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- Ernst von Koken (1913): Beiträge zur Kenntnis der Schichten von Heiligenkreuz (Abteital, Südtirol) – Abhandlungen der Geologischen Bundesanstalt in Wien – 16: 1 - 43.
- Ernst von Koken, Hermann Linder (1913): Osteologische Notizen über Muraenosaurus. – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1913: 101 - 115.
- Ernst von Koken (1911): Zur Geologie Südtirols. I. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1911: 561 - 572.
- Ernst von Koken (1909): Nachwort. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1909: 538.
- Ernst von Koken (1909): Moderne Zitate. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1909: 353 - 355.
- Ernst von Koken (1909): Vorläufige Entgegnung an Herrn Arrhenius. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1909: 539.
- Max Hermann Bauer, Ernst von Koken, Theodor Liebisch (1909): Inhalt. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1909: Beilage_1001-1096.
- Ernst von Koken (1909): Neue Anordnung der Sammlungen des geologischen Instituts in Tübingen. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1909: 123 - 127.
- Ernst von Koken (1909): Das Diluvium von Gafsa (Südtunesien) und seine prähistorischen Einschlüsse. – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1909_2: 1 - 18.
- Ernst von Koken (1909): Diluvialstudien. – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1909_2: 57 - 90.
- Ernst von Koken (1908): Indisches Perm und die permische Eiszeit. Nachträge. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1908: 449 - 461.
- Max Hermann Bauer, Ernst von Koken (1908): Besprechungen. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1908: 179 - 186.
- Max Hermann Bauer, Ernst von Koken, Theodor Liebisch (1907): Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie in Verbindung mit dem Neuen Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1907: Beilage_1001-1096.
- Johannes Otto Conrad Mügge, Max Hermann Bauer, Ernst von Koken (1906): Besprechungen. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1906: 115 - 123.
- Ernst von Koken (1906): Productus Purdoni im Perm von Kaschmir. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1906: 129 - 131.
- Ernst von Koken (1906): Geologische Beiträge aus Südtirol. – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1906_2: 1 - 19.
- Ernst von Koken, Fritz Noetling (1905): Das Erdbeben im Kangra-Tal (Himalaya) vom 4. April 1905. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1905: 322 - 340.
- Ernst von Koken (1905): Neue Plesiosaurierreste aus dem norddeutschen Wealden. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1905: 681 - 694.
- Ernst von Koken (1904): Besprechungen. - Versammlungen. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1904: 28 - 29.
- Ernst von Koken (1904): Eurydesma und der Eurydesmen-Horizont in der Saltrange. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1904: 97 - 107.
- Ernst von Koken, Max Hermann Bauer (1904): Besprechungen. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1904: 280 - 283.
- Ernst von Koken, O. Zeise (1904): Besprechungen. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1904: 303 - 316.
- Ernst von Koken (1904): Das geologisch-mineralogische Institut in Tübingen. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1904: 673 - 693.
- Ernst von Koken, Fritz Noetling (1903): Geologische Mittheilungen aus der Saltrange (Pandschab). – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1903: 97 - 103.
- Ernst von Koken, Fritz Noetling (1903): Geologische Mittheilungen aus der Saltrange. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1903: 45 - 49.
- Ernst von Koken, Fritz Noetling (1903): Geologische Mittheilungen aus der Saltrange (Pandjab). – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1903: 72 - 76.
- Ernst von Koken (1903): Facettengeschiebe. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1903: 625 - 628.
- Ernst von Koken (1903): Kreide und Jura in der Saltrange. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1903: 439 - 444.
- Ernst von Koken (1903): Das Diluvium im Gebiete der Saltrange (nordwestliches Indien). – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1903: 433 - 439.
- Ernst von Koken (1902): Palaeontologie und Descendenzlehre – Monografien Geowissenschaften Gemischt – 0163: 1 - 33.
- Ernst von Koken, Reinhard Anton Brauns (1902): Besprechungen. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1902: 750 - 752.
- Ernst von Koken (1902): Ueber die Gekrösekalke des obersten Muschelkalkes am unteren Neckar. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1902: 74 - 81.
- Ernst von Koken (1902): Eine altsilurische Bohrmuschel, Lithobia atava Ko. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1902: 132 - 133.
- Ernst von Koken (1902): Palaeontologie und Descendenzlehre – Monografien Geowissenschaften Gemischt – 0269: 1 - 33.
