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- Johann Andreas Wagner (1863): Neue Beiträge zur Kenntniss der urweltlichen Fauna des lithographischen Schiefers Zweite Abtheilung: Schildkröten und Saurier. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 9: 65 - 124.
- Johann Andreas Wagner (1863): Monographie der fossilen Fische aus den lithographischen Schiefern Bayerns. Erste Abtheilung: Plakoiden und Pyknodonten – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 9: 277 - 352.
- Johann Andreas Wagner (1863): Monographie der fossilen Fische aus den lithographischen Schiefern Bayern's. Zweite Abtheilung. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 9: 611 - 748.
- Johann Andreas Wagner (1861): Bedenken über einige neuere, hauptsächlich auf naturgeschichtliche Anhaltspunkte begründete Versuche, das Alter der europäischen Urbevölkerung zu bestimmen – Sitzungsberichte der mathematisch-physikalischen Klasse der Bayerischen Akademie der Wissenschaften München – 1861-2: 29 - 43.
- Johann Andreas Wagner (1861): Charakteristik einer neuen Flugeidechse, Pterodactylus elegans – Sitzungsberichte der mathematisch-physikalischen Klasse der Bayerischen Akademie der Wissenschaften München – 1861-1: 363 - 365.
- Johann Andreas Wagner (1861): Die Auffindung von Lophiodon in einer Bohnerzgrube bei Heidenheim – Sitzungsberichte der mathematisch-physikalischen Klasse der Bayerischen Akademie der Wissenschaften München – 1861-1: 358 - 362.
- Johann Andreas Wagner (1861): Uebersicht über die fossilen Reptilien des lithographischen Schiefers in Bayern nach ihren Gattungen und Arten – Sitzungsberichte der mathematisch-physikalischen Klasse der Bayerischen Akademie der Wissenschaften München – 1861-1: 497 - 535.
- Johann Andreas Wagner (1861): Ein neues, angeblich mit Vogelfedern versehenes Reptil – Sitzungsberichte der mathematisch-physikalischen Klasse der Bayerischen Akademie der Wissenschaften München – 1861-2: 146 - 154.
- Johann Andreas Wagner (1860): Neue Beiträge zur Kenntniss der urweltlichen Fauna des lithographischen Schiefers Erste Abtheilung: Saurier. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 8: 413 - 528.
- Johann Andreas Wagner (1860): Neue Beiträge zur Kenntniss der fossilen Säugthier-Ueberreste von Pikermi. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 8: 109 - 158.
- Johann Andreas Wagner (1860): Die fossilen Ueberreste von nackten Dintenfischen aus dem lithographischen Schiefer und dem Lias des süddeutschen Juragebirges. Kritisch erläutert – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 8: 749 - 821.
- Johann Andreas Wagner (1860): Betrachtungen über den gegenwärtigen Standpunkt der Theorien der Erdbildung nach ihrer geschichtlichen Entwicklung in den letzten fünfzig Jahren – Sitzungsberichte der mathematisch-physikalischen Klasse der Bayerischen Akademie der Wissenschaften München – 1860: 375 - 424.
- Johann Andreas Wagner (1860): Zur Berichtigung einiger Angaben des Herrn Doktor Lindermayer in dessen Aufsatze über die fossilen Knochenreste von Pikermi – Sitzungsberichte der mathematisch-physikalischen Klasse der Bayerischen Akademie der Wissenschaften München – 1860: 647 - 655.
- Johann Andreas Wagner (1860): Fossile Fische aus einem neuentdeckten Lager in den südbayerischen Tertiärgebilden – Sitzungsberichte der mathematisch-physikalischen Klasse der Bayerischen Akademie der Wissenschaften München – 1860: 52 - 57.
- Johann Andreas Wagner (1860): Fossile Säugthierknochen, welche von Herrn Doktor Moritz Wagner in der Umgebung des Chimborasso sind aufgefunden worden – Sitzungsberichte der mathematisch-physikalischen Klasse der Bayerischen Akademie der Wissenschaften München – 1860: 330 - 338.
