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- Veronika Stabauer, Robert Konecny, Hubert Gassner, Helmut Sattmann, Herwig Waidbacher (2017): Wissenschaft: Das "Whos Who" der Fischparasiten im Mondsee - zur Parasitenfauna von Seelaube (Alburnus mento), Reinanke (Coregonus sp.), Seesaibling (Salvelinus umbla) und Flussbarsch (Perca fluviatilis – Österreichs Fischerei – 70: 215 - 228.
- Redeat Habteselassie, Ernst Mikschi, Harald Ahnelt, Herwig Waidbacher (2009): Garra chebera, a new species of cyprinid fish from an isolated basin in Ethiopia (Teleostei: Cyprinidae) – Annalen des Naturhistorischen Museums in Wien – 111B: 43 - 53.
- Johann Waringer, Andreas Chovanec, Michael Straif, Wolfram Graf, Walter Reckendorfer, Andrea Waringer-Löschenkohl, Herwig Waidbacher, Heike Schultz (2005): The Floodplain Index - habitat values and indication weights for molluscs, dragonflies, caddisflies, amphibians and fish from Austrian Danube floodplain waterbodies. – Lauterbornia – 2005_54: 177 - 186.
- Michael Straif, Herwig Waidbacher (2005): Fischökologische Verhältnisse im Einflussbereich des Kraftwerkes Freudenau unter besonderer Berücksichtigung unterschiedlicher Habitattypen – Natur in Tirol - Naturkundliche Beiträge der Abteilung Umweltschutz – 12: 326 - 341.
- Michael Straif, Herwig Waidbacher, Robert Spolwind, Birgit Schönbauer, Gernot Bretschko (2003): Die Besiedlung neu geschaffener Uferstrukturen im Stauraum Wien-Freudenau (Donauinselhabitate) durch Fisch- und Benthosbiozönosen – Denisia – 0010: 181 - 214.
- Herwig Waidbacher, Robert Spolwind (2002): Fischökologische Untersuchungen an der Neuen Donau in Wien – Denisia – 0003: 177 - 202.
- Christian Wiesner, Robert Spolwind, Herwig Waidbacher, Stefan Guttmann, Alexander Doblinger (2000): Erstnachweis der Schwarzmundgrundel Neogobius melanostomus (Pallas, 1814) in Österreich – Österreichs Fischerei – 53: 330 - 331.
- Fritz Schiemer, Herwig Waidbacher (1998): Zur Ökologie großer Fließgewässer am Beispiel der Fischfauna der österreichischen Donau – Stapfia – 0052: 7 - 22.
- Anton Weissenbacher, Robert Spolwind, Herwig Waidbacher (1998): Hohe Populationsdichten der Kesslergrundel (Neogobius kessleri, Günther 1861) in der österreichischen Donau, östlich von Wien – Österreichs Fischerei – 51: 268 - 273.
- Herwig Waidbacher (1993): Fischereiliche Verhältnisse an der österreichischen Donau. – Umwelt - Schriftenreihe für Ökologie und Ethologie – 20: 17 - 21.
- Makrozoobenthos-Zönosen ausgewählter Standorte der Donau zwischen Strom-Km 2203 und 2170.Otto Moog, Hasko Nesemann, Herwig Waidbacher (1991): Makrozoobenthos-Zönosen ausgewählter Standorte der Donau zwischen Strom-Km 2203 und 2170. – Erw. Zus. Jahrestag – : 290 - 294.
- Herwig Waidbacher, Gerald Zauner, Helene Kovacek, Otto Moog (1991): Fischökologische Studie Oberes Donautal. In Hinblick auf Strukturierungsmaßnahmen im Stauraum Aschach (Oberösterreich) – Monografien Vertebrata Pisces – 0040: 1 - 181.
- Rainer Hacker, Herwig Waidbacher (1986): Fischereibiologische Untersuchungen am Neusiedler See unter besonderer Berücksichtigung des Aales. – Wissenschaftliche Arbeiten aus dem Burgenland – 072: 467 - 525.
- Herwig Waidbacher (1982): Zur ausschließlichen Anfütterung von Karpfenbrut (Cyprinus carpio L.) mit Kunstfutter – Österreichs Fischerei – 35: 137 - 141.