- Ernst von Koken (1901): Die Glacialerscheinungen im Schönbuch. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1901: 10 - 14.
- Ernst von Koken (1901): Helicoprion im Productus-Kalk der Saltrange. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1901: 225 - 227.
- Ueber HybodusErnst von Koken (1901-1907): Ueber Hybodus – Geologische und paläontologische Abhandlungen – NF_5: 261 - 276.
- Ernst von Koken (1901): Eine Nachschrift zu dem Aufsatz „Die Schliffflächen und das geologische Problem im Ries". – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1901_2: 128.
- Ernst von Koken (1901): Die Schliffflächen und das geologische Problem im Ries. – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1901_2: 67 - 88.
- Ernst von Koken, Max Hermann Bauer (1900): Besprechungen. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1900: 358 - 366.
- Ernst von Koken (1900): Bewegung grosser Schichtmassen durch glacialen Druck. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1900: 115 - 117.
- Ernst von Koken (1900): Bemerkungen über das Tertiär der Alb. I. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1900: 145 - 152.
- Max Hermann Bauer, Ernst von Koken (1900): Besprechungen. – Centralblatt für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1900: 159 - 165.
- Ernst von Koken (1900): Löss und Lehm in Schwaben. – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1900_2: 154 - 176.
- Ernst von Koken (1900): Ueber triassische Versteinerungen aus China – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1900: 186 - 215.
- Ernst von Koken (1899): Nachruf auf Wilhelm Barnim Dames – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1899_2: 3001 - 3014.
- Ernst von Koken (1898): Ueber untersilurische Gastropoden – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1898: 1 - 25.
- Ernst von Koken (1896): Die Gastropoden der Trias um Hallstatt. – Jahrbuch der Geologischen Bundesanstalt – 046: 37 - 126.
- Die Reptilien des norddeutschen Wealden. NachtragErnst von Koken (1896-1897): Die Reptilien des norddeutschen Wealden. Nachtrag – Geologische und paläontologische Abhandlungen – NF_3: 119 - 126.
- Ernst von Koken (1894): Die Gastropoden der Schichten mit Arcestes Studeri. – Jahrbuch der Geologischen Bundesanstalt – 044: 441 - 458.
- Ernst von Koken (1893): Beiträge zur Kenntniss der Gattung Nothosaurus. – Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft – 45: 337 - 377.
- Ernst von Koken (1892): Die Gastropoden der Trias um Hallstatt – Abhandlungen der Geologischen Bundesanstalt in Wien – 17: 1 - 112.
- Sidney Wöhrmann, Ernst von Koken (1892): Die Fauna der Raibler Schichten vom Schlernplateau. – Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft – 44: 167 - 223.
- Ernst von Koken (1892): Ueber die Gastropoden der rothen Schlernschichten nebst Bemerkungen über Verbreitung und Herkunft einiger triassischer Gattungen – Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie – 1892_2: 25 - 36.
- Ernst von Koken (1891): Neue Untersuchungen an tertiären Fisch-Otolithen. II. – Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft – 43: 77 - 170.
- Ernst von Koken (1889): Die Hyolithen der silurischen Geschiebe. – Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft – 41: 79 - 82.
- Ernst von Koken (1888): Thoracosaurus macrorhynchus Bl. aus der Tuffkreide yon Maastricht. – Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft – 40: 754 - 773.
- Ernst von Koken (1888): Neue Untersuchungen an tertiären Fisch-Otolithen. – Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft – 40: 274 - 305.
- Ernst von Koken (1886): 7. Über Ornithocheirus hilsen Koken – Zoologischer Anzeiger – 9: 21 - 23.
- Ueber fossile Säugethiere aus ChinaErnst von Koken (1886-1887): Ueber fossile Säugethiere aus China – Geologische und paläontologische Abhandlungen – 3: 31 - 114.
- Die Dinosaurier, Crocodiliden und Sauropterygier des norddeutschen WealdenErnst von Koken (1886-1887): Die Dinosaurier, Crocodiliden und Sauropterygier des norddeutschen Wealden – Geologische und paläontologische Abhandlungen – 3: 311 - 420.
- Ernst von Koken (1883): Die Reptilien der norddeutschen unteren Kreide. – Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft – 35: 735 - 827.