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- Josef Gicklhorn (1956): Naturwissenschaft und Phantasie - wissenschaftsgeschichtlich gesehen. – Schriften des Vereins zur Verbreitung naturwissenschaftlicher Kenntnisse Wien – 96: 113 - 159.
- Josef Gicklhorn (1955): Wissenschaftsgeschichtliche Notizen zu den Studien von S. Syrski (1874) und S. Freud (1877) über männliche Flußaale. – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 164: 1 - 24.
- Josef Gicklhorn (1954): Notizen zu Briefen und Episoden nach einer Aufführung von Haydns "Schöpfung" im Jahre 1801 – Burgenländische Heimatblätter – 16: 49 - 57.
- Josef Gicklhorn (1954): Die Blaufärbung der scharlachroten Blüten von Salvia splendens nach rascher kurzer Erwärmung. – Phyton, Annales Rei Botanicae, Horn – 5_4: 315 - 323.
- Josef Gicklhorn (1953): Wendepunkte im Werden der Naturwissenschaften. – Schriften des Vereins zur Verbreitung naturwissenschaftlicher Kenntnisse Wien – 93: 75 - 90.
- Josef Gicklhorn (1951): 100 Jahre Zoologisch-Botanische Gesellschaft in Wien – Verhandlungen der Zoologisch-Botanischen Gesellschaft in Wien. Frueher: Verh.des Zoologisch-Botanischen Vereins in Wien. seit 2014 "Acta ZooBot Austria" – 92: 7 - 24.
- 100 Jahre Zoologisch-Botanische Gesellschaft in WienJosef Gicklhorn (1951): 100 Jahre Zoologisch-Botanische Gesellschaft in Wien – Verhandlungen der zoologisch botanischen Gesellschaft in Wien – 92: 7 - 24.
- Josef Gicklhorn (1951): Über Probleme der Schönheit in der belebten Natur. – Schriften des Vereins zur Verbreitung naturwissenschaftlicher Kenntnisse Wien – 90_91: 90 - 111.
- Botanische Beobachtungen mit neuen einfachen Lehrversuchen.Josef Gicklhorn (1948): Botanische Beobachtungen mit neuen einfachen Lehrversuchen. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 094: 136 - 151.
- Josef Gicklhorn (1941): Vier geschichtlich beachtenswerte Memoranden von Thaddäus Haenke zu Fragen der Wirtschaftszoologie – Lotos - Zeitschrift fuer Naturwissenschaften – 88: 66 - 99.
- Über spezifische und lokale Reduktion von Silber- und anderen Metallsalzen in den Kiemensäckchen…Josef Gicklhorn (1939): Über spezifische und lokale Reduktion von Silber- und anderen Metallsalzen in den Kiemensäckchen von Daphnia M. – Lotos, Prag – 112: 83 - 96.
- Das Verhalten der Bauelemente des Herzens von Daphnia bei elektiver VitalfärbungJosef Gicklhorn (1933): Das Verhalten der Bauelemente des Herzens von Daphnia bei elektiver Vitalfärbung – Protoplasma – 17(4): 593 - 597.
- Neue Untersuchungen zum Nachweis der Funktion des Nackenschildes der Cladoceren als AtmungsorganE. Dejdar, Josef Gicklhorn (1932): Neue Untersuchungen zum Nachweis der Funktion des Nackenschildes der Cladoceren als Atmungsorgan – Z.Morph.Ökol.Tiere – 26(1/2): 94 - 109.
- Potentialmessungen an Pelomyxa palustris GreeffJosef Gicklhorn, E. Dejdar (1931): Potentialmessungen an Pelomyxa palustris Greeff – Protoplasma – 13: 450 - 462.
- Beobachtungen an den lateralen Frontalorganen von Daphnia magna M. nach elektiver VitalfärbungJosef Gicklhorn (1931): Beobachtungen an den lateralen Frontalorganen von Daphnia magna M. nach elektiver Vitalfärbung – Protoplasma – 13(3/4): 725 - 739.
