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- Vegetation der ErdeJörg Pfadenhauer (2015): Vegetation der Erde – Berichte der Reinhold-Tüxen-Gesellschaft – 27: 29.
- Marco Müller, Josef Faas, Jörg Pfadenhauer (2013): Einfluss der Überschirmung auf die Vegetation von Almweiden in den Bayerischen Alpen. – Anliegen Natur – 35_1_2013: 12 - 24.
- Jörg Pfadenhauer (2009): Anmerkungen zur Vegetation des russischen Altai – Berichte der Reinhold-Tüxen-Gesellschaft – 21: 211 - 225.
- Jörg Pfadenhauer (2006): Subtropische Grasländer der Südhemisphäre: Verbreitung, Entstehung und Management am Beispiel des südbrasilianischen Campo – Berichte der Reinhold-Tüxen-Gesellschaft – 18: 161 - 175.
- Markus Bernhardt-Römermann, Simon Östreicher, Anton Fischer, Thomas Kudernatsch, Jörg Pfadenhauer (2006): Das Galio-Carpinetum im Münchener Raum - Ergebnis früherer Bewirtschaftung? – Tuexenia - Mitteilungen der Floristisch-soziologischen Arbeitsgemeinschaft – NS_26: 27 - 36.
- Jörg Pfadenhauer (2002): Landnutzung und Biodiversität - Beispiele aus Mitteleuropa – Laufener Spezialbeiträge und Laufener Seminarbeiträge (LSB) – 2_2002: 145 - 159.
- Annette Patzelt, Jörg Pfadenhauer (1998): Übertragung von Mähgut als Renaturierungs- Maßnahme für Pfeifengraswiesen – Laufener Spezialbeiträge und Laufener Seminarbeiträge (LSB) – 6_1998: 153 - 160.
- Jörg Pfadenhauer (1998): Renaturierung von Mooren im süddeutschen Alpenvorland – Laufener Spezialbeiträge und Laufener Seminarbeiträge (LSB) – 6_1998: 9 - 24.
- Genetische Variation bei Wildpflanzen: Einfluß der Fragmentation auf Populationen von Succisa…Jörg Pfadenhauer, Gerhard Müller-Starck, German Grünbauer (1998): Genetische Variation bei Wildpflanzen: Einfluß der Fragmentation auf Populationen von Succisa pratensis – Verhandlungen der Gesellschaft für Ökologie – 29: 425 - 436.
- Norbert Kühn, Jörg Pfadenhauer (1997): Populationsbeobachtungen von ausgepflanzten Centaurea jacea - ein Beitrag zur Renaturierung von Glatthaferwiesen – Verhandlungen der Gesellschaft für Ökologie – 28_1997: 319 - 326.
- Gabriele Anderlik-Wesinger, Harald Albrecht, Jörg Pfadenhauer (1997): Vegetationsentwicklung bestehender und neu angelegter Raine auf der FAM-Versuchsstation Klostergut Scheyern – Verhandlungen der Gesellschaft für Ökologie – 28_1997: 273 - 280.
- Jörg Pfadenhauer, Harald Albrecht, Karl Auerswald (1997): Naturschutz in der Agrarlandschaft - Perspektiven aus dem Forschungsverbund Agrarökosysteme München (FAM) – Berichte der Reinhold-Tüxen-Gesellschaft – 9: 49 - 59.
- Alfred Wagner, Ingrid Wagner, Jörg Pfadenhauer (1997): Minerotrophe Bergkiefernmoore im süddeutschen Alpenvorland unter besonderer Berücksichtigung ihrer syntaxonomischen Stellung – Tuexenia - Mitteilungen der Floristisch-soziologischen Arbeitsgemeinschaft – NS_17: 81 - 107.
- Annette Patzelt, Franziska Mayer, Jörg Pfadenhauer (1996): Renaturierungsverfahren zur Etablierung von Feuchtwiesenarten – Verhandlungen der Gesellschaft für Ökologie – 27_1996: 165 - 172.
- Jörg Pfadenhauer, Ulrich Wild (1996): Stickstoffhaushalt auf Niedermoor-Renaturierungsflächen im Donaumoos – Verhandlungen der Gesellschaft für Ökologie – 27_1996: 235 - 242.
