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- Franz Josef Maria Werner (1905): III. Reptilia und Amphibia für 1902. – Archiv für Naturgeschichte – 71-2_1: 1 - 58.
- Franz Josef Maria Werner (1904): III. Reptilia und Amphibia für 1901. – Archiv für Naturgeschichte – 70-2_1_3: 1 - 72.
- Franz Josef Maria Werner (1904/05): Die Fische der zoologisch-vergleichend-anatomischen Sammlung der Wiener Universität. – Zoologische Jahrbücher. Abteilung für Systematik, Geographie und Biologie der Tiere – 21: 263 - 302.
- Franz Josef Maria Werner (1904): Über Reptilien und Batrachier aus West-Asien (Anatolien und Persien). – Zoologische Jahrbücher. Abteilung für Systematik, Geographie und Biologie der Tiere – 19: 329 - 346.
- Franz Josef Maria Werner (1904): Beiträge zur Biologie der Reptilien und Batrachier. – Biologisches Zentralblatt – 24: 332 - 348.
- Franz Josef Maria Werner (1903): Über die von Herrn Dr. Karl Grafen Attems aus Kreta mitgebrachten Orthopteren. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 53: 65 - 69.
- Franz Josef Maria Werner (1902): Zur Kenntnis des Skeletes von Rhampholeon spectrum. – Arbeiten aus dem Zoologischen Institut der Universität Wien und der Zoologischen Station in Triest – 14: 241 - 258.
- Franz Josef Maria Werner (1902): Die Reptilien- und Amphibienfauna von Kleinasien – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 111: 1057 - 1120.
- Franz Josef Maria Werner (1902): Prodromus einer Monographie der Chamäleonten. Zoologische Jahrbücher Abth. Für Systematik, Geographie und Biologie der Thiere 15 Band, 3 und 4 Heft – Monografien Vertebrata Herpetologie – 0015: 295 - 460.
- Franz Josef Maria Werner (1902): Reptilia und Amphibia für 1899. – Archiv für Naturgeschichte – 68-2_1: 1 - 72.
- Franz Josef Maria Werner (1902): Prodromus einer Monographie der Chamäleonten. – Zoologische Jahrbücher. Abteilung für Systematik, Geographie und Biologie der Tiere – 15: 295 - 460.
- Franz Josef Maria Werner (1902): Beiträge zur Kenntnis der Orthopterenfauna Griechenlands – Berliner Entomologische Zeitschrift – 47: 111 - 118.
- Franz Josef Maria Werner (1902): Beiträge zur Biologie der Reptilien und Batrachier. – Biologisches Zentralblatt – 22: 737 - 758.
- Franz Josef Maria Werner (1902): Ueber westafrikanische Reptilien. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 52: 332 - 348.
- Franz Josef Maria Werner (1902): Die Scorpione, Pedipalpen und Solifugen in der zoologisch-vergleichend-anatomischen Sammlung der Universität Wien. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 52: 595 - 608.
- Franz Josef Maria Werner (1901): Die Dermapteren- und Orthopterenfauna Kleinasiens – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 110: 259 - 306.
- Franz Josef Maria Werner (1901): Ergebnisse einer Reise nach dem Pacific (Schauinsland 1896-1897). Reptilien – Zoologische Jahrbücher. Abteilung für Systematik, Geographie und Biologie der Tiere – 14: 380 - 387.
- Franz Josef Maria Werner (1900): Reptilia und Amphibia für 1898. – Archiv für Naturgeschichte – 66-2_1: 239 - 300.
- Franz Josef Maria Werner (1900): Reptilia und Amphibia für 1897. – Archiv für Naturgeschichte – 66-2_1: 1 - 66.
- Franz Josef Maria Werner (1900): Reptilien und Batrachier aus Sumatra, gesammelt von Herrn Gustav Schneider jr. im Jahre 1897-98. – Zoologische Jahrbücher. Abteilung für Systematik, Geographie und Biologie der Tiere – 13: 479 - 508.
- Franz Josef Maria Werner (1900): Die Reptilien- und Batrachierfauna des Bismarck-Archipels – Mitteilungen aus dem Zoologischen Museum Berlin – 1_4: 1 - 132.
- Franz Josef Maria Werner (1900): Über Reptilien und Batrachier aus Columbien und Trinidad. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 50: 262 - 272.
