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- Johannes Gottfried Hallier (1914): Hydrocharitaceae africanae. – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 51: 453.
- Johannes Gottfried Hallier (1908): Über Juliana, eine Terebinthaceen-Gattung mit Cupula, und die wahren Stammeltern der Kätzchenblütler – Monografien Botanik Blütenpflanzen – 0341: 1 - 187.
- Johannes Gottfried Hallier (1907): Zur Frage nach dem Ursprung der Angiospermen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 25: 496 - 497.
- Johannes Gottfried Hallier (1905): Ein zweiter Entwurf des natürlichen (phylogenetischen) Systems der Blütenpflanzen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 23: 85 - 91.
- Johannes Gottfried Hallier (1902): Ueber die Morphogenie, Phylogenie und den Generationswechsel der Achsenpflanzen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 20: 476 - 478.
- Johannes Gottfried Hallier (1902): Ueber Tetrachondra Petrie, eine Scrophularineengattung mit Klausenbildung. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 20: 221 - 224.
- Johannes Gottfried Hallier (1901): Convolvulaceae africanae. II. – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 28: 28 - 54.
- Johannes Gottfried Hallier (1899): Was ist Boldoa repens Spr? – Botanisches Centralblatt – 77: 329 - 330.
- Johannes Gottfried Hallier (1899): Sammlungen. – Botanisches Centralblatt – 78: 17.
- Johannes Gottfried Hallier (1898): Convolvulaceae a Dr. Alfr. Pospischil anno 1896 in Africa orientali collectae et in herbario universitatis Vindobonensis conservatae – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 107: 48 - 52.
- Johannes Gottfried Hallier (1898): Über Hildebrandtia Vatke, eine zweite diöcische Convolvulaceen-Gattung. – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 25: 510 - 516.
- Johannes Gottfried Hallier (1893): Versuch einer natürlichen Gliederung der Convolvulaceen auf morphologischer und anatomischer Grundlage – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 16: 453 - 591.