Die Forschungen über Hirn- und Schädelbildung des Menschen – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – 9: 153 - 204.
- Rudolph Wagner (1860): Vorstudien zu einer künftigen wissenschaftlichen Morphologie und Physiologie des menschlichen Gehirns, als Seelenorgan, mit besonderer Rücksicht auf die Hirnbildung intelligenter Männer. – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – 9: 59 - 152.
- Rudolph Wagner (1851-1852): Zur Erinnerung an Albrecht von Haller – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – 5: I-XXXIV.
- Rudolph Wagner (1848-1849): Kleinere Mittheilungen und Correspondenz- Nachrichten. – Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie – 1: 255 - 256.
- Rudolph Wagner (1845-1847): Über den feineren Bau des elektrischen Organs im Zitterrochen. – Abhandlungen der königlichen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen – 3: 141 - 166.
- Rudolph Wagner (1841): Bericht über die im Jahre 1839 und 1840 erschienenen Arbeiten, welche die Klassen der Medusen, Polypen und Infusorien betreffen. – Archiv für Naturgeschichte – 7-2: 320 - 332.
- Rudolph Wagner (1841): Über die merkwürdige Bewegung der Farbenzellen (Chromatophoren) der Cephalopoden und eine muthmaßlich neue Reihe von Bewegungsphänomenen in der organischen Natur. – Archiv für Naturgeschichte – 7-1: 35 - 38.
- Rudolph Wagner (1841): Über muthmaßliche Nesselorgane der Medusen und das Vorkommen eigenthümlicher Gebilde bei wirbellosen Thieren, welche eine neue Classe von Bewegungsorganen zu constituiren seheinen. – Archiv für Naturgeschichte – 7-1: 38 - 42.
- Rudolph Wagner (1841): Icones zootomicae. Handatlas zur vergleichenden Anatomie – Monografien Zoologie Gemischt – 0068: 1 - 103.
- Rudolph Wagner (1841): Icones Zootomicae. Handatlas vergleichender Anatomie – Monografien Zoologie Gemischt – 0109: 1 - 140.
- Rudolph Wagner (1839): Über die Spermatozoen. – Archiv für Naturgeschichte – 5-1: 41 - 46.
- Rudolph Wagner (1837): Fragmente zur Physiologie der Zeugung. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 2: 381 - 416.
- Rudolph Wagner (1837): Beiträge zur Anatomie der Vögel. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 2: 271 - 308.
- Rudolph Wagner (1837): Beiträge zur Geschichte der Zeugung und Entwickelung. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 2: 511 - 596.
- Rudolph Wagner (1836): Briefliche Mittheilungen – Archiv für Naturgeschichte – 2-1: 369 - 372.
- Rudolph Wagner (1835): Einige Bemerkungen über den Bau der zusammengesetzten Augen der Insecten – Archiv für Naturgeschichte – 1-1: 372 - 373.
- Rudolph Wagner (1835): Entdeckung männlicher Geschlechtstheile bei den Actinien – Archiv für Naturgeschichte – 1-2: 215 - 219.
- Rudolph Wagner (1835): Bemerkungen über die Geschlechtstheile der Schnecken – Archiv für Naturgeschichte – 1-1: 368 - 372.
- Rudolph Wagner (1835): Über die Zoolilhenhöhle bei Rabenstein, und den darin gefundenen fossilen Unterkiefer einer kleinen Katzenart; – Archiv für Naturgeschichte – 1-2: 96 - 99.
- Rudolph Wagner (1832): Ueber die fossilen Insectenfresser, Nager und Vögel der Diluvialzeit. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 1: 751 - 786.