- Franz Josef Maria Werner (1899): Phylogenetische Studien über die Homologien und Veränderungen der Kopfschilder bei den Schlangen. – Arbeiten aus dem Zoologischen Institut der Universität Wien und der Zoologischen Station in Triest – 11_2: 117 - 162.
- Franz Josef Maria Werner (1899): Reptilia und Amphibia für 1896. – Archiv für Naturgeschichte – 65-2_1: 1 - 78.
- Franz Josef Maria Werner (1899): Beiträge zur Kenntniss der Reptilien- und Batrachierfauna der Balkanhalbinsel. – Wissenschaftliche Mitteilungen aus Bosnien und der Herzegowina – 6_1899: 817 - 841.
- Franz Josef Maria Werner (1899): Ein neues Chamaeleon aus Madagascar (Chamaeleon axillaris). – Zoologischer Anzeiger – 22: 183 - 184.
- Franz Josef Maria Werner (1899): Über Reptilien und Batrachier aus Columbien und Trinidad. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 49: 470 - 484.
- Franz Josef Maria Werner (1899): Über Reptilien und Batrachier aus Togoland, Kamerun und Deutsch-Neu-Guinea, größtentheils aus dem k. Museum für Naturkunde in Berlin. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 49: 132 - 157.
- Franz Josef Maria Werner (1898): Beiträge zur Kenntnis der Orthopteren- Fauna der Hercegovina. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 48: 153 - 156.
- Franz Josef Maria Werner (1898): Über Reptilien und Batrachier aus Togoland, Kamerun und Tunis aus dem kgl. Museum für Naturkunde in Berlin. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 48: 191 - 213.
- Franz Josef Maria Werner (1898): Ueber Herpetosaura occidentalis Ptrs. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 48: 529 - 530.
- Franz Josef Maria Werner (1897): Die Reptilien und Amphibien Oesterreich-Ungarns und der Occupationsländer. – Monografien Vertebrata Herpetologie – 0016: 1 - 160.
- Franz Josef Maria Werner (1897): Herpetologie für 1895. – Archiv für Naturgeschichte – 63-2_1: 323 - 376.
- Franz Josef Maria Werner (1897): Ueber einige neue oder seltene Reptilien und Frösche der zoologischen Sammlung des Staates in München – Sitzungsberichte der mathematisch-physikalischen Klasse der Bayerischen Akademie der Wissenschaften München – 1897: 203 - 220.
- Franz Josef Maria Werner (1897): Bemerkungen zu H. C. E. Zacharias (London): Die Phylogenie der Kopfschilder bei den Boiden. – Biologisches Zentralblatt – 17: 858 - 861.
- Franz Josef Maria Werner (1897): Bemerkungen zu Tornier: Die Kriechtiere Deutsch- Ostafrikas. – Biologisches Zentralblatt – 17: 376 - 381.
- Franz Josef Maria Werner (1897): Ueber Reptilien und Batrachier aus Togoland, Kamerun und Tunis aus dem kgl. Museum für – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 47: 395 - 408.
- Franz Josef Maria Werner (1896): Über die Schuppenbekleidung des regenerirten Schwanzes bei Eidechsen – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 105: 123 - 146.
- Franz Josef Maria Werner (1896): Bericht über die Leistungen in der Herpetologie im Jahre 1894. – Archiv für Naturgeschichte – 62-2_1: 85 - 182.
- Franz Josef Maria Werner (1896): Bemerkungen zu Boulenger: Catalogue of the Snakes in the British Museum. – Biologisches Zentralblatt – 16: 680 - 683.
- Franz Josef Maria Werner (1896): Beiträge zur Kenntnis der Reptilien und Batrachier von Centralamerika und Chile, sowie einiger seltenerer Schlangenarten. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 46: 344 - 365.
- Franz Josef Maria Werner (1896): Zweiter Beitrag zur Herpetologie der indoorientalischen Region. (Mit Tafel I.) – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 46: 6 - 24.
- Franz Josef Maria Werner (1896): Die Iguaniden- Gattung Anisolepis Blngr. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 46: 470 - 473.
- Franz Josef Maria Werner (1895): Bericht über die Leistungen in der Herpetologie im Jahre 1893. – Archiv für Naturgeschichte – 61-2_1: 71 - 140.