- Anwendung von Fernerkundungs-Methoden für das Monitoring der Vegetation im Wurzacher RiedGisbert Kuhn, Ulrike Schuckert, Reinhard Böcker, Jörg Pfadenhauer (1996): Anwendung von Fernerkundungs-Methoden für das Monitoring der Vegetation im Wurzacher Ried – Verhandlungen der Gesellschaft für Ökologie – 26_1996: 43 - 48.
- Jörg Pfadenhauer, Ulrich J. Miller (1996): Renaturierung von Kalkmagerrasen. Zur Vorhersage der gelenkten Sukzession durch Aufbringung von diasporenhaltigem Mähgut – Verhandlungen der Gesellschaft für Ökologie – 27_1996: 155 - 163.
- Einfluß struktureller und floristischer Ausprägungen von Rainen in der Agrarlandschaft auf die…Gabriele Anderlik-Wesinger, Jutta Barthel, Jörg Pfadenhauer, Harald Plachter (1996): Einfluß struktureller und floristischer Ausprägungen von Rainen in der Agrarlandschaft auf die Spinnen (Araneae) der Krautschicht – Verhandlungen der Gesellschaft für Ökologie – 26_1996: 711 - 720.
- Abhängigkeit der Heuschrecken (Orthoptera, Saltatoria) von der Vegetation im WirtschaftsgrünlandNorbert Kühn, Helmut Laußmann, Jörg Pfadenhauer, Harald Plachter (1996): Abhängigkeit der Heuschrecken (Orthoptera, Saltatoria) von der Vegetation im Wirtschaftsgrünland – Verhandlungen der Gesellschaft für Ökologie – 26_1996: 721 - 728.
- Petra Toetz, Jörg Pfadenhauer (1995): Samenbank und Wildkrautbestand auf Ackerbrachen vor und nach der Stillegong – Kieler Notizen zur Pflanzenkunde – 23: 74 - 77.
- Ansprüche des Naturschutzes an Niedermoore (Kurzfassung)Jörg Pfadenhauer (1994): Ansprüche des Naturschutzes an Niedermoore (Kurzfassung) – NNA-Berichte – 7_2_1994: 76 - 78.
- Johann G. Köppel, Jörg Pfadenhauer (1994): Der Beitrag der Vegetation zum Wasserhaushalt im Nationalpark Berchtesgaden – Verhandlungen der Gesellschaft für Ökologie – 23_1994: 31 - 38.
- Jörg Pfadenhauer (1993): Ökologische Grundlagen für Nutzung, Pflege und Entwicklung von Heidevegetation – Berichte der Reinhold-Tüxen-Gesellschaft – 5: 221 - 235.
- Annette Saitner, Jörg Pfadenhauer (1992): Die Vegetation im Bereich des Dammkars bei Mittenwald und ihre Beeinflussung durch den Tourismus – Jahrbuch des Vereins zum Schutz der Bergwelt – 57_1992: 11 - 89.
- Friedrich Beese, Jörg Pfadenhauer, Ralph Hantschel, Max Kainz (1991): Forschungsverbund Agrarökosysteme München (FAM) - Erfassung, Prognose und Bewertung nutzungsbedingter Veränderungen in Agrarökosystemen und deren Umwelt – Verhandlungen der Gesellschaft für Ökologie – 20_1_1991: 77 - 80.
- Jörg Pfadenhauer, Gerd-Michael Krüger (1991): Ganzheitlicher Naturschutz für süddeutsche Hochmoorlandschaften: Ziele und Methoden – Verhandlungen der Gesellschaft für Ökologie – 20_1_1991: 285 - 290.
- Gerd-Michael Krüger, Jörg Pfadenhauer (1991): Naturschutzkonzept für eine Moorlandschaft europäischen Ranges - das Wurzacher Ried in Baden-Württemberg – Verhandlungen der Gesellschaft für Ökologie – 20_1_1991: 333 - 337.
