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- Geologie der Ostmark.Franz Xaver Schaffer (1943): Geologie der Ostmark. – Monografien Geowissenschaften Gemischt – 0106: 1 - 622.
- Alberto Fucini.Franz Xaver Schaffer (1940): Alberto Fucini. – Austrian Journal of Earth Sciences – 33: 173 - 179.
- Franz Xaver Schaffer (1937_1938): Johannes Walther. Nachruf. – Austrian Journal of Earth Sciences – 30_31: 199 - 201.
- Franz Xaver Schaffer (1936): Neuere Wiener Tertiärliteratur – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1936: 243 - 247.
- Franz Xaver Schaffer (1932): Über die Erdpyramiden am Ritten bei Bozen – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1932: 163 - 165.
- Franz Xaver Schaffer (1932): Eggenburger Schichten von Wenjapons, Gerichtsbezirk Raabs, Niederösterreich – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1932: 80.
- Franz Xaver Schaffer (1930): August Böhm-Böhmersheim. – Austrian Journal of Earth Sciences – 23: 156 - 159.
- Franz Xaver Schaffer (1928): Herr Petrascheck und die Schlierfrage – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1928: 134 - 136.
- Franz Xaver Schaffer (1927): Der Begriff der "miozänen Mediterranstufen" ist zu streichen – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1927: 86 - 88.
- Franz Xaver Schaffer (1927): Der sogenannte Schlier des alpinen Wiener Beckens – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1927: 93 - 94.
- Franz Xaver Schaffer (1927): Das Alter der Schotter der Bisambergterrasse – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1927: 88 - 93.
- Franz Xaver Schaffer (1927): Theodor Fuchs. Sein Leben und Werk. (1 Portrait) – Annalen des Naturhistorischen Museums in Wien – 41: 1 - 24.
- Franz Xaver Schaffer (1925): Theodor Fuchs. Sein Leben und Werk. – Austrian Journal of Earth Sciences – 18: 174 - 187.
- Franz Xaver Schaffer (1924): Über die Darstellung paläogeographischer Karten. – Austrian Journal of Earth Sciences – 17: 76 - 78.
- Franz Xaver Schaffer (1924): Wandlungen des Bildes der Erdoberfläche – Veröffentlichungen aus dem (des) Naturhistorischen Museum(s) – 3: 1 - 20.
- Franz Xaver Schaffer (1918): Die zerrissenen Belemniten von Mariavölgy (Mariatal) in Ungarn – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1918: 140 - 144.
- Franz Xaver Schaffer, Julius Dreger (1916): Geburtstag des Herrn Hofrates Professor Gustav von Tschermak. – Austrian Journal of Earth Sciences – 9: 110 - 111.
- Franz Xaver Schaffer (1916): Über subaquatische Rutschungen. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1916: 22 - 24.
- Franz Xaver Schaffer (1915): Robert Jäger +. – Austrian Journal of Earth Sciences – 8: 126 - 127.
- Franz Xaver Schaffer (1915): Ueber Miozän im Bereiche der Alpen. – Austrian Journal of Earth Sciences – 8: 216 - 226.
- Franz Xaver Schaffer (1915): Begriff und Einteilung der Absatzgesteine – Geologische Rundschau - Zeitschrift für allgemeine Geologie – 6: 217.
- Franz Xaver Schaffer (1913): Das prämiocäne Relief der Gegend von Eggenburg (Niederösterreich) und seine heutige Wiederbelebung [Vortrag] – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1913: 379 - 385.
- Franz Xaver Schaffer (1913): Die Wasserstandsschwankungen im Wienerbecken zur Neogenzeit [Vortrag] – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1913: 385 - 387.
- Franz Xaver Schaffer (1913): Vorträge. Bau und Morphologie des Wiener Beckens. – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 11: 22 - 23.
- Franz Xaver Schaffer (1913): Zur Kenntnis der Miocänbildungen von Eggenburg (Niederösterreich) (III bis IV) – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 122: 41 - 63.
- Franz Xaver Schaffer (1912): Zum Kapitel der fossilen Magensteine. – Austrian Journal of Earth Sciences – 5: 198 - 200.
- Franz Xaver Schaffer (1912): Zur Geologie der nordalpinen Flyschzone – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1912: 257 - 264.
- Franz Xaver Schaffer (1912): Vorträge. Naturwunder des amerikanischen Westens. – Mitteilungen des Naturwissenschaftlichen Vereins an der Universitaet Wien – 10: 52.
- Franz Xaver Schaffer (1912): Zur Kenntnis der Miocänbildungen von Eggenburg (Niederösterreich). II. Die Gastropodenfauna von Eggenburg – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 121: 325 - 338.
- Franz Xaver Schaffer (1910): Ueber eine beim Umbaue der Ferdinandsbrücke in Wien in den Kongeriensanden angetroffene konkretionäre Schicht. – Austrian Journal of Earth Sciences – 3: 300 - 304.
- Franz Xaver Schaffer (1910): Der Leithakalk von Maustrenk (Niederösterreicii). – Austrian Journal of Earth Sciences – 3: 481 - 484.
