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- Diatomeenrest aus den Turonschichten der Kreide.Otto Georg Ferdinand Müller (1911): Diatomeenrest aus den Turonschichten der Kreide. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 29: 661 - 668.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1911): VIII. Bacillariaceen aus dem Nyassalande und einigen benachbarten Gebieten. – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 45: 69 - 122.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1909): Die Ortsbewegung der Bacillariaceen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 27: 27 - 43.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1909): Bacillariaceen aus Süd-Patagonien – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 43: 4001 - 4040.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1908): Die Ortsbewegung der Bacillariaceen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 26a: 676 - 685.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1907): Nachruf auf Johann Diedrich Möller. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 25: 1057 - 1060.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1905): Bacillariaceen aus dem Nyassalande und einigen benachbarten Gebieten – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 34: 256 - 301.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1905): Berichte über die botanischen Ergebnisse der Nyassa-See- und Kinga-Gebirgs-Expedition der Hermann- und Elise- geb. Heckmann-Wentzel-Stiftung.Bacillariaceen aus dem Nyassalande und einigen benachbarten Gebieten. – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 36: 138 - 205.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1905): Berichte über die botanischen Ergebnisse der Nyassa-See- und Kinga-Gebirgs-Expedition der Hermann- und Elise- geb. Heckmann-Wentzel-Stiftung. Bacillariaceen aus dem Nyassalande und einigen benachbarten Gebieten. – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 34: 9 - 38.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1903): Sprungweise Mutation bei Melosireen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 21: 326 - 333.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1901): Kammern und Poren in der Zellwand der Bacillariaceen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 19: 195 - 210.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1900): Kammern und Poren in der Zellwand der Bacillariaceen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 18: 480 - 497.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1899): Kammern und Poren In der Zellwand der Bacillariaceen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 17: 423 - 452.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1898): Bacillariales aus den Hochseen des Riesengebirges – Forschungsberichte aus der Biologischen Station zu Plön – 6: 48 - 82.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1898): Kammern und Poren in der Zellwand der Bacillariaceen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 16: 386 - 402.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1898): Bemerkungen zu einem nach meinen Angaben angefertigten Modell einer Pinnularia – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 16: 294 - 296.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1897): Die Ortsbewegung der Bacillariaceen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 15: 70 - 86.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1897): Die Ortsbewegung der Bacillariaceen. – Biologisches Zentralblatt – 17: 289 - 305.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1897): Rhopalodia, ein neues Genus der Bacillariaceen – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 22: 54 - 71.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1896): Die Ortsbewegung der Bacillariaceen – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 14: 54 - 64.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1896): Die Ortsbewegung der Bacillariaceen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 14: 111 - 128.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1895): Ueber Achsen, Orientirungs- und Symmetrieebenen bei den Bacillariaceen – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 13: 222 - 234.
- Carl Müller, Otto Georg Ferdinand Müller, Paul Friedrich August Ascherson (1895): Bericht über die zwölfte General-Versammlung der Deutschen Botanischen Gesellschaft am 17. September 1895 Lübeck. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 13: 1001 - 1009.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1894): Die Ortsbewegung der Bacillariaceen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 12: 136 - 143.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1890): Bacillariaceen aus Java. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 8: 318 - 331.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1889): Auxosporen von Terpsinoe musica. Ehr. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 7: 181 - 183.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1889): Durchbrechungen der Zellwand in ihren Beziehungen zur Ortsbewegung der Bacillariaceen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 7: 169 - 180.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1886): Die Zwischenbänder und Septen der Bacillariaceen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 4: 306 - 316.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1884): Bemerkungen zu dem Aufsatze Dr. J. H. L. Flögel`s, Researches on the Strukture of Cell-walls of Diatoms. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 2: 487 - 494.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1884): Rechnungsablage und Etat. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 2: VII-VIII.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1884): Die Zellhaut und das Gesetz der Zellteilungsfolge von Melosira (Orthosira Thwaites) arenaria Moore. – Jahrbücher für wissenschaftliche Botanik – 14: 232 - 290.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1883): Die Chromatophoren mariner Bacillariaeeen aus den Gattungen Pleurosigma und Nitzschia. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 1: 478 - 484.
- Otto Georg Ferdinand Müller (1883): Das Gesetz der Zelltheilungsfolge von Melosira (Orthosira) arenaria Moore – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 1: 35 - 44.