Species (36)
- Flagelloscypha minutissima (Burt) Donk 1949
- Flagelloscypha citrispora (Pilát) D.A. Reid 2014
- Flagelloscypha mairei (Pilát) Knudsen 1991
- Flagelloscypha solenioides (P. Karst.) W.B. Cooke 1961
- Flagelloscypha filicina (P. Karst.) Donk 1962
- Flagelloscypha christinae Agerer 1975
- Flagelloscypha abieticola (P. Karst.) W.B. Cooke 1961
- Flagelloscypha donkii Agerer 1975
- Flagelloscypha kavinae (Pilát) W.B. Cooke 1961
- Flagelloscypha faginea (Lib.) W.B. Cooke 1961
- Flagelloscypha merxmuelleri Agerer 1986
- Flagelloscypha lachneoides (Pilát) Agerer 1983
- Flagelloscypha orthospora (Bourdot & Galzin) Bertault & Malençon 1977
- Flagelloscypha parasitica (Berk. & Broome) Agerer 1979
- Flagelloscypha dextrinoidea Agerer 1975
- Flagelloscypha obovatispora Agerer 1975
- Flagelloscypha eruciformis (P. Micheli ex Batsch) Singer 1969
- Flagelloscypha punctiformis (Fr.) Agerer 1975
- Flagelloscypha pilatii Agerer 1975
- Flagelloscypha trachychaeta (Ellis & Everh.) Petr. 1961
- Flagelloscypha pseudopanacis Agerer 1975
- Flagelloscypha niveola (Sacc.) Knudsen 2008
- Incrustocalyptella pseudopanacis (Agerer) Agerer 1983
- Nochascypha filicina (P. Karst.) Agerer 1983
- Seticyphella niveola (Sacc.) Agerer 1983
- Calathella eruciformis (P. Micheli ex Batsch) D.A. Reid 1964
- Lachnella eruciformis (P. Micheli ex Batsch) W.B. Cooke 1961
- Lachnella punctiformis (Fr.) W.B. Cooke 1961
- Cyphella bourdotii Pilát 1927
- Cyphella punctiformis var. stenospora Bourdot & Galzin 1928
- Cyphella minutissima Burt 1914
- Cyphella langloisii Burt 1914
- Cyphella roseicola Pilát 1888
- Cyphella trachychaeta Ellis & Everh. 1888
- Cephaloscypha mairei (Pilát) Agerer 1983