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- Hubert Winkler (1924): Teratologische Notizen. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 073: 58 - 60.
- Hubert Winkler (1924): Teratologische Notizen. III – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 073: 132 - 146.
- Hubert Winkler (1922): Teratologische Notizen. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 071: 224 - 226.
- Hubert Winkler (1918): Nachruf auf Victor Engler. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 36: 1137 - 1138.
- Hubert Winkler (1913): Beiträge zur Kenntnis der Flora und Pflanzengeographie von Borneo. II. – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 48: 87 - 118.
- Hubert Winkler (1913): Beiträge zur Kenntnis der Flora und Pflanzengeographie von Borneo. III. – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 49: 349 - 380.
- Hubert Winkler (1913): Die Pflanzendecke Südost- Borneos. – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 50: 1188 - 1208.
- Hubert Winkler (1913): Neue Revision der Gattung Carpinus. – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 50: 1488 - 1508.
- Hubert Winkler (1910): Die deutschen Baumbirken. – Mitteilungen der Deutschen Dendrologischen Gesellschaft – 19: 82 - 85.
- Hubert Winkler (1910): Beiträge zur Kenntnis der Flora und Pflanzengeographie von Borneo. I. – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 44: 497 - 571.
- Charles Wardell Stiles, Hubert Winkler, Carl Zimmer (1909): Mitteilungen aus Museen, Instituten usw. – Zoologischer Anzeiger – 35: 478 - 480.
- Hubert Winkler (1908): Neue Kameruner Phanerogamen aus verschiedenen Familien. – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 41: 274 - 286.
- Hubert Winkler (1907): Beiträge zur Morphologie und Biologie tropischer Blüten und Früchte. – Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie – 38: 233 - 271.
- Hubert Winkler (1905): Bemerkungen über die vegetativen Verhältnisse einiger Bignoniaceen. – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 23: 427 - 432.
- Hubert Winkler (1905): Zur Morphologie und Biologie Blüte von Durio zibethinus – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 23: 191 - 196.