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- Michael Hohla, Franz Berger (2022): So a Wüdnis! Über die Schönheit und den Wert gestörter Orte – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2022_1-2: 94 - 99.
- Franz Berger (2022): Flechten auf Rohböden, ein unerwartet artenreicher Nischenstandort am Beispiel von verlassenen Schottergruben im Kobernaußerwald – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2022_1-2: 15 - 23.
- Michael Hohla, Franz Berger, Michael Strauch (2022): Biodiversität in Schottergruben? – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2022_1-2: 4.
- Willy Albert Zahlheimer, Rudolf Ritt, Otto Aßmann, Franz Berger, Ralf Braun-Reichert, Markus Fehrer, Horst Göding, Gotthard Grimbs, Gudrun Grimbs, Martin Hanslmeier, Michael Jung, Michael Hohla, Albin Lugmair, Tanja Major, Markus Mathyl, Andreas Pontz, Clemens Ratschan, Ulrich Teuber, Michael Wasner, Herbert W. Wurster, Gerald Zauner, Alois Zechmann (2022): Zusammenfassung Die österreichische Donauinsel Soldatenau bei Passau – biologische Vielfalt dank Trinkwasserversorgung – Der Bayerische Wald – 35_1-2: 185 - 189.
- Franz Berger (2022): Flechten und Flechten bewohnende Pilze im Auwald der Donauinsel „Soldatenau“ bei Passau – Der Bayerische Wald – 35_1-2: 58 - 75.
- Franz Berger (2021): Flechten und lichenicole Pilze im Waldhochmoor „Bayerische Au“ im Böhmerwald (Oberösterreich, Österreich) – Stapfia – 0112: 207 - 215.
- Franz Berger, Jiri Malicek, Zdenek Palice, Roman Türk (2021): Neue und bemerkenswerte Flechtennachweise in Oberösterreich – 3. Update – Stapfia – 0112: 263 - 273.
- Roman Türk, Franz Berger (2020): Die Flechten des Naturschutzgebietes „Fehhaube-Kogelsteine“ – Naturkundliche Mitteilungen aus den Landessammlungen Niederösterreich – 0029: 111 - 116.
- Norbert Ephan, Franz Berger (2020): Die Kleine Lederflechte Endocarpon pusillum Hedw., eine Besonderheit der niederbayerischen Flechtenwelt – Der Bayerische Wald – 33_1-2: 144 - 149.
- Franz Berger (2019): Ergänzungen zur Flechtenflora des Kobernaußerwaldes (Oberösterreich, Österreich) – Stapfia – 0111: 111 - 149.
- Franz Berger, Roman Türk (2019): Artenschwund bei den Flechten – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2019_03-04: 81 - 98.
- Franz Berger (2017): Weitere bemerkenswerte Flechtenfunde aus Oberösterreich, vorwiegend aus dem Kobernaußerwald – Stapfia – 0107: 147 - 151.
- Franz Berger (2017): Häufige Rindenflechten in Linz und rundherum – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2017_03: 3 - 14.
- Ulrike Ruprecht, Veronika Pfefferkorn-Dellali, Robert Reiter, Franz Berger, Roman Türk (2016): Arten-und Biotopschutz für besonders seltene und gefährdete Flechtenstandorte in Oberösterreich – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2016_04: 13 - 18.
- Franz Berger, Roman Türk (2016): Interessantes über einige Flechten und ihre Standorte in Linz – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2016_04: 3 - 12.
- Die Bartflechten Usnea sp. (L. ) F. H. Wigg. 1780Franz Berger (2016): Die Bartflechten Usnea sp. (L.) F.H. Wigg. 1780 – Naturkundliches Objekt des Monats - Biologiezentrum Linz – 2016_11: 1.
- Franz Berger, Franz Priemetzhofer (2014): Erläuterungen und Erstnachweise von Flechten in Oberösterreich, sowie weitere erwähnenswerte Beobachtungen. 1. Update des Flechtenatlas – Stapfia – 0101: 53 - 65.
- Franz Berger (2013): Zusammenfassung der in den Jahren 1990 bis 2012 in Oberösterreich publizierten Neufunde von lichenisierten Ascomyceten und nicht lichenisierten lichenicolen Pilzen – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0023_1: 159 - 194.
- Roman Türk, Franz Berger, Franz Priemetzhofer (2012): Die Flechten im Stadtgebiet von Linz - einst und jetzt. – Berichte für Ökologie und Naturschutz der Stadt Linz – 3: 11 - 53.
- Othmar Breuss, Franz Berger (2012): Die Validierung von Verrucaria finitima und Bemerkungen über den Formenkreis von Verrucaria tristis (lichenisierte Ascomyceten, Verrucariaceae). – Österreichische Zeitschrift für Pilzkunde – 21: 117 - 126.
- Franz Berger, Franz Priemetzhofer, Roman Türk (2010): Atlas der Verbreitung der Flechten in Oberösterreich – Stapfia – 0090: 1 - 320.
