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- Josef Eisner (2012): Sanierung Untere Salzach, Variante Naturfluss - Auswirkungen auf die Zielsetzungen der Schutzgebiete nach der FFH- und Vogelschutzrichtlinie – Publikationen, diverse Informationen Umweltanwaltschaft Oberösterreich – 42: 1 - 20.
- Josef Eisner (2009): Stauseen am Unteren Inn. – Vogelschutz in Österreich - Mitteilungen von Birdlife Österreich – 027: 6 - 9.
- Biozönose der Ersatzlebensräume St. Niklas und Föderlach im Stauraum des Kraftwerkes…Josef Eisner, H.A. Steiner, Erwin Hauser (2000): Biozönose der Ersatzlebensräume St. Niklas und Föderlach im Stauraum des Kraftwerkes Rosegg-St. Jakob. – Schriftenreihe der Forschung im Verbund – 62: 1 - 90.
- Biozönose der Ersatzlebensräume St. Niklas und Föderlach im Stauraum des Kraftwerkes Rosegg -…Josef Eisner, Hans Steiner, Erwin Hauser (2000): Biozönose der Ersatzlebensräume St. Niklas und Föderlach im Stauraum des Kraftwerkes Rosegg - St. Jakob (Hauser: Botanik) – Schriftenreihe der Forschung im Verbund (Wien) – 62: 1 - 90.
- KW Garsten - St. Ulrich. Unterwassereintiefung im Bereich Flußkilometer 33 bis 34, 24. …Josef Eisner, Erwin Hauser, S. Knechtl, I. Stöger, Gudrun Wassermann (1999): KW Garsten - St. Ulrich. Unterwassereintiefung im Bereich Flußkilometer 33 bis 34,24. Beweissicherung des Zoobenthos und der Ufervegetation vor Baubeginn. – Auftragsarbeit Ennskraft – .
- Forschung im Dienst der Umwelt. Ergebnisse aus 10 jähriger Forschungstätigkeit in den Bereichen…Josef Eisner, C. Hasenleithner, Erwin Hauser, Alice Pfanzelt (1998): Forschung im Dienst der Umwelt. Ergebnisse aus 10 jähriger Forschungstätigkeit in den Bereichen aquatischer Lebensraum, terrestrischer Lebensraum, Renaturierung (Hauser: Botanik, Biotopkartierung, -bewertung). – Schriftenreihe der Forschung im Verbund (Wien) – 35: 1 - 186.
- Forschung im Dienst der Umwelt. Ergebnisse aus 10-jähriger Forschungstätigkeit in den Bereichen…Josef Eisner, C. Hasenleithner, Erwin Hauser, Alice Pfanzelt (1998): Forschung im Dienst der Umwelt. Ergebnisse aus 10-jähriger Forschungstätigkeit in den Bereichen aquatischer Lebensraum, terrestrischer Lebensraum, Renaturierung. – Schriftenreihe der Forschung im Verbund (Wien) – 35: 1 - 186.
- Das AENUS- Projekt im Ramsar-Gebiet "Unterer Inn"Josef Eisner (1996): Das AENUS- Projekt im Ramsar-Gebiet "Unterer Inn" – Informativ. Ein Magazin des Naturschutzbundes Oberösterreich – 03: 9.
- Kormorane in Oberösterreich. Schlafplatzzählungen 95/96.Josef Eisner, Erwin Hauser (1996): Kormorane in Oberösterreich. Schlafplatzzählungen 95/96. – OÖ. Landesregierung, Abt. Naturschutz – .
- Föderlach 1995: Vegetation, Libellen, Avifauna.Josef Eisner, Erwin Hauser, Gudrun Wassermann (1996): Föderlach 1995: Vegetation, Libellen, Avifauna. – Auftragsarbeit Draukraftwerke – .
- Josef Eisner (1995): Kormoran (Phalarcocorax carbo) - Vergrämung in Oberösterreich – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 003b: 59 - 73.
- Ersatzlebensraum St. Niklas.Josef Eisner, Erwin Hauser, Astrid Schmidt-Kloiber, Gudrun Wassermann (1995): Ersatzlebensraum St. Niklas. – Draukraftwerke AG – .
- Ersatzlebensraum Föderlach.Josef Eisner, Erwin Hauser (1995): Ersatzlebensraum Föderlach. – Draukraftwerke AG – .
- Endbericht zur Untersuchung "Kormoranvergrämungen an o. ö. Gewässern" (24. Oktober bis 23. …Josef Eisner, Erwin Hauser (1994): Endbericht zur Untersuchung "Kormoranvergrämungen an o.ö. Gewässern" (24. Oktober bis 23. November 1994). – Amt der OÖ. Landesregierung, Naturschutzabteilung – .
- Josef Eisner (1992): Naturschutzgebiete Oberösterreich. Bestand und Gefährdung. Managementmöglichkeiten. - Zwischenbericht im Auftrag der Oberösterreichischen Landesregierung Abteilung Naturschutz. 29 Seiten. – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0004: 1 - 29.
- Josef Eisner (1990): Wasservögel und Zoobenthos am Ennsstau Staning (Zusammenfassung der Dissertation, Universität Graz). – Jahresbericht der Biologischen Station Lunz – 1990_012: 148 - 150.
- Josef Eisner (1987): Vergleich der Abundanzen des Makrozoobenthos und der Wasservögel am Ennsstau Staning. – Jahresbericht der Biologischen Station Lunz – 1987_011: 124 - 141.
- Josef Eisner, Dagmar Schratter (1987): Maßnahmen zur Strukturverbesserung von Stauräumen. Konkrete Vorschläge fürdie Ennsstauseen – Kataloge des OÖ. Landesmuseums N.F. – 0008: 139 - 144.
- Josef Eisner (1987): Das Makrozoobenthos im Ennsstau Staning (vorläufige Mitteilung). – Jahresbericht der Biologischen Station Lunz – 1987_010: 121 - 132.
- Dagmar Schratter, Josef Eisner (1986): Nachweise der Weißbartseeschwalbe Chlidonias hybrida in Oberösterreich – Ornithologischer Anzeiger – 25_2-3: 241 - 242.