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- Josef Karl Weese (1921): Über die Gattungen Ophiosphaeria W. Kirschst.. Acanthophiobolus Berl. und Ophiochaeta Sacc. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 39: 114 - 120.
- Josef Karl Weese (1921): Über einige Ascomyceten aus dem Mährisch-schlesischen Gesenke – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 39: 108 - 113.
- Josef Karl Weese (1920): Nachruf auf F. v. Höhnel. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 38: 1103 - 1126.
- Josef Karl Weese (1919): Beiträge zur Kenntnis der Hypocreaceen (II. Mitteilung) – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 128: 693 - 754.
- Josef Karl Weese (1919): Über die Gattungen Melanops Nitschke und Thuemenia Rehm. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 37: 83 - 96.
- Josef Karl Weese (1919): Beitrag zur Morphologie und Systematik einiger Auriculariineengattungen – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 37: 512 - 519.
- Josef Karl Weese (1919): Mykologische und phytopathologische Mitteilungen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 37: 520 - 527.
- Josef Karl Weese (1916): Beiträge zur Kenntnis der Hypocreaceen (I. Mitteilung) – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 125: 465 - 575.
- Josef Karl Weese (1914): Beitrag zur Kenntnis der Gattung Calonectria – Mycologisches Centralblatt. Zeitschrift für Allgemeine und Angewandte Mycologie – 4: 121 - 132.
- Josef Karl Weese (1914): Beitrag zur Kenntnis der Gattung Calonectria – Mycologisches Centralblatt. Zeitschrift für Allgemeine und Angewandte Mycologie – 4: 177 - 187.