- Jörg Pfadenhauer (1990): Renaturierung von Agrarlandschaften - Begründung, Konzepte, Maßnahmen als Aufgabe ökologischer Naturschutzforschung – Laufener Spezialbeiträge und Laufener Seminarbeiträge (LSB) – 3_1990: 40 - 44.
- Jörg Pfadenhauer (1988): Naturschutzstrategien und Naturschutzansprüche an die Landwirtschaft – Berichte der Bayerischen Akademie für Naturschutz und Landschaftspflege (ANL) – 12_1988: 51 - 57.
- Jörg Pfadenhauer, Johanna Wirth (1988): Alte und neue Hecken im Vergleich am Beispiel des Tertiärhügellandes im Landkreis Freising – Berichte der Bayerischen Akademie für Naturschutz und Landschaftspflege (ANL) – 12_1988: 59 - 69.
- Jörg Pfadenhauer, Rainer Buchwald (1987): Anlage und Aufnahme einer geobotanischen Dauerbeobachtungsfläche im Naturschutzgebiet Echinger Lohe, Lkrs. Freising – Berichte der Bayerischen Akademie für Naturschutz und Landschaftspflege (ANL) – 11_1987: 9 - 26.
- Jochen Weber, Jörg Pfadenhauer (1987): Phänologische Beobachtungen auf Streuwiesen unter Berücksichtigung des Nutzungseinflusses (Rothenrainer Moorgebiet bei Bad Tölz) – Berichte der Bayerischen Botanischen Gesellschaft zur Erforschung der Flora – 58: 153 - 177.
- Jörg Pfadenhauer, Peter Poschlod, Rainer Buchwald (1986): Überlegungen zu einem Konzept geobotanischer Dauerbeobachtungsflächen für Bayern. Teil i. – Berichte der Bayerischen Akademie für Naturschutz und Landschaftspflege (ANL) – 10_1986: 41 - 60.
- Jörg Pfadenhauer, Claudia Liebermann (1986): Eine geobotanische Dauerbeobachtungsfläche im Naturschutzgebiet Garchinger Haide – Berichte der Bayerischen Botanischen Gesellschaft zur Erforschung der Flora – 57: 99 - 110.
- Jörg Pfadenhauer, Manfred Kinberger (1985): Torfabbau und Vegetationsentwicklung im Kulbinger Filz – Berichte der Bayerischen Akademie für Naturschutz und Landschaftspflege (ANL) – 9_1985: 37 - 44.
- Jörg Pfadenhauer, Gerald Eska (1985): Auswirkungen der Inn-Staustufe Perach auf die Auenvegetation – Tuexenia - Mitteilungen der Floristisch-soziologischen Arbeitsgemeinschaft – NS_5: 447 - 453.
- Jörg Pfadenhauer (1980): Natur- und Umweltschutz in Brasilien – Verhandlungen der Gesellschaft für Ökologie – 8_1980: 81 - 85.
- Giselher Kaule, Jörg Pfadenhauer (1973): Vegetation und Ökologie eines Hochmoorrandbereichs im Naturschutzgebiet Eggstätt-Hemhof er Seenplatte – Berichte der Bayerischen Botanischen Gesellschaft zur Erforschung der Flora – 44: 201 - 210.
- Giselher Kaule, Jörg Pfadenhauer (1972): Die Vegetation eines Wald-Quellgebietes im Inn- Chiemseevorland – Berichte der Bayerischen Botanischen Gesellschaft zur Erforschung der Flora – 43: 85 - 96.
- Jörg Pfadenhauer (1969): Beitrag zur floristischen Kartierung Bayerns – Berichte der Bayerischen Botanischen Gesellschaft zur Erforschung der Flora – 41: 45 - 46.
- Jörg Pfadenhauer, Norbert Kühn (1995): Anwendungsmöglichkeiten für Diversitätsindizes im Grünland – Verhandlungen der Gesellschaft für Ökologie – 24_1995: 661 - 666.
- Gabriele Anderlik-Wesinger, Max Kainz, Jörg Pfadenhauer (1995): Integrierende Naturschutzplanung auf dem FAM Versuchsgut Scheyern – Verhandlungen der Gesellschaft für Ökologie – 24_1995: 507 - 515.