- Johann Andreas Wagner (1860): Bemerkungen über die Arten von Fischen und Sauriern, welche im untern wie im obern Lias zugleich vorkommen sollen – Sitzungsberichte der mathematisch-physikalischen Klasse der Bayerischen Akademie der Wissenschaften München – 1860: 36 - 52.
- Johann Andreas Wagner (1856): Bemerkungen über einige im Jurakalksteine bei Neuburgg an der Donau gefundene fossile Thierüberreste – Berichte des naturwiss. Vereins für Schwaben, Augsburg – 9: 23 - 27.
- Johann Andreas Wagner (1855): Beschreibung einer fossilen Schildkröte und etlicher anderer Reptilien - Ueberreste aus den lithographischen Schiefern und dem Grünsandsteine von Kelheim. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 7: 239 - 264.
- Johannes Rudolf Roth, Johann Andreas Wagner (1855): Die fossilen Knochenüberreste von Pikermi in Griechenland. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 7: 371 - 464.
- Johann Andreas Wagner (1855): Bericht über die Leistungen in der Naturgeschichte der Säugethiere während des Jahres 1854. – Archiv für Naturgeschichte – 21-2: 1 - 42.
- Johann Andreas Wagner (1854): Bericht über die Leistungen in der Naturgeschichte der Säugthiere während des Jahres 1853. – Archiv für Naturgeschichte – 20-2: 1 - 30.
- Johann Andreas Wagner (1853): Bericht über die Leistungen in der Naturgeschichte der Säugethiere während des Jahres 1852. – Archiv für Naturgeschichte – 19-2: 1 - 25.
- Johann Andreas Wagner (1852): Charakteristik der in den Höhlen um Muggendorf aufgefundenen urweltlichen Säugthier - Arten. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 6: 193 - 264.
- Johann Andreas Wagner (1852): Beiträge zur Kenntniss der in den lithographischen Schiefern abgelagerten urweltlichen Fische. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 6: 1 - 80.
- Johann Andreas Wagner (1852): Beiträge zur Unterscheidung der im süddeutschen Lias vorkommenden Arten von Ichthyosaurus. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 6: 483 - 538.
- Johann Andreas Wagner (1852): Neu-aufgefundene Saurier-Ueberreste aus den lithographischen Schiefern und dem obern Jurakalke. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 6: 661 - 710.
- Johann Andreas Wagner (1852): Beschreibung einer neuen Art von Ornithocephalus, nebst kritischer Vergleichung der in der k. palaeontologischen Sammlung zu München aufgestellten Arten aus dieser Gattung. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 6: 127 - 192.
- Johann Andreas Wagner (1852): Bericht über die Leistungen in der Naturgeschichte der Säugethiere während des Jahres 1851. – Archiv für Naturgeschichte – 18-2: 39 - 64.
- Johann Andreas Wagner (1851): Bericht über dieLeistungen in der Naturgeschichte der Säugethiere während des Jahres 1850. – Archiv für Naturgeschichte – 17-2: 1 - 32.
- Johann Andreas Wagner (1850): Beiträge zur Kenntniss der Säugthiere Amerikas. Zweite Abtheilung. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 5: 269 - 332.
- Johann Andreas Wagner (1850): Urweltliche Säugthier Ueberreste aus Griechenland, – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 5: 333 - 378.
- Johann Andreas Wagner (1850): Beiträge zur Kenntniss der Säugthiere Amerika's Dritte Abtheilung. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 5: 405 - 480.
- Johann Andreas Wagner (1850): Beiträge zur Kenntniss der Säugthiere Amerikas. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 5: 119 - 208.
- Johann Andreas Wagner (1850): Die fossilen Ueberreste gavialartiger Saurier aus der Lias - Formation in der k. palaeontologischen Sammlung zu München. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 5: 511 - 606.