- Bau und Funktion der Excretionsorgane von Cyclops strenuus Fischer (Versuch einer Analyse mit…Josef Gicklhorn (1930): Bau und Funktion der Excretionsorgane von Cyclops strenuus Fischer (Versuch einer Analyse mit Hilfe vitaler Electivfärbung) – Z. wiss. Zool. – 137(1): 120 - 149.
- Josef Gicklhorn (1925): Über spezifische und lokale Reduktion von Silberund anderen Metallsalzen in den Kiemensäckchen von Daphnia M. – Lotos - Zeitschrift fuer Naturwissenschaften – 73: 83 - 96.
- Josef Gicklhorn (1925): Beobachtungen über die Kalkinkrustation der Schale der Cladoceren – Lotos - Zeitschrift fuer Naturwissenschaften – 73: 157 - 166.
- Notiz über Euglena cyclopicola nov. spec.Josef Gicklhorn (1925): Notiz über Euglena cyclopicola nov.spec. – Arch. Protistenkunde – 51: 542 - 548.
- Josef Gicklhorn (1925): Notiz über Euglena cyclopicola nov. spec. – Archiv für Protistenkunde – 51_1925: 542 - 548.
- Josef Gicklhorn (1923): Bemerkungen zur Geschichte der Lehre von den spezifischen Energien – Lotos - Zeitschrift fuer Naturwissenschaften – 71: 111 - 119.
- Josef Gicklhorn (1923): Aphanom yces ovidestruens nov. spec. - ein Parasit in den Eiern von Diaptomus – Lotos - Zeitschrift fuer Naturwissenschaften – 71: 143 - 156.
- Aphanomyces ovidestruens nov. spec. - ein Parasit in den Eiern von DiaptomusJosef Gicklhorn (1923): Aphanomyces ovidestruens nov. spec. - ein Parasit in den Eiern von Diaptomus – Lotos - Zeitschrift fuer Naturwissenschaften – 71: 143 - 156.
- Josef Gicklhorn (1922): Notiz über den durch Chromulina smaragdina nov. spec. bedingten Smaragdglanz des Wasserspiegels. – Archiv für Protistenkunde – 44_1922: 219 - 226.
- Notiz über den durch Chromulina smaragdina nov. sp. bedingten Smaragdglanz des WasserspiegelsJosef Gicklhorn (1922): Notiz über den durch Chromulina smaragdina nov. sp. bedingten Smaragdglanz des Wasserspiegels – Arch. Protistenkunde – 44: 219 - 226.
- Josef Gicklhorn (1921): Über den Blauglanz zweier neuer Oscillatorien. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 070: 1 - 11.
- Josef Gicklhorn (1921): Zur Morphologie und Mikrochemie einer neuen Gruppe der Purpurbakterien – Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft – 39: 312 - 319.
- Josef Gicklhorn (1920): Studien an eisenorganismen I. Mitteilung Über die Art der Eisenspeicherung bei Trachelomonas und Eisenbakterien – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 129: 187 - 213.
- Josef Gicklhorn (1920): Über eine neue Euglenacee (Amphitropis aequiciliata, nov. gen. et. spec.) – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 069: 193 - 199.
- Über eine neue Euglenacee (Amphitropsis aequiciliata nov. gen. et spec. )Josef Gicklhorn (1920): Über eine neue Euglenacee (Amphitropsis aequiciliata nov. gen. et spec.) – Oesterreichisch Botanische Zeitschrift. (1943-1944 siehe Wiener Botanische Zeitschrift). Frueher: Oesterreichisches Botanisches Wochenblatt. – 69: 193 - 199.
- Josef Gicklhorn (1914): Über den Einfluß photodynaisch wirksamer Farbstofflösungen auf pflanzliche Zellen und Gewebe – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 123: 1221 - 1276.
- Josef Gicklhorn (1913): Über das Vorkommen spindelförmiger Eiweißkörper bei Opuntia. – Österreichische Botanische Zeitschrift = Plant Systematics and Evolution – 063: 8 - 13.