- Franz Xaver Schaffer (1910): Zur Kenntnis der Miocänbildung von Eggenburg (Niederösterreich). I. Die Bivalvenfauna von Eggenburg – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 119: 249 - 273.
- Franz Xaver Schaffer (1910): Das Miocän von Eggenburg. Die Fauna der ersten Mediterranstufe des Wiener Beckens und die geologischen Verhältnisse der Umgebung des Manhartsberges in Niederösterreich – Abhandlungen der Geologischen Bundesanstalt in Wien – 22: 1 - 124.
- Franz Xaver Schaffer (1909): Der geologische Bau des Beilan Bel in Nordsyrien. – Austrian Journal of Earth Sciences – 2: 512 - 516.
- Franz Xaver Schaffer (1909): Der Erdbebengürtel der Erde. – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1909: 102 - 107.
- Franz Xaver Schaffer (1908): Sind Ablagerungen größerer Wassertiefe in der Gliederung der tertiären Schichtreihe zu verwenden? – Austrian Journal of Earth Sciences – 1: 85 - 102.
- Franz Xaver Schaffer (1907): Geologische Untersuchungen in der Gegend von Korneuburg – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1907: 223 - 229.
- Franz Xaver Schaffer (1907): Über einen Brunnen auf dem Mitterberge in Baden bei Wien – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1907: 265 - 268.
- Franz Xaver Schaffer (1905): Geologische Beobachtungen im Miocänbecken des westlichen Algier – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1905: 293 - 297.
- Franz Xaver Schaffer (1904): Die geologischen Ergebnisse einer Reise in Thrakien im Herbste 1902 – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 113: 104 - 118.
- Franz Xaver Schaffer (1903): Reisebilder aus Cilicien. (5 Abbildungsseiten unpaginiert.) – Schriften des Vereins zur Verbreitung naturwissenschaftlicher Kenntnisse Wien – 43: 131 - 148.
- Franz Xaver Schaffer (1902): Beiträge zur Kenntnis des Miocänbeckens von Cilicien. – Jahrbuch der Geologischen Bundesanstalt – 052: 1 - 38.
- Franz Xaver Schaffer (1902): Geographische Erläuterung zu: "Eine marine Neogenfauna aus Cilicien" von F.Toula (Jahrb.d.k.k.geol.R.-A. 1901, II. Heft) – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1902: 77 - 80.
- Franz Xaver Schaffer (1901): Beiträge zur Kenntnis des Miocänbeckens von Cilicien. – Jahrbuch der Geologischen Bundesanstalt – 051: 41 - 74.
- Franz Xaver Schaffer (1901): Geologische Studien im südöstlichen Kleinasien und in Nordsyrien – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 110: 5 - 18.
- Franz Xaver Schaffer (1901): Neue geologische Studien im südöstlichen Kleinasien – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 110: 388 - 402.
- Franz Xaver Schaffer (1900): Geologsche Studien im südöstlichen Kleinasien – Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 109: 498 - 525.
- Franz Xaver Schaffer (1899): Beiträge zur Parallelisirung der Miocänbildungen des piemontesischen Tertiärs mit denen des Wiener Beckens. II. – Jahrbuch der Geologischen Bundesanstalt – 049: 135 - 164.
- Franz Xaver Schaffer (1899): Die Fauna des Dachschiefers von Mariathal bei Presburg (Ungarn]. – Jahrbuch der Geologischen Bundesanstalt – 049: 649 - 662.
- Franz Xaver Schaffer (1899): Die Fauna des Dachschiefers von Mariathal bei Presburg (Ungarn]. – Jahrbuch der Geologischen Bundesanstalt – 049: 649 - 662.
- Franz Xaver Schaffer (1899): Über Bohrungen auf Kohle bei Mariathal und Bisternitz (Pressburger Comi tat) – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1899: 169 - 174.
- Franz Xaver Schaffer (1899): Zur Abgrenzung der ersten Mediterranstufe und zur Stellung des "Langhiano" im piemontesischen Tertiärbecken – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1899: 393 - 396.
- Franz Xaver Schaffer (1899): Eine subfossile Mikrotestenfauna aus dem Hafen von Messina – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1899: 365 - 370.
- Franz Xaver Schaffer (1898): Beiträge zur Parallelisirung der Miocänbildungen des piemontesischen Tertiärs mit denen des Wiener Beckens. – Jahrbuch der Geologischen Bundesanstalt – 048: 389 - 424.
- Franz Xaver Schaffer (1898): Pholadomya Fuchsi, ein neues charakteristisches Fossil aus mediterranen Tiefseebildungen – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1898: 217 - 221.
- Franz Xaver Schaffer (1898): Ueber eine neue Fundstätte von Badener Tegel bei Siegenfeld – Verhandlungen der Geologischen Bundesanstalt – 1898: 335 - 338.
- Franz Xaver Schaffer (1897): Der marine Tegel von Theben -Neudorf in Ungarn. – Jahrbuch der Geologischen Bundesanstalt – 047: 533 - 548.