- Johann Andreas Wagner (1850): Bemerkungen über den dermaligen Stand unserer Kenntniss der Faulthier-Arten. – Archiv für Naturgeschichte – 16-1: 376 - 387.
- Johann Andreas Wagner (1850): Bericht über die Leistungen in der Naturgeschichte der Säugethiere während des Jahres 1849. – Archiv für Naturgeschichte – 16-2: 1 - 42.
- Johann Andreas Wagner (1849): Bericht über die Leistungen in der Naturgeschichte der Säugethiere während des Jahres 1848. – Archiv für Naturgeschichte – 15-2: 1 - 30.
- Johann Andreas Wagner (1849): Bemerkungen über die Beschaffenheit des Knochengerüstes des Seebären und des Seeotters. – Archiv für Naturgeschichte – 15-1: 39 - 51.
- Johann Andreas Wagner (1848): Bericht über die Leistungen in der Naturgeschichte der Säugthiere während des Jahres 1847. – Archiv für Naturgeschichte – 14-2: 141 - 168.
- Johann Andreas Wagner (1848): Beiträge zur Kenntniss der Arten von Ctenomys – Archiv für Naturgeschichte – 14-1: 72 - 78.
- Johann Andreas Wagner (1848): Beschreibung einiger kleinen Säugthiere aus Syrien und Afrika. – Archiv für Naturgeschichte – 14-1: 180 - 187.
- Johann Andreas Wagner (1847): Bericht über die Leistungen in der Naturgeschichte der Säugthiere während des Jahres 1846. – Archiv für Naturgeschichte – 13-2: 1 - 42.
- Johann Andreas Wagner (1846): Die geographische Verbreitung der Säugthiere. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 4_3: 1 - 114.
- Johann Andreas Wagner (1846): Macrocolus, eine neue Nagergattung aus der Familie der Springer. – Archiv für Naturgeschichte – 12-1: 172 - 177.
- Johann Andreas Wagner (1846): Bericht über die Leistungen in der Naturgeschichte der Vögel während des Jahres 1845. – Archiv für Naturgeschichte – 12-2: 164 - 184.
- Johann Andreas Wagner (1846): Bericht über die Leistungen in der Naturgeschichte der Säugethiere während des Jahres 1845. – Archiv für Naturgeschichte – 12-2: 113 - 163.
- Johann Andreas Wagner (1845): Die geographische Verbreitung der Säugthiere. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 4_2: 37 - 108.
- Johann Andreas Wagner (1845): Diagnosen einiger neuen Arten von Nagern und Handflüglern. – Archiv für Naturgeschichte – 11-1: 145 - 149.
- Johann Andreas Wagner (1845): Bericht über die Leistungen in der Naturgeschichte der Säugthiere während des Jahres 1844. – Archiv für Naturgeschichte – 11-2: 1 - 43.
- Johann Andreas Wagner (1845): Bericht über die Leistungen in der Naturgeschichte der Vögel während des Jahres 1844. – Archiv für Naturgeschichte – 11-2: 44 - 66.
- Johann Andreas Wagner (1844): Die geographische Verbreitung der Säugthiere. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 4_1: 1 - 146.
- Johann Andreas Wagner (1844): Bericht über die Leistungen in der Naturgeschichte der Vögel während des Jahres 1843. – Archiv für Naturgeschichte – 10-2: 185 - 216.
- Johann Andreas Wagner (1844): Bericht über die Leistungen in der Naturgeschichte der Säugthiere während des Jahres 1843. – Archiv für Naturgeschichte – 10-2: 133 - 184.
- Johann Andreas Wagner (1843): Fossile Ueberreste von einem Affen und einigen andern Säugthieren aus Griechenland. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 3: 151 - 172.
- Johann Andreas Wagner (1843): Auseinandersetzung der spezifischen Differenzen, durch welche sich die Hyaena brunnea von der Hyaena striata und crocuta in der Beschaffenheit des Schädels und Gebisses unterscheidet. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 3: 607 - 618.