- Franz Josef Maria Werner (1895): Bemerkungen zu M. Brenning: Die Vergiftungen durch Schlangen. – Biologisches Zentralblatt – 15: 526 - 528.
- Franz Josef Maria Werner (1895): Ueber sekundäre Geschlechtsunterschiede bei Reptilien. – Biologisches Zentralblatt – 15: 125 - 140.
- Franz Josef Maria Werner (1895): Nachträgliche Bemerkungen über die Schlangenzeichnung. – Biologisches Zentralblatt – 15: 345 - 347.
- Zoologische Miszellen. 116-119, 166-169Franz Josef Maria Werner (1894): Zoologische Miszellen. 116-119, 166-169 – Biol. Zbl. – 14: 116 - 169.
- Franz Josef Maria Werner (1894): Untersuchungen über die Zeichnung der Wirbelthiere. – Zoologische Jahrbücher. Abteilung für Systematik, Geographie und Biologie der Tiere – 7: 365 - 410.
- Franz Josef Maria Werner (1894): Zoologische Miszellen. – Biologisches Zentralblatt – 14: 201 - 206.
- Franz Josef Maria Werner (1894): Zoologische Miszellen. – Biologisches Zentralblatt – 14: 116 - 119.
- Zoologische Miszellen.Franz Josef Maria Werner (1893): Zoologische Miszellen. – Biol. Zbl. – 13: 83 - 93.
- Franz Josef Maria Werner (1893): Zoologische Miszellen. – Biologisches Zentralblatt – 13: 83 - 93.
- Franz Josef Maria Werner (1893): Studien über Konvergenz-Erscheinungen im Tierreich – Biologisches Zentralblatt – 13: 471 - 476.
- Franz Josef Maria Werner (1893): Studien über Konvergenz-Erscheinungen im Tierreich – Biologisches Zentralblatt – 13: 571 - 576.
- Franz Josef Maria Werner (1893): Bemerkungen über Reptilien und Batrachier aus dem tropischen Asien und von der Sinai- Halbinsel. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 43: 349 - 359.
- Selbstverstümmelung bei Heuschrecken.Franz Josef Maria Werner (1892): Selbstverstümmelung bei Heuschrecken. – Zoologischer Anzeiger. Diario....adnexa. Siehe: Bibliographia Zoologica. Supplementband. Siehe: Verh.der Deutschen Zool.Gesellschaft. – 15: 58 - 60.
- Zoologische Miszellen.Franz Josef Maria Werner (1892): Zoologische Miszellen. – Biol. Zbl. – 12: 268 - 280.
- Franz Josef Maria Werner (1892): Untersuchungen über die Zeichnung der Wirbelthiere. – Zoologische Jahrbücher. Abteilung für Systematik, Geographie und Biologie der Tiere – 6: 155 - 229.
- Franz Josef Maria Werner (1892): Zoologische Miscellen. – Biologisches Zentralblatt – 12: 268 - 280.
- Franz Josef Maria Werner (1892): Ausbeute einer herpetologischen Excursion nach Ost- Algerien. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 42: 350 - 355.
- Franz Josef Maria Werner (1891): Bemerkungen zur Zeichnungs-Frage. – Biologisches Zentralblatt – 11: 358 - 372.
- Franz Josef Maria Werner (1891): Biologische Studien an Reptilien. – Biologisches Zentralblatt – 11: 694 - 700.
- Franz Josef Maria Werner (1891): Der Sommerschlaf bei Reptilien und Amphibien. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 41: 295 - 299.
- Franz Josef Maria Werner (1891): Beiträge zur Kenntnis der Reptilien und Amphibien von Istrien und Dalmatien. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 41: 751 - 768.
- Franz Josef Maria Werner (1890): Ueber die Veränderung der Hautfarbe bei europäischen Batrachiern. – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 40: 169 - 176.
- Franz Josef Maria Werner (1890): Untersuchungen über die Zeichnung der Schlangen – Monografien Vertebrata Herpetologie – 0038: 1 - 120.
- Franz Josef Maria Werner (1890-1891): Bemerkungen über die europäischen Tropidonotus-Arten, sowie über eine merkwürdige Korrelationserscheinung bei einigen Schlangen. – Biologisches Zentralblatt – 10: 233 - 238.