- Franz Berger, Franz Priemetzhofer (2010): Die Flechtenflora im Nationalpark Thayatal. – Wissenschaftliche Mitteilungen Niederösterreichisches Landesmuseum – 21: 135 - 184.
- Javier Etayo, Franz Berger (2009): About a fast developing community of lichenicolous deuteromycetes decaying Xanthoria parietina. – Österreichische Zeitschrift für Pilzkunde – 18: 111 - 115.
- Neufunde und interessante Nachweise von Flechten und flechtenbewohnenden Pilzen von den AzorenFranz Berger, Franz Priemetzhofer (2008): Neufunde und interessante Nachweise von Flechten und flechtenbewohnenden Pilzen von den Azoren – Herzogia – 21: 125 - 146.
- Franz Berger, Damien Ertz, Brian John Coppins (2008): Opegrapha trochodes, eine neue, weit verbreitetet rindenbewohnende Art – Sauteria-Schriftenreihe f. systematische Botanik, Floristik u. Geobotanik – 15: 195 - 204.
- Franz Berger, Franz Priemetzhofer (2005): Neue und bemerkenswerte Funde von Flechten aus Oberösterreich, Österreich – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0014: 3 - 18.
- Die Flechtenflora des NSG "Halser Ilzschleifen" bei Passau (Bayern) – Ergebnisse einer…Franz Berger (2003): Die Flechtenflora des NSG "Halser Ilzschleifen" bei Passau (Bayern) – Ergebnisse einer "Bio-Blitz" Begehung am GEO-Tag der Artenvielfalt 2002 – Hoppea - Denkschriften der Regensburgischen Botanischen Gesellschaft – 2003_64: 0 - 0.
- Franz Priemetzhofer, Franz Berger (2001): Flechten in Pflasterritzen - ein bemerkenswerter, mit Füßen getretener Sonderstandort – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0010: 355 - 369.
- Franz Priemetzhofer, Franz Berger (2001): Neufunde und bemerkenswerte Flechten aus Oberösterreich, Österreich – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0010: 371 - 392.
- Franz Berger (2000): Die Flechtenflora der Schlögener Schlinge im oberösterreichischen Donautal – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0009: 369 - 451.
- Roman Türk, Franz Berger (1999): Neue und seltene Flechten sowie lichenicole Pilze aus den Ostalpen III. – Linzer biologische Beiträge – 0031_2: 929 - 953.
- Franz Berger (1999): Kompilierte Liste weiterer Flechtenfunde aus dem unteren Rannatal (Mühlviertel, Oberösterreich, Österreich) und Aspekte zur dessen Unterschutzstellung – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0007: 181 - 203.
- Franz Berger, Franz u. Angela Priemetzhofer, Roman Türk (1998): Neue und seltene Flechten und lichenicole Pilze aus Oberösterreich, Österreich IV – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0006: 397 - 416.
- Franz Berger, Javier Etayo (1998): Beiträge zur Flechtenflora der Kanarischen Inseln V. Saxicole und muscicole Arten von der Insel La Palma. – Österreichische Zeitschrift für Pilzkunde – 7: 65 - 90.
- Franz Berger, Roman Türk (1995): Die Flechtenflora im unteren Rannatal (Mühlviertel, Oberösterreich, Österreich) – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0003: 147 - 216.
- Franz Berger, Roman Türk (1994): Zur Kenntnis der Flechten und flechtenbewohnenden Pilze von Oberösterreich und Salzburg IV – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0002: 161 - 173.
- Franz Berger, Roman Türk (1993): Neue und seltene Flechten und lichenicole Pilze aus Oberösterreich, Österreich. – Linzer biologische Beiträge – 0025_1: 167 - 204.
- Franz Berger, Roman Türk (1991): Zur Kenntnis der Flechten und flechtenbewohnenden Pilze von Oberösterreich und Salzburg III. – Linzer biologische Beiträge – 0023_1: 425 - 453.
- Franz Berger (1979): Der Krottensee im Salzkammergut – Jahresbericht der Biologischen Station Lunz – 1979_003: 163 - 170.
- Arbeitsbericht der limnologischen Exkursion Klopeiner See 1971Heinz Löffler, Franz Berger, Andreas Glatz, M. Jungwirth, Elsa Leonore Kusel-Fetzmann, Hans Lew, Alois Herzig, S. Powell, Gerhard Hadl, al. (1972): Arbeitsbericht der limnologischen Exkursion Klopeiner See 1971 – Studi Trentini di Scienze Naturali. Sezione A-B & Supplemente Ann 42 - 1965- Frueher: Studi Trent.Riv.trimes.d.Soc.per gli Stud.Trentini. – 162/82: 235 - 274.
- Synoyma-Lexikon der Heil- und NutzpflanzenFranz Berger ((1954/55)): Synoyma-Lexikon der Heil- und Nutzpflanzen – Österr. Apotheker-Verl.Ges.m.b.H., Wien – : 1 - 1221.
- Biographisches Lexikon des Landes Österreich ob der EnnsFerdinand Krackowizer, Franz Berger (1931): Biographisches Lexikon des Landes Österreich ob der Enns – Passau, Linz – ?.