- Johann Andreas Wagner (1843): Beschreibung einiger neuer Nager. – Abhandlungen der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse – 3: 173 - 218.
- H. Rasch, Johann Andreas Wagner (1843): Beschreibung einer zur Gattung Thyroptera gehörigen Fledermaus. – Archiv für Naturgeschichte – 9-1: 361 - 364.
- Johann Andreas Wagner (1843): Diagnosen neuer Arten brasilischer Handflügler. – Archiv für Naturgeschichte – 9-1: 365 - 368.
- Johann Andreas Wagner (1843): Bericht über die neuesten Leistungen von Lund, bezüglich der gegenwärtigen wie der ausgestorbeneu Säugthier- Fauna Brasiliens. – Archiv für Naturgeschichte – 9-1: 347 - 360.
- Johann Andreas Wagner (1843): Bericht über die Leistungen in der Naturgeschichte der Vögel während des Jahres 1842. – Archiv für Naturgeschichte – 9-2: 68 - 89.
- Johann Andreas Wagner (1843): Bericht über die Leistungen in derNaturgeschichte der Säugthiere während des Jahres 1842. – Archiv für Naturgeschichte – 9-2: 1 - 67.
- Johann Andreas Wagner (1843): Bemerkungen über die Artrechte der antediluvianischen Höhlenbären. – Archiv für Naturgeschichte – 9-1: 24 - 42.
- Johann Andreas Wagner (1842): Nachtrag zu meiner Beschreibung von Habrocoma und Holochilus. – Archiv für Naturgeschichte – 8-1: 288.
- Johann Andreas Wagner (1842): Bericht über die Leistungen in der Naturgeschichte der Säugthiere während des Jahres 1841. – Archiv für Naturgeschichte – 8-2: 1 - 57.
- Johann Andreas Wagner (1842): Beschreibung einiger neuer oder minder bekannter Nager. – Archiv für Naturgeschichte – 8-1: 1 - 33.
- Johann Andreas Wagner (1842): Diagnosen neuer Arten brasilischer Säugthiere. – Archiv für Naturgeschichte – 8-1: 356 - 362.
- Johann Andreas Wagner (1842): Bericht über die Leistungen in der Naturgeschichte der Vögel während des Jahres 1841. – Archiv für Naturgeschichte – 8-2: 58 - 88.
- Johann Andreas Wagner (1841): Beschreibung einer neuen Art von Bandikuts, Perameles myosurus, nebst Bemerkungen über Perameles obesula. – Archiv für Naturgeschichte – 7-1: 289 - 297.
- Johann Andreas Wagner (1841): Die italienischen Spitzmäuse – Archiv für Naturgeschichte – 7-1: 297 - 300.
- Johann Andreas Wagner (1841): Berichtigung einiger von Herrn Duvernoy gemachten Bemerkungen über meine Beschreibungen der Säugthiere in Dr. M. Wagner's "Reisen in der Regentschaft Algier." – Archiv für Naturgeschichte – 7-1: 212 - 214.
- Johann Andreas Wagner (1841): Gruppirung der Gattungen der Nager in natürlichen Familien, nebst Beschreibung einiger neuen Gattungen und Arten. – Archiv für Naturgeschichte – 7-1: 111 - 138.
- Johann Andreas Wagner (1841): Bericht über die Leistungen in der Naturgeschichle der Vögel während der beiden Jahre 1839 und 1840. – Archiv für Naturgeschichte – 7-2: 59 - 110.
- Johann Andreas Wagner (1841): Bericht über die Leistungen in der Naturgeschichte der Säugthiere während der beiden Jahre 1839 und 1840. – Archiv für Naturgeschichte – 7-2: 1 - 58.
- Johann Andreas Wagner (1839): Fossile Überreste von einem Affenschädel. - Notiz – Archiv für Naturgeschichte – 5-1: 171 - 175.